10篇文章 · 20192字 · 26人關(guān)注
-
第10章 具有共同參照的雙色實(shí)驗(yàn)
10.1 背景介紹 現(xiàn)在考慮一個(gè)雙色微陣列實(shí)驗(yàn)，其中所有的陣列都使用了通用參照艰躺。如果在整個(gè)實(shí)驗(yàn)中將相同的通道作為通用參照，則可以對(duì)表達(dá)值的log...
-
第9章 單通道實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)
9.1 背景介紹 與早期的微陣列不同尺铣，大多數(shù)數(shù)據(jù)現(xiàn)在都是單通道類(lèi)型。單通道數(shù)據(jù)來(lái)自流行的微陣列技術(shù)硕旗，如Affymetrix，Illumina或A...
-
第8章 線性模型概述
8.1 背景介紹 limma軟件包使用稱(chēng)為線性模型的方法來(lái)分析設(shè)計(jì)的微陣列實(shí)驗(yàn)褪储。這種方法允許分析非常一般的實(shí)驗(yàn)卵渴，就像分析簡(jiǎn)單的重復(fù)實(shí)驗(yàn)一樣容易。...
-
第7章 過(guò)濾
我們通常建議將微陣列平臺(tái)上的所有探針進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化處理鲤竹。 對(duì)于下游分析浪读，通常需要?jiǎng)h除那些看起來(lái)在任何實(shí)驗(yàn)條件下都不表達(dá)的探針。這被稱(chēng)為過(guò)濾辛藻。我們一般...
-
第6章 雙色數(shù)據(jù)預(yù)處理6.1 背景校正 默認(rèn)的背景校正是從每個(gè)點(diǎn)的前景強(qiáng)度減去背景強(qiáng)度碘橘。如果RGList對(duì)象沒(méi)有經(jīng)過(guò)背景校正，那么normalizeWithinArr...
-
第5章 質(zhì)量評(píng)估在任何微陣列數(shù)據(jù)的分析中吱肌，一個(gè)重要步驟是檢查該陣列數(shù)據(jù)的質(zhì)量痘拆。對(duì)于雙色陣列數(shù)據(jù)，一個(gè)重要步驟是查看每個(gè)陣列未標(biāo)準(zhǔn)化數(shù)據(jù)的MA曲線氮墨。plotMD(...
-
第4章 讀取微陣列數(shù)據(jù)4.1 本章范圍 本章涵蓋除Affymetrix以外的大多數(shù)微陣列類(lèi)型纺蛆。從Affymetrix GeneChips讀取數(shù)據(jù)，請(qǐng)使用affy规揪，gc...
-
第3章 快速入門(mén)
3.1 R語(yǔ)言簡(jiǎn)介 R是一種統(tǒng)計(jì)計(jì)算程序桥氏。它是一種命令驅(qū)動(dòng)語(yǔ)言，也就是說(shuō)猛铅，你必須在其中鍵入命令字支，而不是使用鼠標(biāo)指向并單擊。本指南假設(shè)你已經(jīng)從ht...
-
第2章 序言
2.1 引用limma Limma執(zhí)行了作者和合作伙伴的一系列方法論研究奸忽。在出版物中使用limma軟件的結(jié)果時(shí)堕伪，請(qǐng)嘗試引用適當(dāng)?shù)膮⒖嘉墨I(xiàn)，因?yàn)橐?..
