分子層面對生物的研究奈梳，在個體水平上主要是看單個基因的變化以及全轉錄本的變化（RNA-seq）现使；在對個體的研究的基礎上恨樟，開始了群體水平的研究漾稀。如果說常規(guī)的遺傳學主要的研究對象是...
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群體遺傳學與重測序分析 -
Tajima's D 中性檢測的指標
Tajima's D - Wikipedia[https://en.wikipedia.org/wiki/Tajima%27s_D] Tajima's D是由日本研究員田田文...
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構建系統(tǒng)發(fā)生樹之軟件集錦（更新于2021.01.22）
2020.01.22更新內容存崖，補充了堿基替換模型軟件和貝葉斯樹軟件冻记。 序言：一點筆記整理，希望對看到的同學来惧，老師有所幫助冗栗！ 1.復雜的網(wǎng)絡狀進化樹 splittree （1）...
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2018-11-01GWAS實戰(zhàn)（四）plink 進階之數(shù)據(jù)過濾數(shù)據(jù)好不好，影響到結果的準確性供搀，所以我們要來對數(shù)據(jù)進行過濾隅居，過濾前，我們應該對數(shù)據(jù)的部分特征進行統(tǒng)計描述葛虐，以此為依據(jù)來進行過濾胎源。 這里介紹的幾個指標：1.individual...
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Installing SNPhylo on Linux
這里不寫SNPhylo具體安裝過程撒遣，官網(wǎng)有詳細教程,主要談遇到問題及解決思路。 問題是管跺，給出R package 安裝目錄那一步义黎，無論是給出安裝目錄（R中利用library可調...
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你好廉涕，請問下你有沒有遇到dnadist這一步生成的outfile文件中沒有任何東西？
SNP數(shù)據(jù)構建系統(tǒng)進化樹
大概是長期的不鍛煉使得今天的爬山運動過量了，接著悲劇就是無法入眠狐蜕。也幸虧明天是周日宠纯，干脆就起床碼字了〔闶停總結下自己前面用snp構建系統(tǒng)進化樹的方法吧婆瓜。 1.構建進化樹的算法 構...
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SNP數(shù)據(jù)構建系統(tǒng)進化樹大概是長期的不鍛煉使得今天的爬山運動過量了，接著悲劇就是無法入眠贡羔。也幸虧明天是周日廉白，干脆就起床碼字了」院總結下自己前面用snp構建系統(tǒng)進化樹的方法吧猴蹂。 1.構建進化樹的算法 構...
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R 數(shù)據(jù)可視化 02 | 火山圖
一. 示例數(shù)據(jù)準備 下載：鏈接：https://pan.baidu.com/s/1tKR943efKOn7-TW_892KLg提取碼：wbk6 文件說明示例數(shù)據(jù)磅轻，其中數(shù)據(jù)均為...
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MACS2為ATAC-seq callpeak
ATAC-seq作為檢測基因組開放位置的重要手段，被越來越多的使用马澈。而其call peak的方法也有很多瓢省，這里我們介紹的是MACS。MACS最初被發(fā)表是用于ChIP-seq ...
