vcftools可以去除或保留vcf文件中的樣品琐脏，用到的選項(xiàng)為--indv 和?--remove-indv??南捂，指定要從vcf文件中保留或刪除的樣品吴裤。 可以多次使用此選項(xiàng)來(lái)指定多個(gè)樣品。
具體用法如下：
下圖為原始vcf文件溺健。
只保留1和10號(hào)兩個(gè)樣品麦牺，執(zhí)行以下代碼：
vcftools --vcf in.vcf --recode --recode-INFO-all --stdout ?--indv ?1--indv ?10 ?> out.vcf
刪除1號(hào)樣品，執(zhí)行以下代碼：
vcftools --vcf in.vcf --recode --recode-INFO-all --stdout ?--remove-indv ?1?> out.vcf
如果樣品較多矿瘦，也可將樣品保存到文件 id.txt 中枕面，每行為一個(gè)樣品ID，格式如下：
1
105
然后使用下面兩個(gè)選項(xiàng)對(duì)vcf文件保留或者刪除樣品缚去。
--keep?<filename>? ?保留樣品
--remove
?<filename> ??刪除樣品
代碼如下：
vcftools --vcf in.vcf --recode --recode-INFO-all --stdout ?--keep id.txt ? > out.vcf
