計算機輔助藥物設(shè)計是通過計算機模擬乓旗、計算和預(yù)算藥物與受體生物大分子之間的關(guān)系府蛇，設(shè)計和優(yōu)化先導(dǎo)化合物的方法；近年來屿愚，計算機輔助藥物設(shè)計已經(jīng)取得一定成就汇跨，特別是在新冠肺炎爆發(fā)后，很多研究機構(gòu)和企業(yè)采用計算機輔助藥物設(shè)計方法輔助進行了很多研究工作妆距。
課程內(nèi)容：
1. 同源建模原理介紹
1.1 同源建模的功能及使用場景
1.2 同源建模的方法
2. Swiss-Model 同源建模穷遂；
2.1?同源蛋白的搜索（blast等方法）
2.2 蛋白序列比對
2.3 蛋白模板選擇
2.4 蛋白模型搭建
2.5 模型評價（蛋白拉曼圖）
2.6 蛋白模型優(yōu)化?圖二：最佳模型結(jié)果Spike: Model_03
3.實例講解與練習(xí)：用2019-nCoV spike蛋白序列建模，根據(jù)相應(yīng)參數(shù)和方法評價模型
小分子構(gòu)建
課程內(nèi)容：
1. ChemDraw軟件介紹
1.1小分子結(jié)構(gòu)構(gòu)建
1.2 小分子理化性質(zhì)（如分子量娱据、clogP等）計算
2.實例講解與練習(xí)：分別構(gòu)建大環(huán)蚪黑、氨基酸、DNA中剩、RNA等分子
小分子化合物庫
課程內(nèi)容：
1. 小分子數(shù)據(jù)庫
1.1 DrugBank忌穿、ZINC、ChEMBL等數(shù)據(jù)庫介紹及使用
1.2 天然產(chǎn)物咽安、中藥成分?jǐn)?shù)據(jù)庫介紹及使用
生物分子互作用ⅠAutodock
課程內(nèi)容：
1.分子對接基礎(chǔ)
1.1分子對接原理及對接軟件介紹
2. 分子對接軟件（Autodock) 使用
2.1半柔性對接
2.1.1 小分子配體優(yōu)化準(zhǔn)備
2.1.2 蛋白受體優(yōu)化及坐標(biāo)文件準(zhǔn)備
2.1.3 蛋白受體格點計算
2.1.4 半柔性對接計算
2.2對接結(jié)果評價
2.2.1 晶體結(jié)構(gòu)構(gòu)象進行對比
2.2.2 能量角度評價對接結(jié)果
2.2.3?聚類分析評價對接結(jié)果
2.2.4 最優(yōu)結(jié)合構(gòu)象的選擇
2.2.5 已知活性化合物對接結(jié)果比較 圖三：PDB 1IEP
3.實例講解與練習(xí)：針對1IEP完成半柔性對接伴网、柔性對接
