關(guān)于新抗原預(yù)測(cè)的一些知識(shí)點(diǎn)
- 新抗原預(yù)測(cè)的邏輯：
- HLA表達(dá)的抗原決定著機(jī)體的組織相容性。通過識(shí)別非己細(xì)胞的肽段可以呈遞到T細(xì)胞進(jìn)而殺死非己細(xì)胞。
- 癌癥細(xì)胞具有大量突變，可能因此逃避HLA表達(dá)抗原的識(shí)別膛檀。
- 根據(jù)腫瘤樣本中的大量突變（主要為編碼區(qū)域的致病突變）預(yù)測(cè)突變后的氨基酸序列。在確定該患者HLA亞型下，找到突變氨基酸序列中與確定HLA亞型有強(qiáng)親和力的肽段咖刃。
- 以上肽段更有可能作為HLA識(shí)別的區(qū)域泳炉，以便HLA結(jié)合該區(qū)域?qū)⒛[瘤細(xì)胞呈遞到T細(xì)胞并殺死。
- 涉及以上肽段作為新抗原嚎杨，外來肽段進(jìn)入體內(nèi)誘發(fā)HLA識(shí)別呈遞花鹅，啟動(dòng)免疫反應(yīng)。進(jìn)而教會(huì)HLA識(shí)別腫瘤細(xì)胞中的該肽段枫浙，重啟殺死腫瘤細(xì)胞的機(jī)制刨肃。
（找了好久，想了好久箩帚，如果不是這樣的邏輯還請(qǐng)指出）
- VAF：Variant Allele Frequency（變異等位基因頻率）或Variant Allele Fraction（變異等位基因分?jǐn)?shù)）之景。VCF文件中，DP代表Total Depth膏潮，AD代表Allele Depth锻狗。
VAF=AP/DP
- NetMHCpan結(jié)果解讀:
- %Rank代表該肽段是一個(gè)天然存在的肽段的可能性，數(shù)值越小越好
- BindLevel：代表親和力的強(qiáng)弱水平焕参，SB表示strong binding, WB表示weak bingding轻纪。
- 官方按照Rank值來篩選結(jié)果，默認(rèn)情況下rank小于0.5的定義為強(qiáng)親和性,rank值在0.5到2之間的定義為弱親和性（沒看到Rank這一列叠纷，是不是直接過濾不顯示了直接顯示SB/WB）刻帚。
網(wǎng)頁版結(jié)果如下：
# NetMHCpan version 4.1b
# Tmpdir made /usr/opt/www/webface/tmp/server/netmhcpan/5FB5CE42000043766BB371AD/netMHCpanWqS1WU
# Input is in FSA format
# Peptide length 9
# Make EL predictions
HLA-A02:01 : Distance to training data 0.000 (using nearest neighbor HLA-A02:01)
# Rank Threshold for Strong binding peptides 0.500
# Rank Threshold for Weak binding peptides 2.000
---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Pos MHC Peptide Core Of Gp Gl Ip Il Icore Identity Score_EL %Rank_EL BindLevel
---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
1 HLA-A*02:01 MGQIVTMFE MGQIVTMFE 0 0 0 0 0 MGQIVTMFE LCMV_Armstrong_ 0.0000230 62.500
2 HLA-A*02:01 GQIVTMFEA GQIVTMFEA 0 0 0 0 0 GQIVTMFEA LCMV_Armstrong_ 0.0393910 3.356
3 HLA-A*02:01 QIVTMFEAL QIVTMFEAL 0 0 0 0 0 QIVTMFEAL LCMV_Armstrong_ 0.0123140 6.107
4 HLA-A*02:01 IVTMFEALP IVTMFEALP 0 0 0 0 0 IVTMFEALP LCMV_Armstrong_ 0.0005480 22.554
5 HLA-A*02:01 VTMFEALPH VTMFEALPH 0 0 0 0 0 VTMFEALPH LCMV_Armstrong_ 0.0001060 40.500
6 HLA-A*02:01 TMFEALPHI TMFEALPHI 0 0 0 0 0 TMFEALPHI LCMV_Armstrong_ 0.9425470 0.027 <= SB
7 HLA-A*02:01 IVITGIKAV IVITGIKAV 0 0 0 0 0 IVITGIKAV LCMV_Armstrong_ 0.3626600 0.598 <= WB
本地版結(jié)果如下：
allele seq_num start end length peptide ic50 rank
HLA-A*02:01 1 6 14 9 TMFEALPHI 4.38 0.02
HLA-A*02:01 1 137 145 9 TLMSIVSSL 7.27 0.05
HLA-A*02:01 1 440 448 9 LMFSTSAYL 8.36 0.06
HLA-A*02:01 1 435 443 9 ALMDLLMFS 10.53 0.09
HLA-A*02:01 1 447 455 9 YLVSIFLHL 11.33 0.1
HLA-A*02:01 1 45 53 9 ALISFLLLA 18.97 0.18
HLA-A*02:01 1 10 18 9 ALPHIIDEV 19.58 0.18
HLA-A*02:01 1 42 50 9 GIFALISFL 38.8 0.35
HLA-A*02:01 1 14 22 9 IIDEVINIV 51.87 0.47
HLA-A*02:01 1 38 46 9 FATCGIFAL 53.54 0.48
HLA-A*02:01 1 436 444 9 LMDLLMFST 80.28 0.71
HLA-A*02:01 1 349 357 9 SLISDQLLM 89.58 0.78
HLA-A*02:01 1 100 108 9 YISMGTSGL 102.98 0.86
HLA-A*02:01 1 13 21 9 HIIDEVINI 141.58 1.2
HLA-A*02:01 1 339 347 9 ALHLFKTTV 157.3 1.3
HLA-A*02:01 1 448 456 9 LVSIFLHLV 168.83 1.4
- 新抗原鑒定步驟：
選擇等位基因頻率(AF)>2%的體細(xì)胞突變來預(yù)測(cè)與患者HLAⅠ類和Ⅱ類結(jié)合的T細(xì)胞表位。
MHC class I限制的T細(xì)胞表位用NetMHC3.4/4.0 和 NetMHCpan3.0 預(yù)測(cè)涩嚣。
MHC class II限制的T細(xì)胞表位用NetMHCII 2.2預(yù)測(cè)崇众。
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篩選強(qiáng)綁定：IC50<50nM or %Rank
IC50：“被測(cè)量的拮抗劑的半抑制濃度。它能指示某一藥物或者物質(zhì)航厚，在抑制某些生物程的半量顷歌。在凋亡方面，可理解為一定濃度的某種藥物誘導(dǎo)腫瘤細(xì)胞凋亡50%幔睬，該濃度稱為50%抑制濃度眯漩，即凋亡細(xì)胞與全部細(xì)胞數(shù)之比等于50%時(shí)所對(duì)應(yīng)的濃度，IC50值可以用來衡量藥物誘導(dǎo)凋亡的能力麻顶，即誘導(dǎo)能力越強(qiáng)赦抖，該數(shù)值越低「ㄉ觯”
