總目錄

分子對(duì)接1：PyMOL進(jìn)行可視化
分子對(duì)接2：Autodock Vina進(jìn)行分子對(duì)接
分子對(duì)接3：Autodock Vina的結(jié)果用PyMOL進(jìn)行可視化
分子對(duì)接4：Autodock4進(jìn)行對(duì)接并PyMOL可視化
=================本部分內(nèi)容開(kāi)始=============
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Autodock4(A4)和Autodock Vina(AV)區(qū)別

看下官方文件
兩者都是Molecular Graphics Lab開(kāi)發(fā)的，都可以通過(guò)AutoDock Tools（ADT）查看結(jié)果。

1 AV比A4預(yù)測(cè)的精確性更高

2 也可以ADT可視化操作咒循。A4中需要的GPF,DPF贮匕，map文件不需要了（用A4必須有這些步驟）笙蒙。

3 AV比A4操作簡(jiǎn)單

4 速度更快昔驱，時(shí)間更短豁延。

5 可變的側(cè)鏈考廉。

However, the source code, the scoring funcion and the actual algorithms used are brand new, so it’s more correct to think of AutoDock Vina as a new “generation” rather than “version” of AutoDock.

所以秘豹，接下來(lái)用Autodock Vina開(kāi)始對(duì)接

前面剛寫(xiě)了如何用PyMOL進(jìn)行可視化
是用pdb中現(xiàn)有的受體配體，那如果是自己的蛋白和小分子配體文件呢（這里假設(shè)已經(jīng)知道自己想做哪個(gè)哪個(gè)蛋白和分子）昌粤？那需要先做對(duì)接既绕，得到最佳的匹配結(jié)構(gòu)，然后再在PyMOL中進(jìn)行可視化涮坐。
至于凄贩，究竟想做哪個(gè)蛋白或小分子乌昔？后面再來(lái)寫(xiě)欢瞪，大概就是如何選取關(guān)鍵蛋白溢吻。
今天我們用EGFR作為受體装哆，小分子配體是Osimertinib汉买，還有一個(gè)未知的文件档插。
autodock不識(shí)別中文路徑歌径，所以一定要英文陕赃，下面步驟開(kāi)始之前非区，先建立一個(gè)文件夾假如命為dockd瓜挽。
并且在軟件中設(shè)為默認(rèn)目錄

image.png

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要想用Autodock vina做分子對(duì)接（本質(zhì)就是生物化學(xué)中的鎖匙學(xué)說(shuō)），得現(xiàn)有讓這個(gè)軟件能識(shí)別的蛋白和配體文件征绸。

1 受體蛋白和小分子配體的準(zhǔn)備（pdb格式）

1.1 PDB格式蛋白文件的獲取

還是在PDB下載久橙。
search后出現(xiàn)以下界面

PDB-EFGR

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還可以結(jié)合unipro進(jìn)行確認(rèn)敷钾。
如果沒(méi)有結(jié)構(gòu)的蛋白那就要自己預(yù)測(cè)了。比如SWISS-MODEL

1.2 配體文件的獲得

ADT不識(shí)別SDF文件块蚌，可以讀入mol2或pdb格式文件闰非。

A pubmed下載

image.png

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現(xiàn)在為止辆毡，我們得到了蛋白和配體的識(shí)別的文件。

2 蛋白受體預(yù)處理

通過(guò)上面過(guò)程甜害，受體和小分子的pdb格式都有了舶掖。接下來(lái)要進(jìn)行蛋白受體預(yù)處理。比如去水尔店，加氫眨攘，導(dǎo)出PDBQT為受體文件。
剛才去水已經(jīng)用pymol軟件處理了嚣州，ADT也提供這個(gè)功能鲫售。

image.png

File-read molecule，選擇剛才的py輸出的蛋白文件
Delete water,hydrogens-add,ok

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image.png

處理完了情竹，就delete，方便處理其他小分子

3配體小分子的預(yù)處理

3.1 加氫

讀入小分子文件
File-read molecule-mol2或pdb文件
在選擇一個(gè)分子作為配體或受體之前匀哄，必須把所有的氫都加到這個(gè)分子上秦效。所以這里我們打開(kāi)小分子文件后，加氫這一步彈出的窗口默認(rèn)就行
Edit-hydorgens-add

3.2 選為配體

Ligand-input-choose-選擇-確定
接下來(lái)檢測(cè)扭轉(zhuǎn)鍵和中心涎嚼，輸出PDBQT格式的配體文件阱州，
Ligand-torsion tree-detect root done
Ligand-output-save as PDBQT
到現(xiàn)在為止受體和配體的PDBQT文件都得到了。

4 Autodock Vina對(duì)接操作與對(duì)接結(jié)果解讀

Grid-macromolecule-open-蛋白的pdbqt文件-打開(kāi)-yes
導(dǎo)入小分子
Grid-set map types-open ligands-小分子pdbqt

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4.1 設(shè)置對(duì)接box

Grid-grid box

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通過(guò)拖曳法梯，讓盒子全部覆蓋住受體
然后哪個(gè)角度都看不到盒子外的蛋白苔货，就可以了
包裹住后，要把盒子里的小分子拖曳出來(lái)，步驟如下

image.png

image.png

File-close savingcurrent
Docking-output-vinaconfig

image.png

工作目錄多了一個(gè)文件txt

image.png

虛線框內(nèi)的部分可以忽略蒲赂，是Autodock4的部分內(nèi)容。

注意：這里Autodock4有額外操作刁憋，便于PyMOL可視化的結(jié)果

首先滥嘴，保證這兩個(gè)文件在工作目錄下

image.png

設(shè)置好格子并保存后

輸出gpf文件
grid-output-save GPF
然后run-run autogrid,會(huì)自動(dòng)填充gpf文件，launch至耻，會(huì)發(fā)現(xiàn)文件夾下多了很多文件
我們需要的是glg文件
后面會(huì)用
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5運(yùn)行dockvina

Run—run autodock vina

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Launch后需要等待
出現(xiàn)結(jié)果

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出現(xiàn)了以下結(jié)果

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