總目錄
分子對接1：PyMOL進(jìn)行可視化
分子對接2：Autodock Vina進(jìn)行分子對接
分子對接3：Autodock Vina的結(jié)果用PyMOL進(jìn)行可視化
分子對接4：Autodock4進(jìn)行對接并PyMOL可視化
=================本部分內(nèi)容開始=============
和一般順序不一樣唇辨，先利用PyMOL進(jìn)行可視化廊酣。后面再發(fā)autodocak vina進(jìn)行分子對接。
PyMOL的安裝略過赏枚。
1 導(dǎo)入蛋白和配體文件亡驰。
因為這部分是師范PyMOL的可視化，所以直接導(dǎo)入現(xiàn)成的饿幅。（如果得到自己的對接分子凡辱，后面說）。
就先從PDB導(dǎo)入栗恩，以8a27為例透乾。
要具體知道結(jié)構(gòu)中的具體成分，
默認(rèn)的序列顯示模式是氨基酸一字縮寫符磕秤，自己可以更改乳乌，比如
Display-Sequence Mode-redidule name
點擊上面的某個部分 就會在圖中被選中，也可以執(zhí)行刪除操作
2 界面基本操作和命令說明
2.1 鼠標(biāo)
左鍵旋轉(zhuǎn)
中間滾輪拖曳
右鍵縮放
2.2 右邊的操作界面
PyMOL的操作本質(zhì)是圖層操作市咆。
A：action 發(fā)出的一些操作命令汉操。像復(fù)制，重命名蒙兰，尋找磷瘤，呈現(xiàn)等。
S：show 顯示
各種顯示方式搜变，操作的總體外觀這里控制采缚。
H:hide隱藏
和S映襯
L label標(biāo)注標(biāo)簽
對殘基等進(jìn)行標(biāo)記
C ：color顏色
改變顏色
3 刪除水分子
有三種方法
1 A中命令
2選中sequence中的水分子符號 選中刪除
3個EDO分子也同時刪除了
3
![]()
image.png
接下來任務(wù)就是展示配體小分子和蛋白受體的結(jié)合形態(tài)和位點，具體氨基酸名字及距離挠他。如果要做的漂亮點就得多建立幾個圖層扳抽，也方便操作。這里多展示幾個殖侵，切記不是越多越好摔蓝，但找到合適結(jié)合形態(tài)的完美展示很重要。因為PyMOL基于圖層操作愉耙，所以到時多做幾個供選擇贮尉。這里主要是熟悉不同的展示形態(tài)。
4 受體
鼠標(biāo)單擊選擇Chains朴沿，然后再途中多肽鏈上左鍵選中
因為是要對選中的部分進(jìn)行操作所以
右側(cè)多了個obj01
選擇A-rename object進(jìn)行重命名猜谚，pro-surface
選中這個圖層（暫且叫圖層吧）的S-Surface然后
H-cartoon
接下來改變顏色和透明度
透明度改變
如果這里你顯示的和我這個不一樣败砂，那看看右側(cè)的圖層，這個時候應(yīng)該是只顯示pro-surface這個圖層魏铅，多選擇了就疊加了昌犹。
另外，如果不是單獨的你想要的顯示览芳，這個時候要Hide cartoon斜姥，下面同理。
同樣沧竟，我們再復(fù)制1個圖層
pro-dot
現(xiàn)在有了
那接下來要找到配體和受體結(jié)合的位點并顯示出來
5 配體
選中配體
接下來要知道是哪個氨基酸殘基
右下角-Chains-鼠標(biāo)選中圖中多肽鏈
然后sele圖層S-lines
看起來很亂铸敏，沒關(guān)系，放大圖悟泵，旋轉(zhuǎn)
找到上面顯示的黃色的氫鍵連接的氨基酸殘基
左鍵選中
此時可以建立一個新圖層
命名interaction1
chains部分選擇mesh展示
現(xiàn)在的顯示大概這樣
右側(cè)面板的圖層
標(biāo)記并測距
選擇chains杈笔，lebel，residules
主菜單Wizard-measurement測距
