2018-06-25(生信第4題)

來自生信技能書論壇上的題目


題目很多塌忽,先做第一個(gè)小問題,即“‘5’和3‘端截掉幾個(gè)堿基”

寫了如下的腳本


fastq4行讀取的方式膘壶,值得記住

另外熟悉切片操作

還有就是將filename,cut_5,cut_3,設(shè)置成了參數(shù)的形式,可以進(jìn)行如下操作


reads_1.fq ,3,4 ?分別是對(duì)應(yīng)3個(gè)參數(shù)

如果想把運(yùn)行后的文件保存起來幽邓,可以用下面的命令

python3 cut_fastq.py reads_1.fq 3 4 >cut_reads_1.fq

也是利用 > ,將文件保存到cut_reads_1.fq

?著作權(quán)歸作者所有,轉(zhuǎn)載或內(nèi)容合作請(qǐng)聯(lián)系作者
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