之前安裝anaconda的時(shí)候用過(guò)這個(gè)(教程:Anaconda介紹蔬顾、安裝及使用教程)
下面是為L(zhǎng)inux安裝軟件的過(guò)程:
- 首先需要了解一下服務(wù)器是多少位的:
uname -a
64-bit(x86_64)/ 32-bit(x86)
- 安裝miniconda(Linux最新版)
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
- 安裝使用
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
- 激活
source ~/.bashrc
激活后可用conda
和conda list
檢查是否安裝成功和查看已安裝的軟件列表 - 配置軟件(因?yàn)槟壳霸趪?guó)外材泄,不需要用國(guó)內(nèi)的鏡像簿废,需要鏡像可以參考:這個(gè)教程)
conda config --add channels conda-forge conda config --add channels defaults conda config --add channels r conda config --add channels bioconda
- 管理channels
conda config --get channels#查看已安裝的channel conda config --remove channels#移除某個(gè)channel
- 安裝軟件
conda install fastqc -y#y即安裝過(guò)程中所有問(wèn)題都回答yes conda install fastqc =0.11.7#安裝指定版本 conda remove fastqc#卸載軟件 conda update fastqc#軟件更新 fastqc --help#查看軟件詳情
Linux的其他操作
- 查看condo環(huán)境
conda info --envs
- 創(chuàng)建新環(huán)境
建立一個(gè)名叫rna-seq的conda環(huán)境白对,然后指定python版本是3悦污,同時(shí)安裝軟件fastqc、trimmomaticconda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
創(chuàng)建完成之后需要激活成為可以使用的默認(rèn)環(huán)境conda activate rna-seq
退出當(dāng)前環(huán)境:conda deactivate