WGCNA其譯為加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析边坤。該分析方法旨在尋找協(xié)同表達(dá)的基因模塊(module)挺庞，并探索基因網(wǎng)絡(luò)與關(guān)注的表型之間的關(guān)聯(lián)谁尸，以及網(wǎng)絡(luò)中的核心基因舅踪。適用于復(fù)雜的數(shù)據(jù)模式，推薦15個(gè)樣品以上的數(shù)據(jù)×悸現(xiàn)在測(cè)序價(jià)格越來越便宜抽碌，得到15個(gè)樣品數(shù)據(jù)的成本很低，如果再結(jié)合樣品性狀數(shù)據(jù)進(jìn)行模塊基因與表型的關(guān)聯(lián)分析决瞳，一定能給你的文章增色不少货徙！如果自己手里沒有數(shù)據(jù)泽裳，利用公開的數(shù)據(jù)挖掘分析也是不錯(cuò)的選擇。
下面我們舉一些利用WGCNA進(jìn)行癌癥或微生物研究的例子給大家拓展一下思路破婆，點(diǎn)擊最下方鏈接可以進(jìn)行WGCNA分析方法的學(xué)習(xí)涮总。
TCGA表達(dá)數(shù)據(jù)的挖掘
先介紹兩篇利用TCGA人類癌癥數(shù)據(jù)庫(kù)中的基因表達(dá)數(shù)據(jù)發(fā)表的文章，主要利用WGCNA的方法來篩選與癌癥發(fā)生祷舀、發(fā)展相關(guān)的關(guān)鍵基因瀑梗，從而發(fā)現(xiàn)區(qū)分不同癌癥亞型的biomarker。看完文獻(xiàn)可以說單單用了WGCNA的方法就發(fā)了篇paper：
文獻(xiàn)1:眼中葡萄膜黑色素惡性瘤基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析
眼癌中共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析及關(guān)鍵biomarker查找
主要的分析思路其實(shí)就是WGCNA的分析思路：
分析套路
文獻(xiàn)2:胃癌中miRNA共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析
這也是一篇WGCNA分析的文章裳扯，只是換了換癌種以及分析的基因變成了miRNA抛丽，分析思路幾乎與上篇文章一致。這里小編就不詳細(xì)介紹了饰豺，有興趣的可以查看原文亿鲜；
胃癌中共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析及關(guān)鍵biomarker查找
WGCNA構(gòu)建微生物互作網(wǎng)絡(luò)
下面的文章研究了531位芬蘭男性腸道微生物與代謝綜合征(Metabolic Syndrome)的關(guān)系，代謝綜合征是指人體的蛋白質(zhì)冤吨、脂肪蒿柳、碳水化合物等物質(zhì)發(fā)生代謝紊亂的病理狀態(tài)，是一組復(fù)雜的代謝紊亂癥候群漩蟆，是導(dǎo)致糖尿病心腦血管疾病的危險(xiǎn)因素垒探。
為找到哪些微生物與代謝綜合征相關(guān)，作者首先先利用微生物OTU table做WGCNA分析構(gòu)建微生物的相互作用網(wǎng)絡(luò)怠李，再利用病人的的臨床數(shù)據(jù)——主要包括血液中血糖含量圾叼，胰島素含量等代謝指標(biāo)，做臨床數(shù)據(jù)與微生物共表達(dá)模塊間的相關(guān)性分析捺癞。最后得出結(jié)論夷蚊，發(fā)現(xiàn)藍(lán)色模塊中的Tenericutes, Methanobrevibacter,and Christensenellaceae等物種與血液中的谷氨酰胺指標(biāo)正相關(guān)，另外髓介，黃色模塊中的Blautia物種與血液中的醋酸負(fù)相關(guān)等等惕鼓，從而找到與疾病相關(guān)的微生物種類biomarker。
對(duì)于這種分析版保，我們組學(xué)大講堂也制作了對(duì)應(yīng)的分析教程呜笑，需要學(xué)習(xí)的同學(xué)夫否，可以點(diǎn)擊下面的鏈接觀看視頻教程：
https://study.163.com/course/introduction/1005023004.htm?share=1&shareId=1031484705
參考文獻(xiàn)
[1]?Sally Yepes,et al. Co-expressed miRNAs in gastric adenocarcinoma, Genomics, Volume 108, Issue 2,2016,Pages 93-101,ISSN 0888-7543.
[2]?Qi Wan ,et al.Co-expression modules construction by WGCNA and identify potential prognostic markers of uveal melanoma, Experimental Eye Research, Volume 166,2018,Pages 13-20,ISSN 0014-4835.
[3]?Org E, Blum Y, Kasela S, et al. Relationships between gut microbiota, plasma metabolites, and metabolic syndrome traits in the METSIM cohort. Genome Biology. 2017;18:70. doi:10.1186/s13059-017-1194-2.
更多生物信息課程：
1. 文章越來越難發(fā)彻犁？是你沒發(fā)現(xiàn)新思路，基因家族分析發(fā)2-4分文章簡(jiǎn)單快速凰慈，學(xué)習(xí)鏈接：基因家族分析實(shí)操課程汞幢、基因家族文獻(xiàn)思路解讀
2. 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)理解不深入？圖表看不懂微谓？點(diǎn)擊鏈接學(xué)習(xí)深入解讀數(shù)據(jù)結(jié)果文件森篷，學(xué)習(xí)鏈接：轉(zhuǎn)錄組（有參）結(jié)果解讀输钩；轉(zhuǎn)錄組（無參）結(jié)果解讀
3. 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)深入挖掘技能-WGCNA，提升你的文章檔次仲智，學(xué)習(xí)鏈接：WGCNA-加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析
4. 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)怎么挖掘买乃？學(xué)習(xí)鏈接：轉(zhuǎn)錄組標(biāo)準(zhǔn)分析后的數(shù)據(jù)挖掘、轉(zhuǎn)錄組文獻(xiàn)解讀
5.?微生物16S/ITS/18S分析原理及結(jié)果解讀钓辆、OTU網(wǎng)絡(luò)圖繪制剪验、cytoscape與網(wǎng)絡(luò)圖繪制課程
6. 生物信息入門到精通必修基礎(chǔ)課，學(xué)習(xí)鏈接：linux系統(tǒng)使用前联、perl入門到精通功戚、perl語言高級(jí)、R語言畫圖
7. 醫(yī)學(xué)相關(guān)數(shù)據(jù)挖掘課程似嗤，不用做實(shí)驗(yàn)也能發(fā)文章啸臀，學(xué)習(xí)鏈接：TCGA-差異基因分析、GEO芯片數(shù)據(jù)挖掘烁落、GSEA富集分析課程乘粒、TCGA臨床數(shù)據(jù)生存分析、TCGA-轉(zhuǎn)錄因子分析伤塌、TCGA-ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析
8.其他課程鏈接：二代測(cè)序轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)自主分析谓厘、NCBI數(shù)據(jù)上傳、二代測(cè)序數(shù)據(jù)解讀寸谜。
