使用https://github.com/vcftools/vcftools下載的安裝包安裝時需要root權(quán)限,這時可以使用sourceforge中已編譯的包采缚。 具體方法如下:
wget -c https://sourceforge.net/projects/vcftools/files/vcftools_0.1.13.tar.gz
tar zxvf vcftools_0.1.13.tar.gz
cd vcftools_0.1.13
make
然后就可以使用啦!
但在使用vcftools_0.1.13/perl/vcf-query 時挠他,可能會遇到缺失Vcf module的情況扳抽。
一般會提示:Can't locate? Vcf Module/ ? Vcf.pm in @INC (youmayneedtoinstalltheinc::Module::Installmodule) (@INC contains: ...假裝這里是一串path)
這時只需要給剛才安裝的vcftools目錄下的對應(yīng)文件(/YOUR_PATH/vcftools_0.1.13/lib/perl5/site_perl/Vcf.pm)建立一個軟連接即可,軟連接建立在 (@INC contains: ...假裝這里是一串path) 這里提示的路徑中的任何一個就可以。
具體命令:
cd 假裝這里是一串path
ln -s /YOUR_PATH/vcftools_0.1.13/lib/perl5/site_perl/Vcf.pm? ./
然后就可以使用啦殖侵!