作者，Evil Genius
想想自己真的挺搞笑的俺孙，讀大學(xué)的時(shí)候覺得27辣卒、28怎么著也結(jié)婚了吧掷贾，沒想到混到30多去相親了，喜歡的女孩子無一例外都把自己給踹了荣茫，??想帅，相親么，說真的有一種很奇怪的感覺啡莉，目前相親了3港准、4個(gè)了，最小的97年的咧欣，最大的91年的浅缸，而且年齡越大、要求越高魄咕，反到小一點(diǎn)的女孩子要求低一點(diǎn)疗杉，反正經(jīng)歷下來，年齡越大越看重物質(zhì)蚕礼，越不相信愛情，物質(zhì)滿足基本就嫁了梢什，所以年紀(jì)小一點(diǎn)的女孩子多少還是有點(diǎn)戀愛腦奠蹬，自然愛情的成分高一點(diǎn)，物質(zhì)自然看的輕一點(diǎn)嗡午，不過就需要一點(diǎn)時(shí)間談戀愛了囤躁，至于哪種是對(duì)的，大家自己判斷吧??荔睹。
今天周六狸演，昨天相親的91年大姐要求結(jié)婚必須再買一個(gè)婚房，自然也就沒有然后了僻他，10點(diǎn)了還躺著宵距， 我們來簡單匯總一下單細(xì)胞空間分析突變的內(nèi)容吧。
10X空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中研究并可視化體細(xì)胞突變
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2024空間轉(zhuǎn)錄組分析方向和文獻(xiàn)分享
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系統(tǒng)整理10X單細(xì)胞空間數(shù)據(jù)中可檢測(cè)到的有害突變位點(diǎn)（OncoKB）
關(guān)于突變的數(shù)據(jù)庫志群，非常多，對(duì)于基因突變到底對(duì)細(xì)胞產(chǎn)生了什么影響都有詳細(xì)的說明仅乓，包括OncoKB赖舟、Clinvar等等，總結(jié)在NGS基因測(cè)序（panel）報(bào)告解讀數(shù)據(jù)庫匯總
我們首先來看單細(xì)胞空間突變的檢測(cè)范圍
由于單細(xì)胞空間測(cè)序原理的限制夸楣，3’數(shù)據(jù)和空轉(zhuǎn)數(shù)據(jù)只能檢測(cè)到基因末尾98bp的范圍宾抓，5‘?dāng)?shù)據(jù)能檢測(cè)到基因開始的98bp范圍。例如在文章 An atlas of epithelial cell states and plasticity in lung adenocarcinoma（nature IF64.8)豫喧，單細(xì)胞的5’數(shù)據(jù)就根據(jù)基因 KRASG12D,對(duì)單細(xì)胞數(shù)據(jù)進(jìn)行了分類石洗，拿到如下的結(jié)果：
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其中基因表達(dá)是表象、基因突變是根本紧显，空間排布是微環(huán)境讲衫、VDJ是免疫反應(yīng)。
這里大家就可以看到孵班，單細(xì)胞空間數(shù)據(jù)涉兽，對(duì)于在范圍內(nèi)的突變是可以檢測(cè)到了，單細(xì)胞空間的轉(zhuǎn)錄組信息如果能添加突變信息篙程，自然文章會(huì)發(fā)的高一點(diǎn)枷畏。
下來我們就需要了解我們的單細(xì)胞空間數(shù)據(jù)那些突變是可以檢測(cè)到的有價(jià)值的突變，在文章系統(tǒng)整理10X單細(xì)胞空間數(shù)據(jù)中可檢測(cè)到的有害突變位點(diǎn)（OncoKB）中虱饿，簡單介紹了一個(gè)結(jié)直腸癌例子拥诡，
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如果做結(jié)直腸癌的單細(xì)胞數(shù)據(jù)，KRAS這個(gè)基因的突變氮发，包括Q22E渴肉、G12T、G13V爽冕、G13S仇祭、G13H、L19F颈畸、G12D等突變都在單細(xì)胞數(shù)據(jù)的檢測(cè)范圍之內(nèi)前塔，那么做結(jié)腸癌的單細(xì)胞數(shù)據(jù)，這些突變信息就可以考慮進(jìn)去承冰，相當(dāng)于單細(xì)胞數(shù)據(jù)多了wes數(shù)據(jù)华弓，多一個(gè)組學(xué)，文章能多發(fā)10分困乒。
單細(xì)胞空間突變的分析方法,這個(gè)大家還是普遍采用cellsnp-lite寂屏，官網(wǎng)在https://cellsnp-lite.readthedocs.io/en/latest/#。
關(guān)于這個(gè)軟件詳細(xì)介紹過，文章在10X單細(xì)胞空間數(shù)據(jù)分析之SNP檢測(cè)篇迁霎。
Cellsnp-lite Modes
| Mode | SNPs | Bam files | Platform | Notes |
|---|---|---|---|---|
| Mode 1a | Given | Pooled one | 10x scRNA-seq, scDNA-seq, scATAC-seq | Set --UMItag None for scDNA-seq and scATAC-seq data |
| Mode 1b | Given | Each per cell | SMART-seq2, bulk RNA-seq | N.A. |
| Mode 2a | To detect | Pooled one | 10x scRNA-seq, scDNA-seq, scATAC-seq | Set --UMItag None for scDNA-seq and scATAC-seq data |
| Mode 2b | To detect | Each per cell | SMART-seq2, bulk RNA-seq | N.A. |
其中我們單細(xì)胞突變的主要檢測(cè)命令是
cellsnp-lite -s $BAM -b $BARCODE -O $OUT_DIR -R $REGION_VCF -p 10 --minMAF 0.1 --minCOUNT 20 --gzip
其中BAM是單細(xì)胞BAM文件吱抚，BARCODE是細(xì)胞Barcode信息，REGION_VCF是候選的vcf考廉，其中REGION_VCF官網(wǎng)的例子主要來源于gonmad和千人計(jì)劃秘豹，官網(wǎng)給的例子在https://sourceforge.net/projects/cellsnp/files/SNPlist/.
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分析出來整理的結(jié)果如下
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單細(xì)胞 X 基因位置突變的矩陣（以單細(xì)胞3'數(shù)據(jù)為例）,row是基因 + 染色體 + 位置 + ref +alt，column是barcode昌粤。
當(dāng)然了既绕，軟件還有其他的一些功能，大家可以好好研究一下涮坐，非常棒的方法凄贩，對(duì)大家沖擊更高分很有幫助。
這種方法已經(jīng)呈現(xiàn)蔓延的趨勢(shì)袱讹，很多人都在使用了疲扎，最新看到了很多篇這種文章
An atlas of cells in the human tonsil（Immunity IF 32.4）
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