比如我現(xiàn)在需要表達FUS這個蛋白,首先我要確定FUS的CDS區(qū)序列幔崖,使用NCBI即可獲得信认;
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可以看出FUS有三個同源異構體,我們以第一個X1為例來說明青责;
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這是其CDS區(qū)序列信息挺据;
下面為編碼蛋白信息
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我們一般設計引物格式為
F: 5‘-保護堿基+酶切位點+Kozak(可選)+ATG+一小段目的基因序列(一般18或21個堿基)
R:5‘-保護堿基+酶切位點+終止密碼子+(如果你有要表達的標簽序列)+一小段目的基因序列
注:終止密碼子一般構建截短體的時候需要,詳情請見“截短體引物設計”
如果我選擇的內(nèi)切酶是cla1 and kpn1
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Forword seq
FUS(Cla1)-F:CC ATCGAT GG ATG GCCTCAAACGATTAT
格式為:保護堿基+ATG(不需要可以加入脖隶,全序列前3個堿基均是起始密碼子)+序列扁耐;
此處沒加Kozak序列的原因是不想讓引物太長,我們選擇的細胞株中FUS高表達产阱,不需要增強轉(zhuǎn)錄婉称;
Reverse seq
FUS(Kpn1)-R:GG GGTACC CC TTAATACGGCCTCTCCCT
此處沒有終止密碼子的原因是,CDS區(qū)的最后含有終止密碼子,所以直接是序列王暗,截短體或者要擴增一個基因的特定區(qū)域序列則是要加終止密碼子悔据;