##20220423
ESCC_marker
plasma:
IGHG3拣展、IGHG1彭沼、MZB1
JCHAIN
B:
CD79A、MS4A1备埃、IGHM姓惑、CD19、CD79A按脚、CD79B于毙、MS4A1
T:
CD2、CD3D辅搬、CD3E唯沮、CD3G
Myeloid:
LYZ、CD68堪遂、MS4A6A介蛉、
EPCAM:
EPCAM、KRT17溶褪、KRT5币旧、KRT19、KRT18猿妈、KRT15
Fibroblast:
DCN吹菱、COL1A2、COL1A1彭则、COL3A1鳍刷、ACTA2
NKT:
CCL5、NKG7俯抖、KLRD1输瓜、KLRF1、KLRB1、FGFBP2
Endothelial:
CLDN5前痘、RAMP2凛捏、VWF、CDH5芹缔、PECAM1坯癣、ENG
###
Epithelial/Tumor: EPCAM, Keratin genes (KRT7, KRT8, KRT17), SPRR3;?
T cells: CD3E, CD3D, TRBC1/2, TRAC;?
Myeloid cells: LYZ, CD86, CD68, FCGR3A;
B cells and plasma cells: CD79A/B, JCHAIN, IGKC, IGHG3;?
Endothelial cells: CLDN5, FLT1, CDH1, RAMP2;
Fibroblasts: DCN, C1R, COL1A1, ACTA2;?
Smooth muscle cells: TAGLN, CNN1;?
Mast cells: TPSAB1
##20220421
immune_cellmarker <- c("CD3D",'CD3E','CD2',"CD4","CD8A",#T cell
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 'CD79A','MZB1','MS4A1','CD79B',#B cell
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 'FOXP3',"IL32",'TNFRSF18','TNFRSF4',#Treg
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 'IL17A','IL17F','CD40LG',#Th17
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 'S100A8','CXCL8','SOD2','NAMPT',#Neutrophil
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 'SEPP1','C1QA','APOE','CD14','RNASE1',#Macrophage
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 'TPSAB1','TPSB2','CPA3','HPGDS',#Mast
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 'HLA-DRA','HLA-DPB1','CST3','HLA-DPA1',#mDC
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 'PTGDS','SOX4','GZMB','IRF7',#pDC
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 'IGHA1','IGHG1',"IGHG2",#Plasma
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 'KLRF1','KLRD1','XCL2','XCL1'#NK
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? )