單細(xì)胞marker整理

##20220423

ESCC_marker

plasma:

IGHG3拣展、IGHG1彭沼、MZB1

JCHAIN

B:

CD79A、MS4A1备埃、IGHM姓惑、CD19、CD79A按脚、CD79B于毙、MS4A1

T:

CD2、CD3D辅搬、CD3E唯沮、CD3G

Myeloid:

LYZ、CD68堪遂、MS4A6A介蛉、

EPCAM:

EPCAM、KRT17溶褪、KRT5币旧、KRT19、KRT18猿妈、KRT15

Fibroblast:

DCN吹菱、COL1A2、COL1A1彭则、COL3A1鳍刷、ACTA2

NKT:

CCL5、NKG7俯抖、KLRD1输瓜、KLRF1、KLRB1、FGFBP2

Endothelial:

CLDN5前痘、RAMP2凛捏、VWF、CDH5芹缔、PECAM1坯癣、ENG


###

Epithelial/Tumor: EPCAM, Keratin genes (KRT7, KRT8, KRT17), SPRR3;?

T cells: CD3E, CD3D, TRBC1/2, TRAC;?

Myeloid cells: LYZ, CD86, CD68, FCGR3A;

B cells and plasma cells: CD79A/B, JCHAIN, IGKC, IGHG3;?

Endothelial cells: CLDN5, FLT1, CDH1, RAMP2;

Fibroblasts: DCN, C1R, COL1A1, ACTA2;?

Smooth muscle cells: TAGLN, CNN1;?

Mast cells: TPSAB1



##20220421


immune_cellmarker <- c("CD3D",'CD3E','CD2',"CD4","CD8A",#T cell

? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 'CD79A','MZB1','MS4A1','CD79B',#B cell

? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 'FOXP3',"IL32",'TNFRSF18','TNFRSF4',#Treg

? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 'IL17A','IL17F','CD40LG',#Th17

? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 'S100A8','CXCL8','SOD2','NAMPT',#Neutrophil

? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 'SEPP1','C1QA','APOE','CD14','RNASE1',#Macrophage

? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 'TPSAB1','TPSB2','CPA3','HPGDS',#Mast

? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 'HLA-DRA','HLA-DPB1','CST3','HLA-DPA1',#mDC

? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 'PTGDS','SOX4','GZMB','IRF7',#pDC

? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 'IGHA1','IGHG1',"IGHG2",#Plasma

? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 'KLRF1','KLRD1','XCL2','XCL1'#NK

? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? )

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