SnapGene viewer進(jìn)階教程：繪制比較基因組簇結(jié)構(gòu)圖
一曙寡、蛋白表達(dá)載體PET-32a酶切位點(diǎn)選擇：
SnapGene viewer 是SnapGene的免費(fèi)版本搪哪，雖然它刪減了一些功能泉手，但對(duì)于初學(xué)者來說依然很實(shí)用哦。SnapGeneViewer包含與完全啟用的SnapGene軟件相同的豐富可視化玩徊，注釋和共享功能。SnapGeneviewer 是一款專業(yè)的質(zhì)粒圖譜繪制軟件，是做分子克隆常用的一個(gè)工具豪娜，讓實(shí)驗(yàn)變得簡(jiǎn)單與快捷吁津，提高實(shí)驗(yàn)效率棚蓄。
這是軟件簡(jiǎn)單的介紹！
Map：顯示圖譜碍脏；Sequence：顯示序列信息梭依；
File：打開、建立典尾、保存相關(guān)文件等役拴；
Edit：編輯功能，包括復(fù)制選中一些序列等钾埂；
View：切換幾個(gè)視圖等河闰；
Enzymes：顯示、選擇酶切位點(diǎn)等褥紫；
Feature：顯示姜性、注釋（命名）一些片段等；
Primers：添加引物等髓考；
接下來跟著小編來看看它的強(qiáng)大之處吧部念，在這里小編以分子克隆實(shí)驗(yàn)最常見的蛋白表達(dá)載體PET-32a為例，通過這篇文章可以很好的掌握軟件的使用绳军。
1 質(zhì)劣』可視化與酶切位點(diǎn)的選擇
1.1?打開NCBI網(wǎng)址?https://www.ncbi.nlm.nih.gov/，下載你所需要表達(dá)的gene门驾。這里選擇的是opaR基因,下載fasta文件
1.2?打開fasta文件射赛，觀看酶切位點(diǎn)信息，一般會(huì)直接出現(xiàn)常見的酶切位點(diǎn)信息奶是，目的基因的酶切位點(diǎn)與PET-32a的酶切位點(diǎn)相比較,在PET-32a里的酶切位點(diǎn)選擇時(shí)楣责，不能選擇目的基因里的酶切位點(diǎn)竣灌，以免造成目的基因切斷的現(xiàn)象。
1.3?打開蛋白表達(dá)載體PET-32a秆麸，最好選取粘性末端與酶切條件一致(反應(yīng)溫度與緩沖液）的酶EcoR I與Xho I初嘹。（這里指的是雙酶切體系）
2 引物設(shè)計(jì)
2.1 酶切位點(diǎn)的方向的選擇
從這里我可以看出這個(gè)質(zhì)粒基因表達(dá)的方向沮趣，EcoR I與Xho I的方向一定要看清哦屯烦，小伙伴們，看下面的氨基酸表達(dá)的箭頭房铭，EcoR I酶切位點(diǎn)雖然在后面驻龟，但是它要加在上游引物的前面哦，不要弄反了缸匪，這樣你的基因會(huì)表達(dá)不出來的翁狐。
2.2 引物長(zhǎng)度
在目的基因的上下游截取15-21bp序列，點(diǎn)擊Primers里的Add primers,根據(jù)小編的經(jīng)驗(yàn)選取Tm值在50-60℃左右凌蔬，在上述范圍內(nèi)選取合適的bp.
2.3 上下游引物設(shè)計(jì)
給該引物命名露懒，然后點(diǎn)擊Insertion，在該引物上添加之前選擇好的酶切位點(diǎn)序列砂心，如圖選擇了EcoR I懈词，點(diǎn)擊Insert即可完成（必要時(shí)需要加保護(hù)堿基）,GC含量為40-60%，然后opaR-F引物為保護(hù)堿基CCG计贰，EcoR I酶切位點(diǎn)GAATTC與目的基因18bp; opaR-R 下游序列的選取時(shí)點(diǎn)擊Reverse Complement,這樣就可以反向互補(bǔ)了钦睡，引物方向必須是5'-3'。
