LDSC 除了可以計算基因多效性、遺傳度媒楼、遺傳相關(guān)性,還可以計算不同的功能注釋對表型的遺傳度貢獻(xiàn)灯帮，即 Partitioned Heritability 分析。下面具體講講怎么分析。
1 下載數(shù)據(jù)
wget -c https://storage.googleapis.com/broad-alkesgroup-public/LDSCORE/1000G_Phase3_EAS_baseline_v1.2_ldscores.tgz
wget -c https://storage.googleapis.com/broad-alkesgroup-public/LDSCORE/1000G_Phase3_EAS_plinkfiles.tgz
wget -c https://storage.googleapis.com/broad-alkesgroup-public/LDSCORE/1000G_Phase3_EAS_weights_hm3_no_MHC.tgz
gunzip 1000G_Phase3_EAS_baseline_v1.2_ldscores.tgz
tar -vxf 1000G_Phase3_EAS_baseline_v1.2_ldscores.tar
#其他數(shù)據(jù)解壓方式以此類推
下載解壓后的數(shù)據(jù)如下所示：
2 安裝 LDSC
LDSC 的安裝見推文LD SCore計算基因多效性、遺傳度仁连、遺傳相關(guān)性的步驟1、2淳地、3
3 分析
3.1 準(zhǔn)備 sumstats 格式輸入文件：
sumstats 格式輸入文件見推文LD SCore計算基因多效性怖糊、遺傳度帅容、遺傳相關(guān)性的步驟4颇象、5
3.2 運(yùn)行腳本：
準(zhǔn)備好 sumstats 格式文件后，運(yùn)行如下命令：
conda activate ldsc
python ldsc.py --h2 scz.sumstats.gz --ref-ld-chr /path/to/1000G_Phase3_EAS_baseline_v1.2_ldscores/baseline. --w-ld-chr /path/to/1000G_Phase3_EAS_weights_hm3_no_MHC/weights.EAS.hm3_noMHC. --overlap-annot --print-coefficients --frqfile-chr /path/to/1000G_Phase3_EAS_plinkfiles/1000G.EAS.QC. --out scz
#--ref-ld-chr,--w-ld-chr,--frqfile-chr后面跟著的數(shù)據(jù)就是第一步下載的數(shù)據(jù)并徘。這里用的是跟GWAS匹配的東亞人數(shù)據(jù)遣钳，如果你的GWAS數(shù)據(jù)是其他人群的，比如歐洲人麦乞，那需要下載歐洲的數(shù)據(jù)蕴茴；
4 結(jié)果解讀
運(yùn)行后劝评，會生成 scz.results 和 scz.log 文件。
其中 scz.results 即為我們需要的結(jié)果文件倦淀。
結(jié)果文件包括以下幾列 Category蒋畜、Prop._SNPs 、Prop._h2 撞叽、Prop._h2_std_error姻成、Enrichment、Enrichment_std_error愿棋、Enrichment_p科展、Coefficient 、Coefficient_std_error糠雨、 Coefficient_z-score
分別指的是注釋類別（比如DHS,Coding等）才睹、SNPs 占比、遺傳度占比甘邀、Enrichment琅攘、Enrichment標(biāo)準(zhǔn)誤、Enrichment P值松邪、回歸系數(shù)乎澄、回歸系數(shù)標(biāo)準(zhǔn)誤、回歸系數(shù)Z值测摔；
一般文獻(xiàn)重點(diǎn)關(guān)注第三列的結(jié)果（Prop._h2）
5 注意事項
可能的報錯：ValueError: operands could not be broadcast together with shapes (1,210) (1,200)
對應(yīng)的解決方案：LDSC 運(yùn)行 Partitioned Heritability 報錯：ValueError: operands could not be broadcast together with shapes (1,210) (1,200)](https://www.cnblogs.com/chenwenyan/p/16801996.html)
致謝橙子牛奶糖（陳文燕）置济，請用參考模版：We thank the blogger (orange_milk_sugar, Wenyan Chen) for XXX
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