通常的空間轉(zhuǎn)錄組分析是基于降維聚類劃分cluster，再進行cluster細胞注釋⊙炷耍或者使用反卷積工具與單細胞轉(zhuǎn)錄組聯(lián)合分析得到spot中細胞比例分布。
但是切诀，如果我們想要根據(jù)HE染色片子來劃出感興趣的區(qū)域，該如何去操作呢搔弄？
1幅虑、從10x官網(wǎng)下載并安裝Loupe Browser
2、打開Loupe Browser顾犹，導(dǎo)入loupe文件倒庵，loupe文件為cellranger分析結(jié)果，一般名為cloupe.cloupe
3炫刷、按如下操作方法選擇目標區(qū)域并導(dǎo)出表格
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選擇區(qū)域擎宝，起個名字
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導(dǎo)出選擇區(qū)域的barcode和剛剛給定的標簽
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此時會出現(xiàn)一個彈窗，選哪個都可以
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保存文件到你的本地電腦上
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完成浑玛！
接下來就可以加到Seurat對象中啦～想怎么搗鼓怎么搗鼓啦～～
開不開心绍申！
