bug千千萬(wàn)背零，改完又忘煮嫌，忘了又出……
記錄在Seurat分析中各種各樣的花式bug們
1. FindVariableFeatures()報(bào)錯(cuò)
Error: Cannot add more or fewer meta.features information without values being named with feature names
這個(gè)是RNA這個(gè)assays下面meta.features的名字里面有NA值酒贬，我推測(cè)是我在修改基因名或者是取子集的時(shí)候?qū)е碌腷ug糟把，正常不會(huì)遇到皮获，所以只要重新指定一下就好
data[["RNA"]]@meta.features <- data.frame(row.names = rownames(data[["RNA"]]))
參見(jiàn) https://github.com/satijalab/seurat/issues/2317
當(dāng)然搓侄，核心問(wèn)題還是矩陣命名的問(wèn)題導(dǎo)致的瞄桨，想辦法把基因名重新命名就好了，不能有一些特殊符號(hào)讶踪，例如‘-’之類的（github垃圾 都沒(méi)有具體解決方法）
2. FeaturePlot() 顯示不是很明顯
這個(gè)問(wèn)題其實(shí)不算一個(gè)bug（你用錯(cuò)了assay導(dǎo)致的彌散另說(shuō)）芯侥，其實(shí)是需要手動(dòng)處理一下，把上下限的極值去除掉
If there are expression outliers in the FeaturePlot this can sometimes make it hard to visualize the full range of expression. You can set the min.cutoff and max.cutoff values in FeaturePlot to change the minimum and maximum values displayed. You can set this to a quantile by using for example “q5” for the lower 5%.
3.整合報(bào)錯(cuò)
Finding integration vector weights
Error in Embeddings(reduction)[nn.cells2, dims] : subscript out of bounds
這個(gè)意思基本就是一個(gè)整合要用到的anchor都沒(méi)找到
至于為啥會(huì)這樣呢？大概率是交集的基因沒(méi)有（就是基因名不對(duì)應(yīng)）柱查，例如一個(gè)是小鼠的（Gad1）一個(gè)對(duì)象是人類的基因（GAD1）廓俭，這就不對(duì)應(yīng)，把小鼠的所有基因名轉(zhuǎn)為人的同源基因名再整合就可以了唉工。
4. SplitObject報(bào)錯(cuò)
Error: No cells found
檢查：
- metadata的行名是不是和Seurat object的列名一致（一般都是這個(gè)原因研乒，基本上就出現(xiàn)在自己手動(dòng)構(gòu)建的對(duì)象里面，按正常的方式構(gòu)建的對(duì)象不會(huì)有這個(gè)問(wèn)題）
解決：rownames(data@meta.data)=colnames(data) - 檢查對(duì)象/metadata里面有沒(méi)有NA
持續(xù)更新……
