GPL文件 一個探針對應多個symbol 整理成data.frame 【已解決】

雖說簡單,但對R語言不熟悉的人來說還是需要指點一下第岖,才會用。首先是GPL下載的文件郊酒,以GPL96為例键袱。



提取最感興趣的3列。



好的褐健,接下來需要得到每個probe 對應單個symbol name的數(shù)據(jù)框澜汤。比如,10073_s_at ——DDR1谁不;10073_s_at ——MIR4640徽诲;1053_at——RFC2……

上代碼:

symbola=data.frame(probe=selectAnno$probe,symbol=selectAnno$symbol,
                     stringsAsFactors = FALSE)#22283
  symbola=symbola[which(symbola$symbol!= ""),] #21225 #刪去symbol為空的
  symbolb=strsplit(symbola$symbol,split = " /// ") # 分割字符串
names(symbolb) <- symbola$probe  #這一步很關(guān)鍵
symbolc <- ldply(symbolb,data.frame) #23749 #list轉(zhuǎn)換為data.frame
colnames(symbolc) <- c("probe","symbol")
save(symbolc,file = "GPL96_probe_symbol.Rdata")
symbola

symbolb

symbolc

大功告成轩拨!

?著作權(quán)歸作者所有,轉(zhuǎn)載或內(nèi)容合作請聯(lián)系作者
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