影響因子：8.786
關(guān)于非腫瘤生信嚷缭，我們也解讀過很多，主要有以下類型
1 單個疾病WGCNA+PPI分析篩選hub基因耍贾。
2 單個疾病結(jié)合免疫浸潤阅爽，熱點(diǎn)基因集，機(jī)器學(xué)習(xí)算法等荐开。
3 兩種相關(guān)疾病聯(lián)合分析付翁，包括非腫瘤結(jié)合非腫瘤，非腫瘤結(jié)合腫瘤或者非腫瘤結(jié)合泛癌分析
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研究概述：
本文從 COVID-19 和 HIV 數(shù)據(jù)集中 DEG 的交集中確定了 394 個常見的 DEG百侧，接著使用KEGG和GO功能富集分析分析常見的DEGs以確定潛在的生物學(xué)途徑。然后開發(fā)了PPI網(wǎng)絡(luò)來鑒定可作為疾病診斷標(biāo)志物的樞紐基因能扒。隨后探索轉(zhuǎn)錄因子（TF）候選鑒定佣渴，microRNA（miRNA）候選鑒定和候選藥物鑒定，提供可能對治療HIV感染的COVID-19患者有用的潛在藥物初斑。
流程圖
研究結(jié)果：
一辛润、COVID-19與HIV之間的DEGs和常見DEGs的鑒定
- 圖A在 COVID-19 數(shù)據(jù)集中確定 3213 個 DEGs，在HIV數(shù)據(jù)集中確定1718個DEGs见秤。圖B砂竖、C火山圖分別描繪了 COVID-19 和 HIV 的 DEG。圖D維恩圖顯示鹃答，394 個DEG 在 COVID-19 和 HIV 數(shù)據(jù)集中都很常見乎澄，說明HIV和COVID-19具有大量共同基因且密切相關(guān)。
二测摔、常見DEG的功能富集分析
1.GO富集分析顯示置济，GO富集途徑(p值< 0.05)、生物過程（BP）避咆、細(xì)胞組成（CC）和分子功能（MF）均顯著富集舟肉。BP類別中，最顯著的途徑是有絲分裂核分裂查库，有絲分裂姐妹染色單體分離和姐妹染色單體分離路媚。CC類別中，排在前三位的術(shù)語是胞質(zhì)核糖體樊销，染色體整慎，著絲粒區(qū)和染色體區(qū)脏款。MF類別中，核糖體的結(jié)構(gòu)成分裤园，共受體活性和C?C趨化因子受體活性是前三個具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義的GO術(shù)語（圖3A撤师，B）。
2.KEGG富集分析的前三種途徑是冠狀病毒-COVID-19拧揽、細(xì)胞因子-細(xì)胞因子受體相互作用和細(xì)胞周期（圖3C剃盾，D）。結(jié)果表明淤袜，這些常見的DEG與細(xì)胞周期有很強(qiáng)的關(guān)系痒谴，這可能會導(dǎo)致為COVID-19和HIV提供更有效的治療方法。
三铡羡、常見DEGs的PPI網(wǎng)絡(luò)和樞紐基因的提取
1.圖4說明了HIV和COVID-19中常見DEG之間的相互作用积蔚。
2.圖5表述前10個樞紐基因的得分排名。在中間的圓圈中烦周，10個樞紐基因代表了前10個樞紐基因的得分以及它們與其他常見的DEGs的相互作用尽爆。包括CCNA2、CCNB1读慎、CDC20漱贱、TOP2A、AURKB夭委、PLK1饱亿、BUB1B、KIF11闰靴、DLGAP5彪笼、RRM2。
3.接下來蚂且，分別對 HIV 和 COVID-19 進(jìn)行了 ROC 分析配猫。HIV 數(shù)據(jù)集中所有樞紐基因的曲線下面積 （AUC） 值均大于 0.616，而 COVID-19 數(shù)據(jù)集中所有樞紐基因的 AUC 值均大于 0.973（補(bǔ)充圖 2杏死、3）泵肄。通過靶向這些樞紐基因，有可能開發(fā)針對COVID-19的新型靶向療法淑翼。
四腐巢、調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建
有兩種類型的基因表達(dá)調(diào)節(jié)因子：轉(zhuǎn)錄因子（TF）和miRNA。TFs通過結(jié)合啟動子區(qū)域來調(diào)節(jié)轉(zhuǎn)錄玄括，而miRNA調(diào)節(jié)轉(zhuǎn)錄后基因表達(dá)冯丙。TF和miRNA之間相互作用的分析表明，165個TF和2466個miRNA協(xié)調(diào)這些常見的DEG遭京，表明它們之間的合作程度很高胃惜。
圖6顯示根據(jù)其P值及其與常見DEGs的相互作用進(jìn)行排名的前10個轉(zhuǎn)錄因子泞莉。紅色圓圈表示網(wǎng)絡(luò)中P值最低的前10個轉(zhuǎn)錄因子，而藍(lán)色圓圈表示與轉(zhuǎn)錄因子相關(guān)的常見差異表達(dá)基因船殉。
3. 圖7顯示P值前10位的microRNA及其與常見差異表達(dá)基因的相互作用鲫趁。粉紅色圓圈代表具有前 10 個最低 P值的miRNA，而橙色菱形代表與 miRNA 相關(guān)的常見差異表達(dá)基因利虫。結(jié)果表明挨厚，常見的DEGs與TFs，miRNA之間存在很強(qiáng)的關(guān)系糠惫。
五幽崩、候選藥物的鑒定
圖8根據(jù)Enrichr的DSigDB庫中基于P值鑒定出前十名藥物（LUCANTHONE、達(dá)沙替尼寞钥、依托泊苷、腸內(nèi)酯陌选、曲格列酮理郑、睪酮、雌二醇咨油、骨化三醇您炉、白藜蘆醇、四惡英）役电。這些潛在的小分子化合物可以作為COVID-19和HIV的治療靶點(diǎn)和治療方法赚爵。
研究總結(jié)：
本研究首先利用GEO數(shù)據(jù)庫中的COVID-19和HIV血液樣本來鑒定樞紐基因，這些基因可能在COVID-19和HIV的發(fā)生和發(fā)展中起關(guān)鍵作用法瑟。其次闡明了CVOID-19與HIV之間的相互作用冀膝，這可能為COVID-19和HIV病毒感染的分子機(jī)制提供新的見解。第三篩選出十種按P值排名的候選藥物霎挟，這些藥物可能作為治療COVID-19和HIV患者的生物標(biāo)志物窝剖，有助于 HIV 感染的 COVID-19 患者的精確診斷和治療。
