一代承、核酸提取與純化介紹
核酸提取是分子生物學(xué)的基本組成部分安岂,因高質(zhì)量的核酸是分子生物學(xué)上的應(yīng)用至關(guān)重要褂始。
我們將會(huì)總結(jié)一些現(xiàn)用核酸提取技術(shù)和針對(duì)樣品類型選擇正確提取方法的小建議景埃;也會(huì)提及評(píng)估核酸濃度和質(zhì)量,以及核酸提取過程中的常見問題粱哼。
a. 為什么需要核酸提燃径?
核酸提取為大量廣泛研究和應(yīng)用提供了答案(例如:克隆皂吮、qRT-PCR和全基因組戒傻、轉(zhuǎn)錄組范疇中的二代測(cè)序技術(shù))税手,獲得的核酸可以多種方式進(jìn)行應(yīng)用蜂筹。
準(zhǔn)確的研究目的,決定了要提取的核酸類型芦倒;核酸的應(yīng)用往往影響提取方法的選擇艺挪。(例如:標(biāo)準(zhǔn)的End-point PCR反應(yīng),不需要與全基因組測(cè)序?qū)嶒?yàn)相同的DNA質(zhì)量)
為了確定最佳的研究方法,有必要清楚了解核酸的下游應(yīng)用以及任何與樣品類型相關(guān)的潛在限制麻裳。(例如口蝠,臨床樣品采集量往往有限,核酸提取存在挑戰(zhàn)津坑。)??
雖然依據(jù)樣品類型妙蔗,細(xì)胞裂解方式不同,但整體的核酸提取核心原則不變:細(xì)胞或組織樣品裂解疆瑰,去除非核酸污染物(例如眉反,蛋白質(zhì)等)。
提取核酸的原因:
①為了分析基礎(chǔ)研究和疾病研究中的基因表達(dá)穆役;?
②跟蹤對(duì)藥物治療的反應(yīng)(例如寸五,在抗病毒治療期間和之后監(jiān)測(cè)病毒滴度)。
③識(shí)別新物種并深入了解進(jìn)化過程(例如耿币,Ancient DNA分析)梳杏。?
④對(duì)人類、動(dòng)物和植物中引起傳染病暴發(fā)的病原體進(jìn)行監(jiān)測(cè)和分類淹接。?
⑤通過微生物檢測(cè)和量化監(jiān)測(cè)食品和水安全十性。?
⑥診斷疾病(如基因疾病蹈集,癌癥烁试,免疫學(xué)缺陷)。
b. 細(xì)胞裂解的方法
細(xì)胞裂解在很大程度上取決于樣品類型拢肆,更堅(jiān)固的組織减响,如植物,與哺乳動(dòng)物相比則需要更大的力量進(jìn)行處理郭怪。?
細(xì)胞裂解方法分為三大類:機(jī)械裂解支示、酶裂解和化學(xué)裂解。??
這個(gè)三種分析方法的基本原理和每種方法的優(yōu)缺點(diǎn)如下:
方法一:機(jī)械裂解
機(jī)械裂解:細(xì)胞膜被外力破壞鄙才。?
優(yōu)勢(shì):?
效率高颂鸿,速度快;??
快速裂解縮短了從采集樣本到分離核酸的時(shí)間攒庵,這在基因表達(dá)分析實(shí)驗(yàn)中可能是至關(guān)重要的嘴纺;
非常適合于難以溶解的樣品(例如,植物材料浓冒,絲狀真菌和酵母)栽渴。?
劣勢(shì):?
根據(jù)使用的方法,多樣本處理時(shí)比較耗時(shí)(例如稳懒,人工手動(dòng)研磨處理)闲擦;
大量樣品處理耗時(shí),可能會(huì)增加樣品降解的風(fēng)險(xiǎn);
機(jī)械處理會(huì)在樣本中產(chǎn)生熱量墅冷,導(dǎo)致蛋白質(zhì)聚集和核酸降解纯路;l需要一些特殊工具或儀器。
方法二:酶裂解
添加一種酶來消化蛋白質(zhì)或細(xì)胞結(jié)構(gòu)寞忿,如酵母細(xì)胞壁和絲狀真菌驰唬。?
優(yōu)勢(shì):
實(shí)驗(yàn)室中的理想方法,過程中無需機(jī)械裂解設(shè)備腔彰;?
選擇性的去除細(xì)胞壁定嗓,留下細(xì)胞部分采用另一種裂解方式(通常是化學(xué)裂解),方法靈活萍桌,避免了一些由機(jī)械裂解產(chǎn)生的破壞宵溅。?
劣勢(shì):?
耗時(shí)(酶消化可能需要1小時(shí))而且價(jià)格昂貴;??
由于酶誘導(dǎo)的細(xì)胞變化可能影響基因表達(dá)上炎,因此不適合進(jìn)行基因表達(dá)分析恃逻。
方法三:化學(xué)裂解
在化學(xué)分解過程中,細(xì)胞被一種能分解脂膜的洗滌劑清洗藕施,從而釋放細(xì)胞成分寇损。除洗滌劑外,化學(xué)裂解緩沖液通常含有離液鹽裳食,如鹽酸胍或尿素矛市,這有助于破壞降解新暴露核酸蛋白質(zhì)(如核酸酶)的穩(wěn)定性,并使核酸與二氧化硅基質(zhì)結(jié)合诲祸∽抢簦化學(xué)裂解緩沖液的確切組成取決于應(yīng)用方向和樣品類型。?
優(yōu)勢(shì):?
價(jià)格便宜救氯,操作簡(jiǎn)單找田,速度快;無需專用設(shè)備着憨。?
劣勢(shì):??
破壞細(xì)胞膜的洗滌劑通常也會(huì)溶解其他細(xì)胞膜墩衙,從而釋放其成分。這種方法不適于細(xì)胞器特異性核酸的提燃锥丁漆改;
雖然這項(xiàng)技術(shù)對(duì)大腸桿菌有效,但對(duì)革蘭氏陽性細(xì)菌准谚、植物細(xì)胞或真菌細(xì)胞無效挫剑,因?yàn)榇嬖谧柚瓜礈靹┻M(jìn)入細(xì)胞膜的硬細(xì)胞壁;??
在大腸桿菌樣品中同時(shí)加入洗滌劑和離液鹽可能會(huì)影響質(zhì)粒DNA和基因組DNA的區(qū)別能力氛魁。但是暮顺,可以采取步驟區(qū)分這些類型,稍后討論秀存。?
化學(xué)物質(zhì)會(huì)給研究人員帶來危險(xiǎn)捶码。
c. 核酸純化原理的理解
在細(xì)胞裂解后,核酸被選擇性的從周圍細(xì)胞成分中釋放出來或链,集中在水溶液或合適的緩沖溶液中以供下有使用惫恼。細(xì)胞理解后的步驟,統(tǒng)稱為純化澳盐。由于分離的核酸化學(xué)性質(zhì)不變祈纯,無論樣品類型如下,下面描述的純化策略通常適用于所有樣品類型叼耙。
①離心柱(Spin Columns)
該方法通常跟試劑盒緊密相關(guān)腕窥,離心柱提取和純化可以快速獲得高質(zhì)量DNA、質(zhì)粒筛婉、RNA和PCR產(chǎn)物簇爆,而無需進(jìn)行新鮮試劑制備。離心柱含有硅膠或?qū)S袠渲墓腆w基質(zhì)爽撒,用于選擇性結(jié)合核酸入蛆。
典型離心柱提取操作步驟:
A.裂解的樣本保留至離心柱:?
裂解后的樣品,收集在含有離液鹽的結(jié)合緩沖液中硕勿,置于旋轉(zhuǎn)柱哨毁。結(jié)合緩沖液允許核酸與水溶液分離并與柱基質(zhì)結(jié)合。
B.核酸的結(jié)合:
離心使整個(gè)樣品與柱基質(zhì)接觸源武。樣本中的核酸選擇性地與柱結(jié)合扼褪,而其他細(xì)胞組件通過(這通常稱為流過)柱基質(zhì)。
C.洗滌:
結(jié)合后粱栖,對(duì)柱子進(jìn)行清洗迎捺,以去除可能嚴(yán)重影響下游應(yīng)用的任何殘留污染物,如蛋白質(zhì)或殘留鹽類查排。清洗次數(shù)取決于試劑盒凳枝。一些洗滌緩沖液中含有離液鹽以去除蛋白質(zhì),有些緩沖液中含有高濃度的乙醇以去除鹽類跋核。大多數(shù)試劑盒都幾乎全部包括由乙醇組成的緩沖液作為最后清洗步驟岖瑰,以確保完全除鹽。
D.離心柱殘留乙醇的去除:
清洗后砂代,有時(shí)會(huì)進(jìn)行短時(shí)間的空離心以去除殘留乙醇蹋订。
E.洗脫:
從基質(zhì)中洗脫核酸,加入少量的水或洗脫緩沖液*刻伊,柱子靜置幾分鐘露戒。自上一步椒功,離液鹽已經(jīng)被去除,洗脫緩沖液能夠使核酸再水化智什,使核酸與柱基質(zhì)分離动漾。最后一次離心可以將含有核酸樣品的水溶液轉(zhuǎn)移到新的離心管中。
*核酸通常儲(chǔ)存在含有Tris和EDTA(TE緩沖液)的緩沖液中荠锭。EDTA的存在有助于抑制核酸酶活性旱眯。雖然TE緩沖液對(duì)抑制核酸酶是有效的,TE中EDTA的含量通常比大多數(shù)的Mg2+含量低幾個(gè)數(shù)量級(jí)证九。
離心柱的優(yōu)劣勢(shì):
優(yōu)勢(shì):?
低成本?
高效可靠?
產(chǎn)生核酸適用于用于下游應(yīng)用?
劣勢(shì):
生長(zhǎng)緩慢的菌株核酸量低?
洗脫不完全導(dǎo)致核酸流失?
離心柱的結(jié)合能力決定了核酸的總量
質(zhì)粒離心柱試劑盒
質(zhì)粒提取試劑盒可以從大腸桿菌中快速分離質(zhì)粒删豺,是分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室中應(yīng)用最廣泛的試劑盒之一。
由于大腸桿菌易于化學(xué)裂解愧怜,質(zhì)粒試劑盒將樣品裂解和核酸純化結(jié)合如下:?
A.在細(xì)胞碎片被離心沉淀之前呀页,細(xì)菌細(xì)胞在離心管中裂解;?
B.裂解液的配置使得只有質(zhì)粒DNA在裂解后可以跟離心柱結(jié)合拥坛。因此赔桌,細(xì)胞裂解液通過離心可以立即掛載到柱上。?
C.將含有裂解物的質(zhì)粒與離心柱結(jié)合渴逻,剩余的純化步驟與所有其他離心柱方案相似疾党。?
D.水或TE緩沖液中洗脫使用高質(zhì)量質(zhì)粒DNA。
**大多數(shù)離心柱試劑盒在裂解過程中將質(zhì)粒DNA與基因組DNA(gDNA)進(jìn)行區(qū)分惨奕。裂解緩沖液中含有氫氧化鈉和十二烷基硫酸鈉雪位,使質(zhì)粒和gDNA完全變性。接下來的步驟梨撞,中和了樣本雹洗,使質(zhì)粒DNA重獲新生。然而卧波,高分子量的gDNA不能完全重新結(jié)合时肿,并且容易與樣品中的蛋白質(zhì)纏結(jié),從而阻止gDNA與離心柱結(jié)合港粱,從而導(dǎo)致其去除螃成。盡管在效率和可靠性上,質(zhì)粒離心柱試劑盒存在一些缺點(diǎn)查坪。試劑盒的優(yōu)化標(biāo)準(zhǔn)主要是通過大腸桿菌菌株寸宏,生長(zhǎng)緩慢或不穩(wěn)定的菌株可能會(huì)發(fā)生低產(chǎn)量。此外偿曙,質(zhì)粒試劑盒和離心柱試劑盒的結(jié)合能力有限氮凝,根據(jù)試劑盒的不同,總回收率在50到100μg之間望忆。
其他離心柱試劑盒
除核酸提取外罩阵,離心柱還用于核酸的純化和濃縮竿秆。純化試劑盒,可用于移除PCR或其他酶制劑反應(yīng)中未被發(fā)生反應(yīng)的殘留試劑稿壁,并從瓊脂糖凝膠中純化DNA幽钢。濃縮樣品可以為許多下游應(yīng)用提供更大的靈活性。??
一些商業(yè)離心柱試劑盒具有片段篩選的功能常摧,允許根據(jù)研究目的選擇合適的篩選片段范圍試劑盒(例如,小RNA)威创。這是通過改變緩沖溶液中的乙醇含量來實(shí)現(xiàn)的落午。??
許多離心柱試劑盒結(jié)合了細(xì)胞裂解和核酸純化,我們便可從幾乎任何類型的樣本中找到分離核酸的離心柱肚豺,包括但不限于昆蟲溃斋、植物、種子吸申、真菌梗劫、細(xì)菌、唾液截碴、血液梳侨、糞便和石蠟包埋樣品。
② 苯酚/氯仿和乙醇沉淀
苯酚/氯仿提取法是一種依靠溶解度不同原理分離核酸的方法日丹。樣品暴露于給定比例苯酚/氯仿混合液中獲取所需的核酸走哺。蛋白質(zhì)可溶與苯酚/氯仿,核酸可溶于水哲虾。當(dāng)苯酚/氯仿溶液與樣品混合時(shí)丙躏,蛋白質(zhì)和核酸被分離,為純化提供保障束凑。
對(duì)于RNA和DNA的雙重提取晒旅,此過程可通過添加酸性苯酚進(jìn)行調(diào)整。這使得過量的H+離子與磷酸鹽骨架相互作用汪诉,導(dǎo)致DNA不帶電废恋。DNA將溶解在酚/氯仿萃取的酚層中,而RNA由于其天然的酸性扒寄,將保持溶解在水相中拴签。離心后可以分離水相和有機(jī)相,并且每相都可以進(jìn)行乙醇沉淀旗们。
經(jīng)典苯酚/氯仿和乙醇沉淀的操作步驟:
A.苯酚和氯仿的接觸:
裂解的樣品與苯酚/氯仿通常通過強(qiáng)旋渦混合蚓哩。旋渦確保所有有機(jī)成分都能與苯酚/氯仿混合物充分相互作用,以達(dá)到完全溶解和去除的目的上渴。
B.離心:A步驟后岸梨,可見兩個(gè)相喜颁。含有核酸的水相位于頂部,而底部的有機(jī)相含有蛋白質(zhì)曹阔、脂質(zhì)和其他大分子半开。然后離心樣品以完全分離這兩個(gè)相
C.相分離:用移液管小心地除去水相。?
D.乙醇沉淀:用乙醇沉淀赃份、純化核酸寂拆。在乙醇沉淀過程中,加入鹽和乙醇以緩沖水溶液中的核酸抓韩。鹽緩沖糖磷酸骨架纠永,乙醇改變?nèi)芤旱慕殡姵?shù)。這使得核酸能夠從水溶液中分離出來谒拴,從而可以通過高速離心分離尝江。
E.重懸:在水或TE緩沖液中重新溶解成團(tuán)的DNA或RNA。
苯酚/氯仿提取的優(yōu)英上、劣勢(shì):
優(yōu)勢(shì):?
效率高炭序,通常比離心柱的產(chǎn)量高;ü適用于提取完整的高分子量DNA(如苍日,gDNA)惭聂;??
懸浮在復(fù)雜溶液中的樣品通常仍適用于該方法,而一些揮發(fā)性化合物可干擾離心柱柱基質(zhì)相恃;
對(duì)于脂肪類型樣品(如彼妻,腦組織),苯酚/氯仿提取優(yōu)于大多數(shù)離心柱試劑盒豆茫。
劣勢(shì):
如果處理不當(dāng)侨歉,苯酚和氯仿是有害的,必須在通風(fēng)柜中極其小心地進(jìn)行處理揩魂。??
這種方法比離心柱試劑盒要費(fèi)時(shí)幽邓,而且可能導(dǎo)致較低的得率。??
核酸提取物中含有微量的苯酚和氯仿會(huì)對(duì)下游的酶反應(yīng)產(chǎn)生負(fù)面影響火脉,如牵舵,PCR。如果是這種情況倦挂,則需要在PCR之前清除畸颅。因此,有許多離心柱純化試劑盒方援。??
要有把握地提取不含污染物的水相没炒,可能需要一點(diǎn)實(shí)踐經(jīng)驗(yàn)。
③提高通量的自動(dòng)化方法
根據(jù)核酸的應(yīng)用和樣本類型的不同犯戏,可選擇適合的高通量提取方法送火。最常用的是磁珠提取拳话。在這項(xiàng)技術(shù)中,正電荷磁珠被引入到樣品中种吸,DNA在低pH下與帶正電荷的磁珠結(jié)合弃衍,在高pH下釋放DNA。珠子可以通過磁鐵去除坚俗,溶液的pH可以很容易的調(diào)節(jié)镜盯,以分離所需核酸。這項(xiàng)技術(shù)快速高效猖败,但在自動(dòng)化設(shè)備上的投資可能會(huì)相當(dāng)昂貴速缆。(磁珠的包被材料不同,原理略有差異辙浑。)
d. 關(guān)鍵因子及對(duì)提取的影響
在進(jìn)行核酸提取或純化時(shí)激涤,必須密切注意一些因素拟糕,如pH值判呕、鹽濃度、溫度送滞、緩沖體積和潛在的乙醇污染侠草。這些因素中的每一個(gè)都會(huì)極大地影響下游實(shí)驗(yàn)的得率、質(zhì)量和成功率犁嗅。
1.非最適pH值或鹽濃度可改變核酸的電荷边涕,導(dǎo)致核酸不能與離心柱結(jié)合,或?qū)е卤椒?氯仿錯(cuò)誤的溶解核酸。?
2.緩沖液體積不正確,可導(dǎo)致不完全裂解锭部,中和或間接稀釋洗脫的核酸狡蝶。?
3.乙醇污染可以抑制下游的酶反應(yīng),并使樣品從瓊脂糖凝膠中飄浮出來终抽。
e. 特殊情況
1.高分子質(zhì)量DNA的提取
對(duì)于某些應(yīng)用(如,Southern雜交和一些測(cè)序過程),提取完整的高分子量(HMW)DNA是必要的著隆。要提取HMWDNA,除了上述因素外呀癣,還需要考慮其他因素:
HMW-DNA在提取過程中容易斷裂美浦。因?yàn)榧羟辛Γu流、超聲波等)可導(dǎo)致DNA分子的分解项栏,從而在提取后產(chǎn)生較短的片段浦辨。為了避免這一點(diǎn),對(duì)樣本施加最小的剪切力沼沈。
對(duì)于需要對(duì)HMWDNA進(jìn)行可視化的應(yīng)用荤牍,可以在瓊脂糖凝膠塞中進(jìn)行裂解和提取案腺,從而在整個(gè)過程中穩(wěn)定DNA(例如,脈沖場(chǎng)凝膠電泳)康吵,其中整個(gè)染色體保持完整劈榨,并通過電泳顯現(xiàn)。
堿裂解常常導(dǎo)致HMW-DNA的丟失晦嵌,因?yàn)樵谧冃赃^程中同辣,HMW-DNA會(huì)發(fā)生不可逆的纏結(jié)。
如果使用離心柱提取HMW-DNA惭载,考慮柱基質(zhì)的結(jié)合容量大小旱函。一些色譜柱只能處理10-15kb大小的片段,因?yàn)橛捎诰o密結(jié)合描滔,較大片段很難從色譜柱中洗脫棒妨。對(duì)于較大的碎片,可能需要考慮高HMW結(jié)合的專用柱含长,或手動(dòng)方法券腔,如苯酚/氯仿提取和乙醇沉淀。
2.SmallRNAs?
在傳統(tǒng)的RNA提取過程中拘泞,小RNA分子經(jīng)常丟失纷纫,因?yàn)閭鹘y(tǒng)的離心柱通常有大約100個(gè)堿基對(duì)的尺寸限制,盡管尺寸限制值很大程度上取決于緩沖液的配方陪腌。小RNA分子對(duì)于理解生物功能極其重要辱魁,所以大多數(shù)總RNA提取純化試劑盒都經(jīng)過優(yōu)化以捕獲這些小RNA。
二诗鸭、評(píng)估提取的核酸
a. 定量與質(zhì)控
在核酸提取和純化之后染簇,了解提取樣品的濃度和質(zhì)量是非常重要的。根據(jù)下游實(shí)驗(yàn)?zāi)康牡牟煌堪叮@些參數(shù)的波動(dòng)會(huì)極大地改變結(jié)果锻弓。例如,如果每個(gè)cDNA合成反應(yīng)不使用完全相同的總RNA请唱,qRT-PCR的表達(dá)分析將導(dǎo)致不可靠的數(shù)據(jù)弥咪。有許多核酸評(píng)估方法,它們?cè)跁r(shí)間消耗十绑、成本和精度上有所不同聚至。最終,選擇方法時(shí)應(yīng)考慮下游實(shí)驗(yàn)的要求本橙。
以下是一些最常見的評(píng)估方法的概述:
1. 瓊脂糖凝膠電泳
瓊脂糖凝膠電泳以分子量為基礎(chǔ)扳躬,通過在電流的存在下通過固化的凝膠基質(zhì)將核酸分離出來。將提取的核酸與平行的分子量標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行比較,所述分子量標(biāo)準(zhǔn)包含已知大小和濃度的片段贷币。
優(yōu)勢(shì):目測(cè)DNA質(zhì)量击胜;完整的基因組DNA樣本顯示為完整條帶;降解的核酸顯示為彌散狀態(tài)役纹;核糖體RNA清晰可見偶摔;可供大多數(shù)實(shí)驗(yàn)室使用;可視化可能存在的污染(例如促脉,質(zhì)粒純化樣品中存在RNA)辰斋。
劣勢(shì):只提供粗略的濃度估計(jì);不顯示樣品中存在污染物瘸味,如鹽宫仗。
2. 毛細(xì)管電泳
毛細(xì)管電泳,有時(shí)被稱為芯片上的實(shí)驗(yàn)室旁仿,通過一個(gè)由檢測(cè)器監(jiān)測(cè)的小毛細(xì)管來吸取樣品藕夫,計(jì)算機(jī)接收信息并以圖形方式顯示。毛細(xì)管電泳適用于分析片段大小枯冈、數(shù)量和樣品的整體質(zhì)量毅贮。這種技術(shù)比傳統(tǒng)的瓊脂糖電泳更精確,通常是在qPCR之前進(jìn)行核酸評(píng)估的方法霜幼。
優(yōu)勢(shì):多類型核酸的精確分析嫩码;自動(dòng)上樣和定量比凝膠法更精確誉尖;高靈敏度-可檢測(cè)和分析少罪既、微量樣品。
劣勢(shì):價(jià)格昂貴铡恕。
3. 分光光度法
分光光度法是一種快速檢測(cè)技術(shù)琢感,它依賴于光與樣品相互作用的特性來精確定量。樣品被裝入通過測(cè)試的儀器(分光光度計(jì))中不同波長(zhǎng)的光通過它們探熔,然后被探測(cè)器接收驹针。探測(cè)器提供有關(guān)樣品數(shù)量和質(zhì)量的信息,然后計(jì)算機(jī)軟件翻譯诀艰。通過在260nm和280nm處測(cè)量吸光度柬甥,兩者的比值表示樣品的純度。對(duì)于純DNA和RNA其垄,260/280的比率應(yīng)該在1.8到2.1之間苛蒲。可在230nm處進(jìn)行額外測(cè)量绿满,低于2.0的230/280nm比率表示存在有機(jī)污染物臂外。
近年來,一種新型的基于熒光的分光光度分析方法在分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室得到了廣泛的應(yīng)用。這種基于熒光的技術(shù)比傳統(tǒng)的分光光度法具有更高的靈敏度漏健,并且能夠通過使用DNA和RNA特有的熒光染料來區(qū)分DNA和RNA嚎货。
優(yōu)勢(shì):準(zhǔn)確快速;提供關(guān)于污染物存在的信息蔫浆;大多數(shù)實(shí)驗(yàn)室都有分光光度計(jì)殖属。
劣勢(shì):無法量化單個(gè)片段;昂貴瓦盛。
b.提高核酸質(zhì)量
盡管我們盡了最大的努力忱辅,但通常還是有必要采取額外的措施來提高核酸質(zhì)量。以下將描述在需要改進(jìn)核酸質(zhì)量時(shí)需要考慮的一些附加因素谭溉。
1.使用和儲(chǔ)存溫度:
核酸易被核酸酶(即RNase和DNase)降解墙懂,低溫儲(chǔ)存有助于抑制酶活性。DNA天生比RNA更穩(wěn)定扮念,在較高的儲(chǔ)存溫度下對(duì)核酸酶活性更具抵抗力损搬。
DNA應(yīng)儲(chǔ)存在-20℃或以下,并在使用過程中保存在冰上柜与。反復(fù)的凍融可能會(huì)使DNA片段化巧勤,特別是HMW-DNA。因此弄匕,如果經(jīng)常使用HMWDNA颅悉,則應(yīng)將其儲(chǔ)存在4℃下。
RNA更易被核酸酶降解迁匠,應(yīng)始終保存在非常低的溫度(-20至-80℃)剩瓶,只有在絕對(duì)必要時(shí)才能解凍。
2. 核酸酶抑制劑和清洗液
核酸酶的存在可以快速降解核酸樣品城丧。很容易將核酸酶從未受保護(hù)的手轉(zhuǎn)移到工作表面延曙;因此,在使用核酸時(shí)應(yīng)始終戴手套亡哄。
工作場(chǎng)所應(yīng)保持清潔枝缔,并經(jīng)常用乙醇擦拭,以去除核酸酶污染蚊惯。有許多商用產(chǎn)品可以防止RNase污染愿卸。許多研究人員還將核糖核酸酶抑制劑焦碳酸二乙酯(DEPC)添加到水中,用于RNA的工作截型。在RNA工作之前用EDPC清洗和處理玻璃器皿也是可取的趴荸。
近年來,市場(chǎng)上出現(xiàn)了許多核酸穩(wěn)定劑菠劝。與上述清洗溶液不同赊舶,這些試劑在采集點(diǎn)直接添加到完整樣品中睁搭,以抑制核酸酶并穩(wěn)定核酸,直到進(jìn)行提取笼平。盡管這些試劑中的大多數(shù)與大多數(shù)下游提取試劑盒和應(yīng)用兼容园骆,但其中一些試劑需要在提取核酸之前從完整樣品中去除。
3. 使用無核酸酶耗材
使用任何核酸時(shí)寓调,確保對(duì)任何消耗品或玻璃器皿進(jìn)行核酸酶處理锌唾。盡可能購(gòu)買無核酸酶管和帶過濾器的吸管頭。如果在分析之后夺英,您發(fā)現(xiàn)您的DNA產(chǎn)量很低晌涕,質(zhì)量不理想,或者如果提取的DNA通過了您的質(zhì)量評(píng)估痛悯,但您在下游實(shí)驗(yàn)過程中獲得了不理想的結(jié)果余黎,則需要進(jìn)行一些故障排除。