前面給大家介紹了?miRNA相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)及miRNA靶基因批量預(yù)測(cè)
也給大家整理了?cytoscape詳細(xì)教程仰挣，以及詳細(xì)的?視頻講解
有些小伙伴發(fā)現(xiàn)，從miRNA預(yù)測(cè)結(jié)果到cytoscape展示ceRNA網(wǎng)絡(luò)缠沈，這兩者中間還有一個(gè)小小的gap膘壶。熟悉cytoscape的小伙伴應(yīng)該都知道错蝴，它的輸入文件一般是edges和nodes。
edges的格式一般如下颓芭，有兩列顷锰。我們知道兩個(gè)節(jié)點(diǎn)連接起來(lái)就是一條邊，所以每一行是一條邊亡问，第一列是邊的起始點(diǎn)官紫，第二列是邊的終止點(diǎn)。
我們經(jīng)常在ceRNA相關(guān)的paper里面看到類(lèi)似于下面這樣的ceRNA網(wǎng)絡(luò)圖州藕。會(huì)用不同的形狀和顏色代表不同的RNA類(lèi)型（miRNA束世，lncRNA，mRNA或circRNA）床玻。
實(shí)際上這里的形狀和顏色在cytoscape里面都屬于節(jié)點(diǎn)的屬性毁涉。要想將不同的RNA類(lèi)型區(qū)分開(kāi)，就必須有一個(gè)類(lèi)似于下面的nodes文件锈死。在這個(gè)文件里面給出了每個(gè)RNA究竟屬于哪一種類(lèi)型贫堰。
接下來(lái)小編就給大家捋一捋如何從miRNA靶基因的預(yù)測(cè)結(jié)果得到edges和nodes這兩個(gè)文件。?完整代碼
1. 參考?miRNA相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)及miRNA靶基因批量預(yù)測(cè)得到mRNA-miRNA和lncRNA-miRNA之間的調(diào)控關(guān)系待牵。
mRNA-miRNA之間的調(diào)控關(guān)系
lncRNA-miRNA之間的調(diào)控關(guān)系
2.取mRNA-miRNA和lncRNA-miRNA之間的調(diào)控關(guān)系中共有的miRNA其屏。
如果你手上有候選的miRNA，在這一步還可以再跟你的候選miRNA取個(gè)交集缨该。
3.根據(jù)篩選過(guò)的miRNA偎行，進(jìn)一步篩選mRNA-miRNA和lncRNA-miRNA的調(diào)控關(guān)系。
篩選過(guò)的mRNA-miRNA調(diào)控關(guān)系
篩選過(guò)的lncRNA-miRNA調(diào)控關(guān)系
4.合并篩選過(guò)的mRNA-miRNA和lncRNA-miRNA調(diào)控關(guān)系就可以得到edges這個(gè)文件贰拿。
5.提取篩選過(guò)的mRNA-miRNA調(diào)控關(guān)系中的mRNA蛤袒，加上類(lèi)型mRNA。提取篩選過(guò)的lncRNA-miRNA調(diào)控關(guān)系中的lncRNA壮不，加上類(lèi)型lnc汗盘。前面篩選過(guò)的miRNA，加上類(lèi)型miRNA询一。將這三者合并起來(lái)得到nodes文件隐孽。
接下來(lái)再參考?視頻講解，就可以得到ceRNA網(wǎng)絡(luò)圖了
我們得到的最終ceRNA網(wǎng)絡(luò)如下健蕊，綠色V型是lncRNA菱阵，紅色六邊形是miRNA，藍(lán)色橢圓形是mRNA缩功。
從這張圖上我們可以看到晴及，PTEN這個(gè)基因跟XIST這個(gè)lncRNA共享3個(gè)miRNA，所以PTEN跟XIST很可能是一對(duì)內(nèi)源性的競(jìng)爭(zhēng)性的RNA對(duì)嫡锌，也就是ceRNA對(duì)虑稼。
他們共享的這三個(gè)miRNA中兩個(gè)已經(jīng)有文獻(xiàn)報(bào)道過(guò)了琳钉。
這篇2020年發(fā)表的文章就報(bào)道了XIST/miR-17/PTEN三者之間的關(guān)系。
這篇2017年的文章就報(bào)道過(guò)XIST/miR-181a/PTEN三者之間的關(guān)系蛛倦。
貌似還剩下一個(gè)miR-105歌懒，突然感覺(jué)好像有了新的研究方向：）
