單細胞測序方法和原理系列：
- 1. 單細胞轉(zhuǎn)錄組建庫原理：SMART膘格、TargetAmp和10X genomics
- 2. DNA文庫構(gòu)建和Illumina測序化學(xué)原理
- 3. 單細胞免疫組庫：TCR基因重排原理和TCR測序建庫方法
- 4. 單細胞ATAC-seq原理介紹與報告解讀
1. 介紹
CITE-seq是一種能夠同時測定數(shù)千個細胞的無偏差轉(zhuǎn)錄圖譜和基于抗體檢測的蛋白標記物的技術(shù)。研究發(fā)現(xiàn)，這種方法可以同時適用于兩種不同的高通量單細胞測序，并通過實例顯示出唯竹，該方法比單獨的單細胞測序數(shù)據(jù)能夠得到更加詳細的細胞表型特征银酗。
CITE-seq這個方法在2017年的時候發(fā)表在nature methods上。作者還建了一個網(wǎng)站：www.cite-seq.com
ADT (antibody derived tags)概念：被測序測到的“從抗體衍生出來的標簽”的數(shù)量疾宏。可以近似地認為胞锰，ADT就是抗體所對應(yīng)的蛋白在一個細胞上的表達量灾锯。但要注意的是，這里只是一個近似值嗅榕，因為不同抗體對抗原的親和力是不一樣的顺饮。
2. CITE-seq原理
CITE-seq由mRNA測序和對帶標簽的抗體測序組成。單細胞測序的部分和10X的原理是一樣的凌那，參考：單細胞轉(zhuǎn)錄組建庫原理：SMART兼雄、TargetAmp和10X genomics 。只是CITE-seq在原有單細胞測序的基礎(chǔ)上加了抗體帽蝶，抗體可以結(jié)合到細胞表面相應(yīng)的蛋白上赦肋，抗體上帶有特殊的DNA標簽。
帶有DNA標簽的抗體：
抗體的設(shè)計使得它1）能夠被基于寡聚dT建庫的RNA文庫所捕獲；2）含有用于區(qū)分抗體條形碼序列佃乘；3）能夠進行后續(xù)的PCR特異擴增囱井。
使用鏈霉素-生物素親和反應(yīng)將抗體與寡核苷酸的5’端連接起來，同時還包含了一個二硫鍵趣避，于是在還原條件下寡核苷酸便能夠從抗體上釋放出來庞呕。
首先將抗體和單細胞懸液一起孵育（和流式類似），抗體和細胞結(jié)合后洗去未結(jié)合的抗體程帕，隨后樣本即可對接10x技術(shù)被分成油包水小液滴住练。
細胞裂解后，mRNA和與抗體結(jié)合的寡核苷酸通過它們3’端的polyA尾巴愁拭，同時與含有polyT的微珠發(fā)生退火而結(jié)合在一起。在反轉(zhuǎn)錄時岭埠，與微珠結(jié)合的一段特殊的條形碼序列能夠區(qū)分來自于不同細胞的mRNA和與抗體結(jié)合的寡核苷酸序列盏混。而擴增了的來源于抗體的序列（ADTs）和cDNA分子能夠通過大小區(qū)分開，并將其構(gòu)建為獨立的Illumina測序文庫枫攀。
需要注意的是括饶，兩個文庫類型是可以同時進行測序的，但考慮到測序深度問題来涨，由于它們是單獨構(gòu)建的，因此可以將它們合并在單一泳道中并調(diào)整它們的相對比例启盛，以確保每個文庫都能獲得適當(dāng)?shù)臏y序深度蹦掐。
文庫制備好之后就可以進行測序了
3. 優(yōu)點
1. 同時測mRNA+蛋白信息，數(shù)據(jù)更豐富僵闯，對細胞的注釋更準確卧抗，有助于發(fā)現(xiàn)新的細胞類型。
2. 由于barcode的存在鳖粟，CITE-seq檢出的mRNA+蛋白是可以對應(yīng)的社裆，可就是說是可以同時得到每個細胞的mRNA+蛋白表達量。
3. 與流式細胞相比向图，CITE-seq又可以不受抗體之間信號干擾的影響泳秀，大大增加了表面蛋白標記的數(shù)量(一次可以檢出多達100個的蛋白)，從而可以一次性獲得多種由抗體蛋白指示的免疫表型的信息榄攀。甚至嗜傅，如果關(guān)注點在細胞蛋白上，ADTs可以獨立于細胞的mRNA而單獨測序檩赢、分析吕嘀，即已報到的Abseq。
4. CITE-seq能夠與10X Genomics無縫銜接，方便易操作偶房。
參考：
CITE-seq可以同時測細胞表面蛋白和RNA的單細胞測序
Total-seq的前世今生——前世：CITE-seq
