學(xué)校服務(wù)器上雖然安裝成了一些杖虾，但是有些沒安裝成功烂瘫，有些還有GLIBC2.14報(bào)錯(cuò)，總之就是失斊媸省（后來 day44在北鯤云上全都安裝成功坟比，略有安慰）

-----------下面是這段痛苦的記錄----------

學(xué)習(xí)資料B站視頻：生物技能樹 第八季轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)分析

非root軟件安裝管理器-conda!

一、檢查自己系統(tǒng)里的conda（復(fù)習(xí)）

day33曾經(jīng)安裝過conda嚷往！下面內(nèi)容為復(fù)習(xí)鞏固葛账。
在https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/ 里面找到適合的版本。
miniconda比較小皮仁，但是annaconda 自帶python籍琳。學(xué)校服務(wù)器比較老，miniconda出了奇怪的錯(cuò)誤贷祈，只能安裝annaconda趋急，用自己的python，就不依賴別人了势誊。
選擇版本
后綴有window-x86呜达，有MacOSX，還有Linux-86_64或者Linux-ppc64le等粟耻。在服務(wù)器上輸入uname 再輸入uname -m查看當(dāng)前操作系統(tǒng)名稱和計(jì)算機(jī)類型查近，來選擇。

 ~$uname
Linux
~$uname -m
x86_64

再看一下文件的發(fā)布時(shí)間挤忙，選擇時(shí)間比較新的霜威。但我覺得太新的可能和我校這老服務(wù)器不匹配，萬一有問題呢册烈。還是選個(gè)1-2年前的靠譜些戈泼。
于是選了這個(gè)：Anaconda3-2020.07-Linux-x86_64.sh（20年的版本500多M）

下載要到cd到自己需要安裝的目錄下，輸入：
wget --no-check-certificate https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/Anaconda3-2020.07-Linux-x86_64.sh
安裝
bash Anaconda3-2020.07-Linux-x86_64.sh 過程中遇到問題，都輸入yes就行矮冬。
路徑
回到home目錄谈宛，把export PATH="/data/zds209/anaconda3/bin:$PATH"寫到.bashrc 中次哈，然后用source .bashrc激活胎署。
查看是否安裝成功
conda --version 和conda - V，兩個(gè)命令效果一樣窑滞。
源-鏡像
這個(gè)day33學(xué)習(xí)學(xué)習(xí)過琼牧，到.condarc文件中添加這些源，但是據(jù)說可能會(huì)過一段時(shí)間就失效之類的哀卫。如果在用conda安裝軟件中有問題巨坊，要想到是否要更新之。
conda config --show-sources #查有哪些源
conda config --show channels #查有哪些源
設(shè)置最大下載時(shí)間：
conda config --set remote_read_timeout_secs 600.0

channels:
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/pro
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/msys2
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/pytorch/
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/simpleitk/
show_channel_urls: true

建新的虛擬環(huán)境
conda creat -n rnaseq python=2.7.3
進(jìn)入虛擬環(huán)境
conda activate rnaseq

二此改、檢查系統(tǒng)里各個(gè)軟件是否安裝

1趾撵，fastqc
之前安裝過。所以輸入astqc - V或者fastqc -help就可以直接查看共啃。

 (TRANS) zds209 11:55:44 ~$fastqc -V
FastQC v0.11.3

2占调，multiqc
之前安裝過。用這個(gè)命令查看multiqc --help

3, trimmomatic

沒有安裝過移剪，用conda 安裝之究珊。（失敗）

conda search trimmomatic
conda install trimmomatic==0.32

image.png

安裝似乎成功了纵苛，但是卻出現(xiàn)如下報(bào)錯(cuò)剿涮。

~$trimmomatic -V
java: /lib64/libc.so.6: version `GLIBC_2.14' not found (required by /data/zds209/anaconda3/envs/rnaseq/bin/../lib/libz.so.1)
java: /lib64/libc.so.6: version `GLIBC_2.14' not found (required by /data/zds209/anaconda3/envs/rnaseq/bin/../lib/libjli.so)

即使用了export LD_LIBRARY_PATH=/data/software/glibc-2.141/lib:$LD_LIBRARY_PATH，命令后面有出現(xiàn)local LC什么的報(bào)錯(cuò)攻人。

還是直接下載安裝吧取试。cd到software/trimmomatic文件夾下：

wget http://www.usadellab.org/cms/uploads/supplementary/Trimmomatic/Trimmomatic-0.38.zip
在解壓縮unzip Trimmomatic-0.38.zip生成了新的文件夾Trimmomatic-0.38，其中有一個(gè)jar文件怀吻，就是安裝完的文件了瞬浓。

查看安裝成功與否：（必須要完整路徑）
java -jar ~/software/trimmomatic/Trimmomatic-0.38/trimmomatic-0.38.jar –h #-h相當(dāng)于help

image.png

4, cutadapt，之前安裝過

~$cutadapt --help
cutadapt version 1.18

5烙博，trim_galore
用trim_galore --help命令查看

6瑟蜈，star

conda安裝雖然能完成，但是仍然不能用渣窜。學(xué)校服務(wù)器太老了铺根。。

~$conda search star
~$conda install star
~$STAR --help
FATAL: kernel too old
Aborted

從網(wǎng)站找到合適的文件：
https://github.com/alexdobin/STAR
在服務(wù)器下載之：
wget https://github.com/alexdobin/STAR/archive/refs/tags/STAR_2.4.0j.tar.gz
但是linux一直下載不成功乔宿，于是先下載到windows之后再傳到linux服務(wù)器上位迂。
tar -xzvf STAR-STAR_2.4.0j.tar.gz
之后cd到STAR-STAR_2.4.0j/source文件夾下。
make STAR

image.png

7. HISAT2

用conda install hisat2安裝精置，但是報(bào)錯(cuò)。隨后發(fā)現(xiàn)之前建立的虛擬環(huán)境的python版本太新锣杂，脂倦，和服務(wù)器好像不匹配，重新建個(gè)新的元莫，用稍微舊一點(diǎn)的python吧赖阻。

~$conda create -n  rnaseq python=2.7.3
~$conda activate rnaseq#進(jìn)入rnaseq這個(gè)環(huán)境
~$conda install hisat2==2.0.4
~$hisat2 --help #可查看幫助文檔

回過去，在用conda安裝了上面的trimmomatic和star

~$conda install trimmomatic==0.32
~$trimmomatic --help #成功
~$conda install star==2.4.0j #安裝過程沒有問題

~$STAR

EXITING because of fatal input ERROR: could not open readFilesIn=Read1

Aug 05 22:17:12 ...... FATAL ERROR, exiting  #但是出現(xiàn)這個(gè)踱蠢，還不確定是不是成功火欧。前面沒用conda安裝star也是出現(xiàn)這個(gè)報(bào)錯(cuò)。

8. bowtie 以前安裝過
用bowtie2 -help 來查看幫助文檔

9. SUBREAD

conda install subread==1.5.2
featureCounts #featureCounts是subread軟件包里的一個(gè)命令,所以安裝subread成功茎截，即可看到featureCounts 詳細(xì)幫助文檔苇侵。

10.tophat
conda install tophat==2.0.13 -y
出現(xiàn)報(bào)錯(cuò)：

用下面的命令即可。
LD_LIBRARY_PATH=/data/software/glibc-2.141/lib:/data/software/zlib1.22.11/lib

11.bwa
conda install bwa==0.5.9 -y
這個(gè)類似上面tophat稼虎，也要GLIBC2.14衅檀。

12.htseq

conda install htseq==0.7.2
但是無論怎么常識(shí)安裝各個(gè)版本，都會(huì)出現(xiàn)報(bào)錯(cuò)霎俩。

image.png

(base) zds209 13:56:02 ~$python
Python 3.8.3 (default, Jul  2 2020, 16:21:59) 
[GCC 7.3.0] :: Anaconda, Inc. on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import sys
>>> print(sys.maxunicode)
1114111
>>> exit()

在conda的rnaseq環(huán)境下猿推，python是2.7.3

(rnaseq) zds209 13:59:18 ~$python
Python 2.7.6 (default, Apr 14 2014, 02:59:48) 
[GCC 4.4.7 20120313 (Red Hat 4.4.7-4)] on linux2
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import sys
>>> print(sys.maxunicode)
65535
>>> exit()

上面兩個(gè)不同環(huán)境print出來的數(shù)字不同“齐龋可以確定base是UCS4編譯蹬叭，rnaseq是UCS2編譯。htseq這個(gè)軟件似乎是要用UCS4來編譯状知。

當(dāng)網(wǎng)速不行秽五，直接conda install下載不順暢的時(shí)候：

wget --no-check-certificate https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/linux-64/htseq-0.7.2-py27_0.tar.bz2
conda install --offline ./anaconda3/pkgs/htseq-0.7.2-py27_0.tar.bz

但是這種方法有缺陷，就是該軟件的依賴包都不能直接安裝饥悴。

conda install --channel https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda htseq==0.7.2

wget --no-check-certificate https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/linux-64/pysam-0.9.0-py27_0.tar.bz2
conda install --offline ./pysam-0.9.0-py27_0.tar.bz2

13.bedtools

直接輸入bedtools 坦喘，可以顯示幫助文檔

14.deeptools
直接輸入deeptools 盲再，可以顯示幫助文檔

15.salmon export