作者电抚，Evil Genius
這一篇我們繼續(xù)分享關(guān)于空間通訊的內(nèi)容，今天偷個(gè)懶竖共。
10X Visium HD平臺(tái)已經(jīng)發(fā)布蝙叛，高精度平臺(tái)，配套loupe軟件公给，看起來幾乎是無敵的借帘，大家可以試一試新的技術(shù)。
希望華大可以更新一下自己的平臺(tái)淌铐，能達(dá)到10X的水平即可肺然，那樣大家不會(huì)選擇10X的Visium HD。
但是大家選擇平臺(tái)腿准，保證數(shù)據(jù)質(zhì)量是前提际起。
但是無論是哪種平臺(tái)，通訊是必須分析的內(nèi)容。
上一篇重點(diǎn)介紹過街望，細(xì)胞之間的相互作用通常發(fā)生在200 μm的范圍內(nèi)校翔。
這一點(diǎn)在高精度平臺(tái)上更加明顯。
文章在時(shí)空軌跡和空間細(xì)胞相互作用
針對(duì)通訊的內(nèi)容可以參考
10X空間轉(zhuǎn)錄組通訊信號(hào)流的運(yùn)用（COMMOT）
10X單細(xì)胞空間通訊分析之最新版cellphoneDB（v4）解讀
通過空間行為（optimal transport）推斷空間細(xì)胞間通訊信號(hào)方向(COMMOT)
時(shí)空通訊分析策略
時(shí)空通訊分析大盤點(diǎn)
時(shí)空通訊分析導(dǎo)論
今天我們繼續(xù)關(guān)于空間通訊的內(nèi)容
其中空間通訊分析的重點(diǎn)灾前，就是既要分析配受體對(duì)防症，又要考慮空間鄰近性，從而形成空間模式豫柬，因?yàn)榧?xì)胞就相互作用（CCC）具有空間依賴性。
Visium測(cè)量直徑為55 μ m的轉(zhuǎn)錄組扑浸，每個(gè)點(diǎn)包含約1-10個(gè)細(xì)胞烧给，而最近推出的Visium HD(高清晰度)可實(shí)現(xiàn)2 μ m的單細(xì)胞空間分辨率。另外喝噪，MERFISH提供了單個(gè)細(xì)胞的真正單細(xì)胞分辨率础嫡，盡管只有較小的基因子集。目前很少有直接從空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)檢測(cè)CCC的方法酝惧，這些數(shù)據(jù)是由細(xì)胞的空間位置及其相關(guān)轉(zhuǎn)錄物提供的榴鼎。niche使用k近鄰來識(shí)別近端細(xì)胞并計(jì)算它們的配體-受體共表達(dá)評(píng)分。然后使用主成分分析(PCA)將細(xì)胞分解為鄰域來發(fā)現(xiàn)通信的生態(tài)位晚唇。
COMMOT通過集體最佳運(yùn)輸篩選空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)中的細(xì)胞-細(xì)胞通信巫财。然而，COMMOT需要一個(gè)網(wǎng)絡(luò)路徑列表作為額外的輸入哩陕，這增加了它對(duì)先驗(yàn)信息的依賴平项。這些方法大多使用差異表達(dá)和可變的配體和受體基因，僅結(jié)合空間信息來限制細(xì)胞附近的潛在通信悍及。然而闽瓢，空間數(shù)據(jù)可以提供額外的信息，例如發(fā)現(xiàn)重復(fù)出現(xiàn)的CCC“模式”心赶。這些模式將CCC的定義從配體-受體對(duì)擴(kuò)展到配體-受體-配體-受體中繼網(wǎng)絡(luò)(配體從一個(gè)細(xì)胞到另一個(gè)細(xì)胞的受體扣讼，再將另一個(gè)配體發(fā)送到第三個(gè)細(xì)胞的受體，依此類推)缨叫。這些模式的頻率可能表明對(duì)CCC檢測(cè)的高置信度椭符。發(fā)現(xiàn)這樣的CCC模式需要復(fù)雜的人工智能模型來學(xué)習(xí)復(fù)雜的結(jié)構(gòu)。
基于配體-受體對(duì)的通信依賴于空間距離
根據(jù)高表達(dá)配體和同源受體基因的共表達(dá)對(duì)每個(gè)細(xì)胞間信號(hào)進(jìn)行評(píng)分
其中我們要實(shí)現(xiàn)的目標(biāo)
