單細(xì)胞克隆關(guān)于新冠病毒棘突蛋白的開發(fā)

自新型冠狀病毒肺炎(COVID-19)爆發(fā)以來播赁,截至目前為止全球感染新型冠狀病毒的病例一億八千多萬拟枚,死亡病例三百九十多萬薪铜,我國感染病例亦有十一萬多,現(xiàn)每日仍有病例不斷報出梨州,感染病例也不斷上升痕囱。此次大流行由嚴(yán)重急性呼吸綜合征冠狀病毒2(SARS-CoV-2)所引起的一種新發(fā)型急性呼吸道傳染病,疫情幾乎蔓延至所有的國家暴匠,給全球社會經(jīng)濟(jì)帶來了極大災(zāi)難鞍恢,也成為了目前全球最大的公共衛(wèi)生事件。

因此每窖,認(rèn)識和理解COVID-19感染途徑和發(fā)病機(jī)制對其防控和治療具有重要意義帮掉。作為新平臺,單細(xì)胞技術(shù)的成熟在整個生命科學(xué)領(lǐng)域的廣泛應(yīng)用催生了許多重要的生物學(xué)發(fā)現(xiàn)窒典,也意味著在臨床研究上會有一批新的突破蟆炊,所以單細(xì)胞分離篩選在SARS-CoV-2研究中起到尤為重要的作用。

新冠病毒的起源發(fā)展

自20世紀(jì)30年代末以來瀑志,人們就知道了動物冠狀病毒涩搓,最近的研究將Human coronaviruses (HCoVs)的進(jìn)化與加速的城市化和家禽養(yǎng)殖聯(lián)系起來污秆;這些做法允許頻繁的物種交換和簡化物種屏障的跨越,研究人員通過研究SARS-CoV-2和相關(guān)sarbecovirus (SARS-CoV-2屬于蝙蝠和穿山甲病毒的病毒群)的突變過程發(fā)現(xiàn)了相當(dāng)顯著的變化昧甘,早在1983年良拼,有證據(jù)強(qiáng)烈表明單峰駱駝是MERS CoV的重要宿主;據(jù)預(yù)測充边,這種祖?zhèn)鞑《緯尿鹕砩峡缭轿锓N屏障庸推,進(jìn)入單峰駱駝體內(nèi)。后來浇冰,穿山甲被認(rèn)為是SARS-CoV-2的潛在中間宿主贬媒,因為它與穿山甲中的CoV具有99%的遺傳同源性;但它們都是在SARS-CoV-2出現(xiàn)在人類之前肘习。這也說明际乘,許多冠狀病毒具有“通才”的特性且在宿主之間跳躍能力明顯,而這一特性使得冠狀病毒可能在傳染給人類之前就已經(jīng)在蝙蝠中得到進(jìn)化了[1]井厌。

大流行的人類冠狀病毒的棘突蛋白對于其進(jìn)入人體細(xì)胞至關(guān)重要蚓庭。事實上,大多數(shù)針對嚴(yán)重急性呼吸系統(tǒng)綜合冠狀病毒 2 (SARS-CoV-2) 的中和抗體是針對病毒表面暴露的棘突蛋白仅仆,使其成為疫苗和診斷測試的首選抗原器赞。在當(dāng)前大流行的背景下,全球?qū)坏鞍椎男枨笱杆僭黾幽拱荩磕昕赡艹^數(shù)百克至公斤港柜。冠狀病毒棘突是高度糖基化的同源三聚體復(fù)合物,具有固有的結(jié)構(gòu)靈活性和不穩(wěn)定性咳榜∠淖恚可制造性差現(xiàn)威脅到這些蛋白質(zhì)用于疫苗和診斷測試的可用性。所以尋求一種能夠穩(wěn)定生產(chǎn)三聚體棘突蛋白(Trimeric spike protein涌韩,S蛋白)的工藝尤為重要畔柔。

SARS-CoV-2 S蛋白的設(shè)計

SARS-CoV-2 S蛋白的編碼DNA的密碼子經(jīng)過優(yōu)化,一共設(shè)計了11個DNA結(jié)構(gòu)體(圖2)臣樱,并由ATUM公司合成靶擦。添加了一個功能性IgG先導(dǎo)序列來介導(dǎo)有效的信號肽切割。添加編碼組氨酸(8-聚體)的DNA用于羧基末端表達(dá)雇毫。如前所述玄捕,furin裂解位點(diǎn)RRAR突變?yōu)榉枪δ苄浴T谌垠w設(shè)計中棚放,將跨膜區(qū)和C端細(xì)胞內(nèi)的尾端去除枚粘,用一個T4折疊子序列取代。對于RBD片段(aa319-541)飘蚯,添加了IgG leader和His標(biāo)簽序列馍迄。由于攜帶D614G氨基酸變化的SARS-CoV-2變異體的廣泛出現(xiàn)福也,本研究中也包括了這種棘突蛋白變異。

單克隆細(xì)胞株的篩選和三聚體棘突蛋白表達(dá)

采用CHO4Tx的轉(zhuǎn)染試劑攀圈,在無動物來源的培養(yǎng)基中拟杉,將包含SARS-CoV-2 棘突蛋白的DNA序列的pXLG-6載體轉(zhuǎn)染CHOExpressTM細(xì)胞。該載體包括用于嘌呤霉素抗性標(biāo)記物的表達(dá)盒量承。轉(zhuǎn)染后的細(xì)胞用嘌呤霉素進(jìn)行篩選,對于wuhan突變毒株穴店,采用Cytena f.sight 篩選單克隆細(xì)胞株撕捍。將高水平表達(dá)的三聚體S蛋白和RDB單體的細(xì)胞株擴(kuò)增并凍存。RBD棘突片段的重組細(xì)胞系和三聚體S蛋白的克隆細(xì)胞系在優(yōu)化的補(bǔ)料分批工藝中泣洞,以0.2-忧风,10-和50-L的生物反應(yīng)器中放大培養(yǎng)。

從300個單克隆衍生的細(xì)胞群中球凰,挑選出三聚體棘突(trimeric spike)和受體結(jié)合域(RBD)表達(dá)水平最高的細(xì)胞群進(jìn)行擴(kuò)增狮腿,并開發(fā)了補(bǔ)料分批生產(chǎn)工藝。生產(chǎn)過程逐步擴(kuò)大到200mL搖瓶呕诉、10L和40L攪拌槽生物反應(yīng)體系缘厢。活細(xì)胞密度(VCD)和存活率可保持高達(dá)10天(圖3)甩挫。觀察到三聚體棘突蛋白和RDB單體在各種培養(yǎng)規(guī)格下最終收獲滴度均為數(shù)百毫克/升贴硫。

Figure3. Cell culture scale-up performance in shake flasks and bioreactors.三聚體棘突(a)和RBD(b)的活細(xì)胞密度(細(xì)胞/mL)和活細(xì)胞(%)。

SARS-CoV-2的棘突蛋白對SARS-CoV-2感染的抑制作用

將SARS-CoV-2病毒與連續(xù)稀釋的RBD或三聚體棘突混合伊者,并將混合物接種到Vero E6細(xì)胞上英遭。48h后發(fā)現(xiàn)RBD棘突片段和三聚體棘突的存在減少了Vero E6細(xì)胞的感染。表明CHO產(chǎn)生的三聚體棘突和RBD能夠與SARS-CoV-2競爭與宿主細(xì)胞的結(jié)合亦渗。在614D(武漢)和D614G三聚體棘突變體之間未觀察到差異[2]挖诸。

?CHO產(chǎn)生的三聚體棘突和 RBD可抑制SARS-CoV-2感染

(a)三聚體棘突和RBD對Vero E6細(xì)胞感染的抑制作用,病毒核衣殼抗原染色(紅色)法精,細(xì)胞核染色(藍(lán)色)多律;并對其進(jìn)行統(tǒng)計分析(b)。

SARS-CoV-2棘突蛋白檢測抗體的敏感性和特異性

我們特別選擇了一組2019冠狀病毒疾病血清樣本亿虽,這些樣本涵蓋了大量SARS-CoV-2特異性抗體濃度菱涤。通過對三聚體棘突蛋白和RBD蛋白用于血清學(xué)分析中檢測SARS-CoV-2特異性IgG。發(fā)現(xiàn)新冠病毒樣本的中值信號強(qiáng)度比對照樣本高400倍以上(圖5a)洛勉。統(tǒng)計分析顯示粘秆,S1單體和兩種RBD的ROC之間沒有差異,武漢和D614G三聚體棘突之間也沒有差異收毫。此外攻走,我們的結(jié)果表明殷勘,CHO產(chǎn)生的三聚體棘突比S1單體和RBD具有更高的診斷特異性和敏感性。

CHO產(chǎn)生的三聚體棘突具有更高的診斷特異性和敏感性

(a)在癥狀出現(xiàn)的第4-40天收集的對照血清(n=151)和 2019冠狀病毒疾病血清(n=72)進(jìn)行了測試昔搂,并比較了免疫球蛋白G的濃度玲销。(b)用 ROC分析(a)中檢測的血清。

f.sight?溫和篩選的原理保證了CHO具有較高的活性摘符,為下游的擴(kuò)展生產(chǎn)工藝奠定了基礎(chǔ)贤斜,以提供足夠數(shù)量的具有哺乳動物型糖基化的三聚體SARS-CoV-2棘突蛋白。功能分析表明逛裤,三聚體SARS-CoV-2棘突蛋白能夠有效地阻斷病毒的傳染性瘩绒。此外,三聚體棘突對SARS-CoV-2特異性IgG的診斷性能超過RDB和單體S1蛋白带族。

參考文獻(xiàn)

◆[1].Kirtipal N ,? Bharadwaj S ,? Kang S G . From SARS to SARS-CoV-2, insights on structure, pathogenicity and immunity aspects of pandemic human coronaviruses[J]. Infection Genetics and Evolution, 2020, 85:104502.[1] Kirtipal N ,? Bharadwaj S ,? Kang S G . From SARS to SARS-CoV-2, insights on structure, pathogenicity and immunity aspects of pandemic human coronaviruses[J]. Infection Genetics and Evolution, 2020, 85:104502.

◆[2]. Pino P ,? Kint J ,? Kiseljak D , et al. Trimeric SARS-CoV-2 Spike Proteins Produced from CHO Cells in Bioreactors Are High-Quality Antigens[J]. Processes, 2020, 8(12).Pino P ,? Kint J ,? Kiseljak D , et al. Trimeric SARS-CoV-2 Spike Proteins Produced from CHO Cells in Bioreactors Are High-Quality Antigens[J]. Processes, 2020, 8(12).

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