三維基因組組織結(jié)構(gòu)在免疫細胞命運分化和功能中的作用(上篇)

摘要

免疫細胞的分化蘑拯、發(fā)育和激活需要轉(zhuǎn)錄程序的精確和協(xié)調(diào)控制罐韩。基因組的三維(3D)組織結(jié)構(gòu)已成為染色質(zhì)狀態(tài)娱颊、轉(zhuǎn)錄活性和細胞身份決定的重要調(diào)節(jié)因子,它可以通過促進或阻礙轉(zhuǎn)錄調(diào)控元件與靶基因之間的遠程染色質(zhì)相互作用來調(diào)控基因的表達凯砍。染色質(zhì)折疊可使免疫細胞對胞外信號產(chǎn)生細胞類型特異性和刺激特異性的轉(zhuǎn)錄應(yīng)答反應(yīng)箱硕,這對于控制免疫細胞命運分化、炎癥反應(yīng)和產(chǎn)生各種抗原受體特異性應(yīng)答是必不可少的悟衩。在此剧罩,我們系統(tǒng)回顧了3D基因組組織與免疫細胞分化和功能控制之間聯(lián)系的最新研究進展,并討論了3D基因組折疊的改變?nèi)绾螌?dǎo)致免疫細胞的功能障礙和惡性轉(zhuǎn)化座泳。

前言

在哺乳動物中惠昔,機體已經(jīng)演化出了一個復(fù)雜的免疫細胞網(wǎng)絡(luò)幕与,它們既能中和清除病原體和惡性細胞,又能修復(fù)機體的組織損傷1镇防。我們的免疫系統(tǒng)由多種功能特異的細胞類型組成啦鸣,包括具有廣泛特異性的快速反應(yīng)先天免疫細胞(如巨噬細胞)和響應(yīng)特定抗原的高度專業(yè)化的淋巴細胞(如T細胞)1。盡管存在這種異質(zhì)性来氧,但所有的免疫細胞都具有敏銳的感知周圍環(huán)境的能力诫给,并在面對微環(huán)境變化時迅速作出反應(yīng)以適應(yīng)新的環(huán)境。對于這種反應(yīng)靈活性啦扬,免疫細胞主要依賴于將細胞外環(huán)境信號有效地傳遞到細胞核中來改變相應(yīng)基因的轉(zhuǎn)錄程序2,3中狂。基因轉(zhuǎn)錄程序的改變反過來又能改變免疫細胞的功能狀態(tài)考传,包括增加炎癥介質(zhì)的產(chǎn)生或進入細胞周期吃型。因此,免疫細胞已成為研究基因轉(zhuǎn)錄調(diào)控機制的范例僚楞。此外勤晚,免疫細胞的功能障礙或惡性轉(zhuǎn)化是許多疾病發(fā)生發(fā)展的決定性特征,包括過敏泉褐、自身免疫性疾病和癌癥等4赐写。

基因表達的變化主要受與DNA結(jié)合的轉(zhuǎn)錄因子的調(diào)控5。細胞間通訊和微環(huán)境感知可以觸發(fā)細胞內(nèi)的信號級聯(lián)反應(yīng)膜赃,從而激活轉(zhuǎn)錄因子改變基因的轉(zhuǎn)錄程序挺邀,并塑造細胞表型。轉(zhuǎn)錄調(diào)控涉及多種類型的調(diào)節(jié)元件跳座,包括位于基因轉(zhuǎn)錄起始位點上游的啟動子和遠距離控制轉(zhuǎn)錄程序的增強子等 6,7,8 端铛。這些調(diào)節(jié)元件受到轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合,而轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合反過來又受到3D基因組組織結(jié)構(gòu)的影響 9,10疲眷。DNA可以發(fā)生甲基化修飾禾蚕,從而吸引或排斥特定的轉(zhuǎn)錄因子和調(diào)節(jié)蛋白。組蛋白將DNA包裝到染色質(zhì)中狂丝,DNA對轉(zhuǎn)錄因子的可及性受組蛋白的定位和翻譯后修飾的控制换淆。重要的是,染色質(zhì)還可以采用細胞類型特異的三維 (3D) 基因組組織几颜,在基因的轉(zhuǎn)錄調(diào)控中發(fā)揮著重要作用倍试。在這篇綜述中,我們重點討論了3D基因組折疊如何影響基因的轉(zhuǎn)錄調(diào)控過程蛋哭,以及調(diào)控免疫細胞分化县习、激活和功能障礙或惡性轉(zhuǎn)化的最新見解。

三維基因組組織

當前模型

在過去的十年中,我們對3D基因組拓撲結(jié)構(gòu)的解析取得了長足的進步躁愿,并對3D基因組結(jié)構(gòu)的組織原則產(chǎn)生了新的認識哈蝇。這場技術(shù)革命的核心是染色質(zhì)構(gòu)象捕獲 (3C) 技術(shù)及其衍生的Hi-C技術(shù)的發(fā)展,它們使用化學(xué)交聯(lián)后的鄰近連接來構(gòu)建細胞核的3D基因組染色質(zhì)互作圖譜 11,12 攘已。當前3D基因組組織的主要模型是基于3C衍生技術(shù)的相關(guān)發(fā)現(xiàn),該模型認為染色質(zhì)在細胞核中會進行多個級別的層級折疊 13,14 (圖 1)怜跑。其中样勃,每條染色體在細胞核中都占據(jù)一個特定的區(qū)域,被稱為染色體疆域性芬。大多數(shù)情況下峡眶,在染色體疆域內(nèi),但也有跨領(lǐng)域的植锉,基因組區(qū)域之間的兆堿基規(guī)模相互作用可以將染色質(zhì)劃分到不同的區(qū)室中辫樱。根據(jù)染色質(zhì)含量的生化特征,可以將其區(qū)分為兩種不同的染色質(zhì)區(qū)室俊庇。其中狮暑,“A”區(qū)室主要位于染色質(zhì)開放的區(qū)域,并富含轉(zhuǎn)錄活躍的基因辉饱,而“B”區(qū)室則主要由轉(zhuǎn)錄沉默的緊縮異染色質(zhì)所組成搬男。在核定位方面,A區(qū)室大多占據(jù)在細胞核的中心位置彭沼,而B區(qū)室則主要分布在外周的核纖層附近缔逛。在最初發(fā)現(xiàn)的A和B區(qū)室之后 15,人們基于組蛋白修飾特征和復(fù)制時間對其作出了進一步的改進姓惑,并在最近的一項研究中提出了更動態(tài)的中間型“I”區(qū)室的存在 16褐奴。染色質(zhì)區(qū)室通常由稱為拓撲相關(guān)結(jié)構(gòu)域 (TAD) 的亞兆堿基結(jié)構(gòu)所組成。TAD是基因組中空間絕緣的互作區(qū)域于毙,在TAD結(jié)構(gòu)域內(nèi)部存在較強的自我相互作用敦冬,而與TAD邊界外區(qū)域間的相互作用較少。通常望众,轉(zhuǎn)錄單元的所有調(diào)控元件(如啟動子匪补、增強子)位于同一TAD 內(nèi),并且它們之間可以產(chǎn)生短程的染色質(zhì)相互作用烂翰。進一步的夯缺,人們對TAD內(nèi)的相互作用進行詳細分析,發(fā)現(xiàn)了“stripes”條紋結(jié)構(gòu)的存在甘耿,這些“stripes”條紋似乎有助于強化增強子-啟動子間的相互作用 17,18,19 踊兜。最近,Micro-C技術(shù)可以在單核小體分辨率水平解析3D基因組的染色質(zhì)折疊佳恬,揭示了TAD內(nèi)包含更精細的染色質(zhì)結(jié)構(gòu)捏境,由stripes條紋于游、互作點和連接基因調(diào)控元件的小結(jié)構(gòu)域所組成 20。

圖1.三維基因組組織的層級結(jié)構(gòu)

目前垫言,關(guān)于3D基因組組織三個主要層級結(jié)構(gòu)的形成機制正在深入研究中(圖 1)贰剥。研究發(fā)現(xiàn),大多數(shù)TAD結(jié)構(gòu)是由稱為環(huán)擠壓的過程所形成的筷频。其中蚌成,環(huán)狀多亞基Cohesin蛋白復(fù)合物通過擠壓染色質(zhì),直到它遇到兩個朝向相對的CTCF蛋白分子與DNA相結(jié)合凛捏,形成以CTCF結(jié)合位點為錨定點的染色質(zhì)環(huán) 21 担忧。TAD內(nèi)的短程染色質(zhì)相互作用也被認為至少部分取決于環(huán)擠壓過程 21 ,但它們也可能由轉(zhuǎn)錄因子同源二聚化或通過非編碼RNA介導(dǎo)所形成5,22,23坯癣。相分離過程涉及調(diào)節(jié)蛋白(包括轉(zhuǎn)錄因子)或RNA分子之間的弱多價相互作用 24,25 瓶盛,已被認為與3D基因組層級結(jié)構(gòu)的形成相關(guān) 25,26 。其中示罗,異染色質(zhì)關(guān)聯(lián)蛋白HP1的相分離已被證明是染色質(zhì)B區(qū)室形成的基礎(chǔ) 27,28,29 惩猫,而由各種轉(zhuǎn)錄激活因子(如RNA聚合酶 II、BRD4等 30 )介導(dǎo)的類似過程可能有助于A區(qū)室的形成鹉勒。轉(zhuǎn)錄因子及其共激活因子的相分離也被提出作為一種機制帆锋,通過將基因組調(diào)控元件聚集在一起形成局部互作中心或凝聚體來促進短程3D基因組互作折疊 6,8。

基因組拓撲結(jié)構(gòu)和轉(zhuǎn)錄控制

基因組的拓撲結(jié)構(gòu)和功能之間存在著緊密聯(lián)系禽额。盡管目前的模型存在一定的爭議锯厢,但仍支持這樣一種觀點,即啟動子和增強子之間的空間互作對于基因表達的時空調(diào)控很重要5,6,7,8,13,23,32,33(圖 1)脯倒。TAD結(jié)構(gòu)通過提供接觸絕緣作用实辑,可以促進(在TAD內(nèi))或阻礙(在TAD間)增強子與啟動子之間的空間物理接近。目前藻丢,關(guān)于基因組區(qū)室化在轉(zhuǎn)錄控制中的作用仍不太清楚剪撬,盡管各種證據(jù)表明遠程染色質(zhì)相互作用和A/B區(qū)室的轉(zhuǎn)變可能有助于轉(zhuǎn)錄控制。例如悠反,通過為后續(xù)的轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)提供開放的染色質(zhì)環(huán)境残黑。盡管剖析基因組拓撲結(jié)構(gòu)和功能之間的因果關(guān)系仍然具有挑戰(zhàn)性,但隨著chromatin loop reorganization using CRISPR–dCas9 (CLOuD9)36, CRISPR-genome organization (CRISPR-GO)37 和light-activated dynamic looping (LADL)38等技術(shù)的開發(fā)斋否,為人們提供了在哺乳動物細胞中設(shè)計拓撲結(jié)構(gòu)的新方法梨水,揭示了在染色質(zhì)區(qū)室 37 或 TADs 39 水平上誘導(dǎo)的染色質(zhì)相互作用可以指導(dǎo)特定生物環(huán)境中的基因調(diào)控。相反茵臭,強烈地轉(zhuǎn)錄抑制過程可能會減少3D基因組結(jié)構(gòu)的形成20,40,41,42 疫诽。盡管存在這些復(fù)雜和未完全理解的因果關(guān)系,但很明顯,基因組的組織結(jié)構(gòu)和功能之間存在動態(tài)的相互作用關(guān)系奇徒,這與建立和維持基因的表達程序是必不可少的5,6,7,8,13,23,32,33 雏亚。事實上,隨著細胞命運狀態(tài)的轉(zhuǎn)變摩钙,基因組的拓撲層級結(jié)構(gòu)會發(fā)生較大的改變罢低,并且這些改變與染色質(zhì)狀態(tài)和基因表達動態(tài)變化密切相關(guān)5 。在這種情況下胖笛,一個值得注意的問題是奕短,特定基因的轉(zhuǎn)錄程序是如何依賴于遠程增強子元件的調(diào)節(jié)的(即由3D染色質(zhì)折疊所介導(dǎo))。小鼠免疫細胞表觀基因組特征的綜合分析匀钧,將基因分類為以近端啟動子驅(qū)動或遠端增強子驅(qū)動的方式進行調(diào)節(jié) 43 ,后者可能更多地依賴于3D基因組的拓撲結(jié)構(gòu)谬返。

免疫細胞發(fā)育中的基因組拓撲結(jié)構(gòu)

造血干細胞和祖細胞中的3D基因組組織

造血系統(tǒng)為探索細胞命運分化的基因調(diào)控機制提供了有吸引力的模型之斯。造血干細胞 (HSC) 每天產(chǎn)生數(shù)十億個成熟的血細胞,包括所有主要的免疫細胞類型(圖 2)遣铝。這一過程需要對數(shù)千個基因進行精確和協(xié)調(diào)的調(diào)控佑刷,以響應(yīng)微環(huán)境信號。最近的研究已經(jīng)開始探索3D基因組組織結(jié)構(gòu)在免疫細胞命運分化中的調(diào)節(jié)作用酿炸。

圖2.造血干細胞的分化發(fā)育

在出生前瘫絮,胚胎肝臟中的HSC細胞會遷移到骨髓中,并在成年后仍保留在那里填硕。由于存在不同的轉(zhuǎn)錄程序麦萤,這些HSC細胞亞型會表現(xiàn)出不同的增殖能力和分化潛能。在小鼠中扁眯,胚胎肝臟HSC和成年骨髓HSC細胞之間的基因組拓撲結(jié)構(gòu)在很大程度上是保守的壮莹,但后者顯示出更穩(wěn)健的染色質(zhì)區(qū)室化和更強的TAD邊界強度 44 。然而姻檀,時期特異性的增強子-啟動子相互作用仍廣泛存在命满,并且與胚胎肝臟HSC和成年骨髓HSC細胞之間表型差異背后的基因轉(zhuǎn)錄調(diào)控有關(guān),包括那些參與細胞周期控制的基因 44 绣版。HSC細胞通過幾個祖細胞階段的順序分化胶台,最終分化發(fā)育為成熟的免疫細胞。有趣的是杂抽,人們在小鼠原始干細胞和祖細胞中诈唬,發(fā)現(xiàn)了一些缺乏DNA甲基化的大片段區(qū)域中形成了兆堿基規(guī)模的染色質(zhì)環(huán),并且它們是獨立于環(huán)擠壓過程形成的 45默怨。這些DNA甲基化“峽谷”區(qū)域富含組蛋白H3K27me3修飾讯榕,這是其干細胞身份決定基因轉(zhuǎn)錄控制所必需的 45 。Hi-C數(shù)據(jù)分析的結(jié)果顯示,在小鼠HSC細胞分化過程中愚屁,基因組染色質(zhì)區(qū)室結(jié)構(gòu)發(fā)生了動態(tài)重排济竹,染色體的凝聚度逐漸增加,并伴隨著Rabl結(jié)構(gòu)的出現(xiàn)霎槐,即著絲粒被束縛在細胞核的一極 46 送浊。小鼠造血細胞中組蛋白H1的體內(nèi)缺失實驗支持了染色質(zhì)B區(qū)室中基因組濃縮與免疫細胞成熟之間的聯(lián)系,該證據(jù)顯示組蛋白H1缺失后成熟淋巴細胞的數(shù)目大量減少丘跌,同時染色質(zhì)的壓縮程度和B區(qū)室化也大規(guī)模降低 47 袭景。事實上,在造血祖細胞向中性粒細胞分化的過程中闭树,基因組會在轉(zhuǎn)錄沉默的區(qū)域之間產(chǎn)生強烈的遠程染色質(zhì)相互作用耸棒,從而導(dǎo)致染色質(zhì)壓縮增加 48 。有趣的是报辱,人們發(fā)現(xiàn)ZNF143轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合控制著造血祖細胞中局部CTCF位點的結(jié)合与殃,使得ZNF143–CTCF介導(dǎo)的增強子–啟動子染色質(zhì)互作環(huán)調(diào)節(jié)干細胞維持基因的表達 49 。在較小的尺度上碍现,與基因體區(qū)域重疊的強而均勻的相互作用域(稱為基因體相關(guān)結(jié)構(gòu)域)出現(xiàn)在不同的造血細胞中幅疼,并且這些基因體相關(guān)結(jié)構(gòu)域獨立于CTCF蛋白而形成。人們在高表達的基因處觀察到了基因體相關(guān)結(jié)構(gòu)域昼接,并且發(fā)現(xiàn)它們在造血細胞分化過程中與基因表達的動態(tài)變化相關(guān) 46 爽篷。

淋巴細胞發(fā)育過程中的3D基因組動力學(xué)

共同淋巴祖細胞(CLP)可以在骨髓中進一步分化為B細胞和先天淋巴細胞(ILC),或遷移至胸腺中分化為T細胞慢睡。B細胞和T細胞的發(fā)育與TCR受體位點的重排密切相關(guān)逐工,涉及在特定發(fā)育階段V、D和J基因片段的逐步重組漂辐,以組裝成一個功能性抗原特異性受體(圖 2)钻弄。有趣的是,通過譜系特異性轉(zhuǎn)錄因子和環(huán)擠壓因子的協(xié)同作用來控制TCR基因位點的3D染色質(zhì)構(gòu)象者吁,對于確保高效和多樣化的TCR重組是至關(guān)重要的窘俺。已有研究表明,在早期B細胞的發(fā)育過程中复凳,基因組的拓撲結(jié)構(gòu)發(fā)生了大量的改變 50,51,52瘤泪。Murre實驗室的開創(chuàng)性工作表明,早期小鼠B細胞祖細胞的分化與數(shù)百個基因在染色質(zhì)A區(qū)室和B區(qū)室之間的相互轉(zhuǎn)換有關(guān) 52 育八。其中对途,Ebf1 基因座(編碼B細胞關(guān)鍵轉(zhuǎn)錄因子EBF1)在轉(zhuǎn)錄激活時會從外周核纖層的非活性B區(qū)室轉(zhuǎn)移到轉(zhuǎn)錄活躍的A區(qū)室中 50,52 。在早期 B 細胞的染色質(zhì)區(qū)室中髓棋,轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合位點經(jīng)常在核空間中共同定位实檀,形成兩類獨立的相互作用中心 52 惶洲。其中,第一類包括通過環(huán)擠壓形成的CTCF-Cohesin位點之間的短程(<1Mb)細胞類型不變相互作用膳犹,而第二類涉及由B細胞轉(zhuǎn)錄因子(E2A和PU.1)結(jié)合區(qū)域之間的遠程(>1Mb)發(fā)育調(diào)節(jié)相互作用52 恬吕。PAX5是調(diào)控B細胞身份決定的主轉(zhuǎn)錄因子,對于B細胞發(fā)育過程中3D染色質(zhì)結(jié)構(gòu)的建立與維持至關(guān)重要须床,因為小鼠中缺乏PAX5的pro-B細胞在基因組局部和遠程相互作用中都表現(xiàn)出廣泛的變化铐料。有趣的是,PAX5介導(dǎo)的基因組折疊是獨立于正在進行的轉(zhuǎn)錄程序而建立的51豺旬,它通過Cohesin釋放因子WAPL的直接轉(zhuǎn)錄抑制促進環(huán)擠壓過程53钠惩。在B細胞發(fā)育過程中,B細胞轉(zhuǎn)錄因子被順序的招募到調(diào)控元件中族阅,誘導(dǎo)多個增強子之間的協(xié)同啟動子相互作用篓跛,有助于基因轉(zhuǎn)錄程序的增強 55 。在小鼠 B 細胞祖細胞中坦刀,CTCF缺失或選擇性刪除特定的CTCF結(jié)合位點也會導(dǎo)致異常的增強子-啟動子相互作用和基因表達举塔,從而導(dǎo)致B細胞分化發(fā)育缺陷 56,57 。

與 B 細胞相類似求泰,T 細胞也遵循逐步分化的發(fā)育軌跡,由轉(zhuǎn)錄因子的組合調(diào)控所監(jiān)管计盒,最終分化發(fā)育為成熟的初始CD4 + 和CD8 + T細胞 2 渴频。 BCL11B是T細胞譜系決定的核心轉(zhuǎn)錄因子。與B細胞發(fā)育中的Ebf1 轉(zhuǎn)錄因子類似北启,小鼠T細胞分化過程中Bcl11b基因的轉(zhuǎn)錄激活涉及從核膜相關(guān)的染色質(zhì)B區(qū)室轉(zhuǎn)移到到A區(qū)室中 58 卜朗。這種A/B區(qū)室的轉(zhuǎn)變是由非編碼 RNA(ncRNA) -胸腺細胞分化因子(ThymoD)精細調(diào)控的。 具體的咕村,ThymoD非編碼RNA的轉(zhuǎn)錄促進了局部 DNA的去甲基化场钉,從而允許 CTCF的募集和Cohesin粘連蛋白介導(dǎo)的環(huán)擠壓過程,將Bcl11b基因的啟動子和增強子元件聚集到一個單一的環(huán)結(jié)構(gòu)域中58 懈涛。不同的轉(zhuǎn)錄因子逛万,包括 RUNX 蛋白,已被證明可介導(dǎo)Cd4和Cd8基因位點的遠程空間共定位批钠,這可能有助于它們在 T 細胞發(fā)育后期形成相互排斥的基因表達模式 59 宇植。Hi-C數(shù)據(jù)分析的結(jié)果顯示,小鼠T細胞在不同發(fā)育階段的3D基因組結(jié)構(gòu)發(fā)生了廣泛的重塑埋心。首先指郁,關(guān)鍵轉(zhuǎn)錄因子(如Ets1和 Meis1)編碼基因所在的染色質(zhì)區(qū)室發(fā)生了轉(zhuǎn)換;其次拷呆,TAD內(nèi)相互作用強度的變化與T細胞譜系分化和基因轉(zhuǎn)錄水平相一致闲坎。BCL11B可以在初始T 細胞中介導(dǎo)TAD內(nèi)的染色質(zhì)相互作用 60 疫粥,而E2A則可以通過招募CTCF-Cohesin控制Rag1-Rag2基因位點(編碼 VDJ 重組激活基因 (RAG))處的遠程增強子-啟動子相互作用 61 。早期小鼠 T 細胞祖細胞中 Cohesin 或 CTCF蛋白的缺失會導(dǎo)致調(diào)控元件(包括超級增強子)之間相互作用的喪失腰懂、異常的基因調(diào)節(jié)和細胞分化受損 62,63,64 梗逮。有趣的是,近期人們發(fā)現(xiàn)另一個對早期 T 細胞發(fā)育至關(guān)重要的轉(zhuǎn)錄因子TCF1悯恍,可以通過調(diào)節(jié)Cohesin蛋白的加載從而破壞 TAD 邊界的絕緣作用 65库糠。此外,人們還發(fā)現(xiàn)其他染色質(zhì)相關(guān)蛋白也參與了 T 細胞發(fā)育過程中3D基因組拓撲結(jié)構(gòu)的重塑涮毫。例如瞬欧,SATB1蛋白可以在異染色質(zhì)周圍形成一個籠狀結(jié)構(gòu),它選擇性地將特定的 DNA 序列束縛在異染色質(zhì)上進行轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié) 66 罢防。組蛋白甲基轉(zhuǎn)移酶MLL4可以促進 T 細胞中轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)區(qū)域之間的染色質(zhì)相互作用 67 艘虎。

圖3.免疫細胞分化過程中基因組拓撲結(jié)構(gòu)的動態(tài)變化

總之,這些研究表明染色質(zhì)相關(guān)蛋白的結(jié)合咒吐、譜系特異性轉(zhuǎn)錄因子野建、3D染色質(zhì)重塑和免疫細胞分化過程中的轉(zhuǎn)錄控制密切聯(lián)系(圖 3)。對轉(zhuǎn)錄因子驅(qū)動的B細胞重編程或轉(zhuǎn)分化的研究進一步支持了這一觀點恬叹。這些研究發(fā)現(xiàn)候生,細胞在分化發(fā)育的過程中其3D基因組結(jié)構(gòu)會發(fā)生大量的重塑,并且常常先于基因表達的變化绽昼,伴隨著譜系特異性轉(zhuǎn)錄因子形成的3D染色質(zhì)交互中心68唯鸭。令人驚訝的是,盡管Cohesin粘連蛋白介導(dǎo)的拓撲結(jié)構(gòu)對人單核細胞的分化很重要 69 硅确,但轉(zhuǎn)錄因子介導(dǎo)的人B 細胞向巨噬細胞轉(zhuǎn)分化的過程可以在沒有CTCF蛋白的情況下實現(xiàn) 70 目溉,表明CTCF介導(dǎo)的環(huán)擠壓和TAD結(jié)構(gòu)不是廣泛轉(zhuǎn)錄重塑的先決條件。


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參考文獻:Cuartero S, Stik G, Stadhouders R. Three-dimensional genome organization in immune cell fate and function. Nat Rev Immunol. 2023 Apr;23(4):206-221. doi: 10.1038/s41577-022-00774-5.

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