基本過程是設(shè)計完sgRNA后需要將sgRNA插入到載體序列中举庶,這個時候就涉及到了插入哪個位點的問題厘灼。因為同學(xué)們手中可能有各種各樣的載體够坐,所以在這里確實沒有辦法給同學(xué)們設(shè)置自動化的程序匀哄,所以做一個半自動化吧挑围。如導(dǎo)圖所示倔喂,選擇酶切位點后铝条,在這個切割位點兩端會有序列(即紅色與藍(lán)色部分所示),將這些序列分別放入到下方的④和⑤的位置(不需要反向互補席噩,程序會自動替你做)班缰。然后,是輸入sgRNA序列悼枢,依然有兩種方式:一個是直接放入序列(①)埠忘,一個是將前一個模塊設(shè)計的結(jié)果或者自己從其他渠道獲得的sgRNAs(從其他渠道獲得的sgRNA,在整理的時候馒索,一個sgRNA一行莹妒,不需要fasta格式),放入②绰上,然后在③設(shè)置保存位置并命名文件旨怠,之后點擊design即可設(shè)計。輸入結(jié)果包括酶切位點序列(即輸入的那段)蜈块,sgRNA序列鉴腻,加上Tm值。在將結(jié)果輸入后百揭,同樣的結(jié)果也會顯示在⑥爽哎。
CIDP---為sgRNA/guide RNA設(shè)計引物
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