本周最新文獻速遞20220306
一低葫、精細解讀文獻 一
文獻題目： Genome-wide analysis provides genetic evidence that ACE2 influences COVID-19 risk and yields risk scores associated with severe disease
不想看英文題目： 全基因組分析表明 ACE2 與 COVID-19 嚴重疾病風險相關(guān)
雜志和影響因子： Nat Genet (IF: 38.33; Q1)
研究意義： 探究影響 COVID-19 的遺傳因素
結(jié)論：
- 對來自 GHS捅彻、PMBB申眼、UKB 和 AncestryDNA 四個隊列、5 個祖先群體的 52,630 名 COVID-19 個體和 704,016 名健康對照進行了全基因組關(guān)聯(lián)研究 (GWAS)败去，在七種風險/嚴重程度表型中，發(fā)現(xiàn)一個新的變異位點 rs190509934:C（MAF?=?0.3%, OR?=?0.60, 95% CI =?0.52–0.69, P =?4.5?× 10-13 ）與 COVID-19 風險相關(guān)；
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- 利用 RNA 測序 (RNA-seq) 數(shù)據(jù)發(fā)現(xiàn) rs190509934:C 可降低 ACE2 的表達水平麻敌；
- 與非攜帶者相比，rs190509934:C 可減少 37% 的 ACE2 表達水平掂摔；
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- 在前人發(fā)現(xiàn)的 8 個獨立信號中术羔，有 6 個位點在本次研究被重復出來（p <?0.0012）；
- 這 6 個位點中棒呛，其中 MHC 變異與哮喘和 2 型糖尿材羰尽（T2D）相關(guān)，ABO 變異與腎臟疾病和 T2D 相關(guān)簇秒；
- 對哮喘鱼喉、T2D 和腎臟疾病進行校正后，MHC 與 ABO 變異仍與 COVID-19 顯著相關(guān)趋观，說明哮喘扛禽、 T2D 和腎臟疾病不是導致 MHC 與 ABO 變異 與 COVID-19 顯著相關(guān)的原因；
- 在 6 個位點中皱坛，4 個（LZTFL1编曼、MHC、DPP9 和 IFNAR2）與 COVID-19 個體的較差結(jié)局（比如呼吸衰竭和死亡）顯著相關(guān)（ P < 0.05）剩辟，而 ABO 和 SLC6A20與 COVID-19 嚴重程度無關(guān)掐场；
- 對感染 SARS-CoV-2 的個體進行加權(quán)遺傳風險評分 (GRS)，發(fā)現(xiàn)在歐洲個體中贩猎，高 GRS（前 10%）的個體住院風險和嚴重疾病風險分別增加 1.38 倍（95% CI = 1.26–1.53熊户，P ?= 6 × 10-11）和 1.58 倍（95% CI = 1.36-1.82，P ?= 7 × 10-10）吭服。在其他血統(tǒng)中嚷堡，高 GRS 則增加住院風險；
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- 對臨床危險因素分層分析后艇棕，發(fā)現(xiàn)高 GRS（前 10%）個體仍與嚴重疾病風險相關(guān)蝌戒，說明 GRS 具有識別發(fā)展成嚴重疾病風險的 COVID-19 病例的潛在能力。
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- 基于此沼琉，作者對所有風險因子（包括遺傳的 GRS 和非遺傳因素）進行嚴重疾病風險預測北苟，結(jié)果發(fā)現(xiàn)在非遺傳因子的模型中加入 GRS 信息可提高嚴重疾病風險的預測能力，在AncestryDNA 和 UKB 兩個隊列中刺桃，其預測能力分別提高了 0.8% 和 0.5%粹淋；
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亮點： GRS 的分層分析做的很細致吸祟，可以學習下；
局限： 如果不是樣本珍貴桃移，這篇文章挺難發(fā) NG 的屋匕，很多 post-GWAS 的工作都沒做。而且對于新發(fā)現(xiàn)的位點也沒有進行重復驗證借杰；
文章鏈接：
https://www.nature.com/articles/s41588-021-01006-7
公開的資料：
- 關(guān)聯(lián)結(jié)果：https://rgc-covid19.regeneron.com/
- 代碼：https://github.com/rgcgithub/regenie
二过吻、精細解讀文獻 二
文獻題目： Landscape of adenosine-to-inosine RNA recoding across human tissues
不想看英文題目： 跨人體組織的腺苷到肌苷 RNA 重編輯圖譜
雜志和影響因子： Nat Genet (IF: 38.33; Q1)
研究意義： 腺苷到肌苷 (A-to-I) 的 RNA 編輯由 ADAR（作用于 RNA 的腺苷脫氨酶）酶家族催化，是動物中最常見的 RNA 編輯形式蔗衡。 RNA 編輯可改變 mRNA 的編碼信息纤虽。對蛋白質(zhì)編碼序列進行重編輯可引入新的、功能不同的蛋白質(zhì)異構(gòu)體绞惦、產(chǎn)生多樣性的蛋白質(zhì)組逼纸。近幾十年來，一些重編輯位點的功能重要性一直受到人們的重視济蝉。然而杰刽，沒有有效的方法檢測這些位點。因此王滤，作者提出了一種新的檢測方法贺嫂。通過檢測 GTEx 的 9125 個 RNA-seq 樣本的重編輯水平，生成人體不同組織編輯水平高精度圖譜雁乡。
結(jié)論：
- 針對人類編碼區(qū)域重編輯（CDS A-to-I RNA）位點的檢測第喳，作者開發(fā)了如下的流程：
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- 通過該流程，總共產(chǎn)生了 1517 個人類 CDS A-to-I RNA 位點踱稍；
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- CDS A-to-I RNA 位點傾向于富集在 ADARs 5' 和 3' 區(qū)域曲饱。此外，在反義鏈上觀察到大量的 T-to-C 位點（1006 個）珠月，利用鏈特異性 RNA-seq 數(shù)據(jù)集證明 T-to-C 信號是通過反義鏈轉(zhuǎn)錄的 A-to-I 編輯位點互補得到的渔工；
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- 另外研究發(fā)現(xiàn)不同組織的編輯水平存存在差異。比如動脈桥温、結(jié)腸和食道的編輯程度遠高于大腦；
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- 為了進一步驗證前面發(fā)現(xiàn)的 1517 個 A-to-G 梁丘，作者使用了另外三個鏈特異性 RNA-seq 數(shù)據(jù)集進行重復驗證侵浸。在 1517 個 A-to-G 位點中，948 個位點在至少一個驗證集中發(fā)生了編輯（FDR < 0.05 ）氛谜；
- 前人研究發(fā)現(xiàn)基因組非編碼區(qū)的編輯位點呈聚集狀態(tài)掏觉。在本研究中，同樣觀察到編碼區(qū)的編輯位點是聚在一起的值漫；
- 作者推測產(chǎn)生聚集可能是因為存在編輯互補序列 (ECS)澳腹，該序列可與 CDS 區(qū)域的 A-to-G 編輯位點互補。例如，在 cldn9 (Claudin 9) 的 CDS 區(qū)域存在一只含有 19 個編輯位點的編輯簇酱塔，并且在 cldn9 (Claudin 9) 的下游 1741 bp 處發(fā)現(xiàn)了一個 ECS沥邻，該 ECS 上的 T-to-C 位點正好與 cldn9 (Claudin 9) CDS 區(qū)域的 A-to-G 編輯位點互補；
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- 對重編碼位點的進化過程進行分析羊娃，發(fā)現(xiàn)大部分編輯位點在物種間是保守的唐全，只有 17 個位點是人類特異性的。且保守位點的比例隨著編輯水平的增加而增加蕊玷。
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- 對人類與其他哺乳動物的編輯位點進行比較邮利，發(fā)現(xiàn)單個突變和物種特異性 dsRNA 結(jié)構(gòu)可以導致新的編輯位點產(chǎn)生。例如垃帅，ASNS 基因外顯子和內(nèi)含子可形成 50 bp 長的 dsRNA延届，這種結(jié)構(gòu)在大多數(shù)靈長類動物中是保守的。但當 ASNS 內(nèi)含子發(fā)生 G 到 A 突變后贸诚，內(nèi)含子 A 會被編輯方庭，與此同時，有四個新的編輯位點出現(xiàn)在外顯子 C 附近赦颇；
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亮點： 在人類組織水平鑒定了多個 RNA 編輯位點二鳄，并探究編輯位點產(chǎn)生的潛在機制，以及編輯位點的適應性進化媒怯；
局限： 第一订讼，題目起得太大，看題目我以為是檢測所有位點扇苞，仔細閱讀下來發(fā)現(xiàn)只是檢測編碼區(qū)的編輯位點欺殿；第二，對于檢測到的 1517 個編輯位點鳖敷，有多少個是具有生物學意義的脖苏？如果大多數(shù)都是噪音，那么一萬個跟一百個又有什么區(qū)別定踱？第三棍潘，等我想到了再補充。
文章鏈接：
https://www.nature.com/articles/s41467-022-28841-4
公開的資料：
代碼：https://github.com/a2iediting/deNovo-Detect
三崖媚、其他文獻推薦
下面的文獻也挺精彩的亦歉，但由于下不到原文，或博主時間有限畅哑，沒法精細解讀肴楷，故列出來供各位參閱；
當然荠呐，你們有精彩的文獻想讓我解讀的（前提是一周內(nèi)剛出爐的文獻）赛蔫，可給我發(fā)pdf（然而可能種種原因砂客，我不一定有時間解讀，不要對我抱太高期待）呵恢；
文獻題目： Ancient DNA and deep population structure in sub-Saharan African foragers
不想看英文題目： 撒哈拉以南非洲覓食者的古代 DNA 和群體結(jié)構(gòu)
雜志和影響因子： Nature (IF: 42.778; Q1)
文章鏈接：
https://www.nature.com/articles/s41586-022-04430-9
文獻題目： A single-cell atlas of the normal and malformed human brain vasculature
不想看英文題目： 正常和畸形人腦血管的單細胞圖譜
雜志和影響因子： Science (IF: 41.845; Q1)
文章鏈接：
https://www.science.org/doi/10.1126/science.abi7377
文獻題目： Fly Cell Atlas: A single-nucleus transcriptomic atlas of the adult fruit fly
不想看英文題目： 果蠅細胞圖譜：成年果蠅的單核轉(zhuǎn)錄組圖譜
雜志和影響因子： Science (IF: 41.845; Q1)
文章鏈接：
https://www.science.org/doi/10.1126/science.abk2432
文獻題目： Local hyperthermia therapy induces browning of white fat and treats obesity
不想看英文題目： 局部熱療誘導白色脂肪褐變并治療肥胖
雜志和影響因子： Cell (IF: 38.637; Q1)
文章鏈接：
https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(22)00144-1
文獻題目： Chromosome-scale and haplotype-resolved genome assembly of a tetraploid potato cultivar
不想看英文題目： 四倍體馬鈴薯的染色體規(guī)模和單倍型分辨率下的基因組組裝
雜志和影響因子： Nat Genet (IF: 38.33; Q1)
文章鏈接：
https://www.nature.com/articles/s41588-022-01015-0
文獻題目： Transcriptional kinetics and molecular functions of long noncoding RNAs
不想看英文題目： 長鏈非編碼 RNA 的轉(zhuǎn)錄動力學和分子功能
雜志和影響因子： Nat Genet (IF: 38.33; Q1)
文章鏈接：
https://www.nature.com/articles/s41588-022-01014-1
文獻題目： Associations between alcohol consumption and gray and white matter volumes in the UK Biobank
不想看英文題目： 英國生物銀行中酒精消費與灰質(zhì)和白質(zhì)體積之間的關(guān)聯(lián)
雜志和影響因子： Nat Commun (IF: 14.92; Q1)
文章鏈接：
https://www.nature.com/articles/s41467-022-28735-5
文獻題目： Whole-genome sequencing of 1,171 elderly admixed individuals from S?o Paulo, Brazil
不想看英文題目： 巴西圣保羅 1,171 名老年人混合個體的全基因組測序
雜志和影響因子： Nat Commun (IF: 14.92; Q1)
文章鏈接：
https://www.nature.com/articles/s41467-022-28648-3
文獻題目： Modeling assortative mating and genetic similarities between partners, siblings, and in-laws
不想看英文題目： 伴侶鞠值、兄弟姐妹和姻親之間的同質(zhì)性婚配和遺傳相似性研究
Assortative mating: 同質(zhì)性婚配，又稱選型交配瑰剃，指傾向于選擇與自己接近的配偶進行繁殖齿诉，在人類身上表現(xiàn)為性格，年齡晌姚，教育等等粤剧；
雜志和影響因子： Nat Commun (IF: 14.92; Q1)
文章鏈接：
https://www.nature.com/articles/s41467-022-28774-y
文獻題目： Towards accurate and reliable resolution of structural variants for clinical diagnosis
不想看英文題目： 準確可靠地檢測結(jié)構(gòu)變異并用于臨床診斷（review哦）
雜志和影響因子： Genome Biol (IF: 10.81; Q1)
文章鏈接：
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35241127/
四、工具或資源類介紹
文獻題目： Robust Mendelian randomization in the presence of residual population stratification, batch effects and horizontal pleiotropy
不想看英文題目： MR-SENSEMAKR：存在群體分層挥唠、批次效應和水平多效性情況下的孟德爾隨機化分析
雜志和影響因子： Nat Commun (IF: 14.92; Q1)
文章鏈接：
https://www.nature.com/articles/s41467-022-28553-9
文獻題目： TADA—a machine learning tool for functional annotation-based prioritisation of pathogenic CNVs
不想看英文題目： TADA——基于致病性 CNV 優(yōu)先排序的機器學習工具
雜志和影響因子： Genome Biol (IF: 10.81; Q1)
文章鏈接：
https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-022-02631-z
文獻題目： TransposonUltimate: software for transposon classification, annotation and detection
不想看英文題目： TransposonUltimate：轉(zhuǎn)座子分類抵恋、注釋和檢測軟件
雜志和影響因子： Nucleic Acids Res (IF: 11.501; Q1)
文章鏈接：
https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkac136/6541023
文獻題目： Summarizing internal dynamics boosts differential analysis and functional interpretation of super enhancers
不想看英文題目： 內(nèi)部動力學促進了超級增強子的差異分析和功能解釋
雜志和影響因子： Nucleic Acids Res (IF: 11.501; Q1)
文章鏈接：
https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkac141/6541024
文獻題目： GREEN-DB: a framework for the annotation and prioritization of non-coding regulatory variants from whole-genome sequencing data
不想看英文題目： GREEN-DB：全基因組測序數(shù)據(jù)中非編碼調(diào)控變異位點的注釋和優(yōu)先排序框架
雜志和影響因子： Nucleic Acids Res (IF: 11.501; Q1)
文章鏈接：
https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkac130/6541021
文獻題目： COVID-19 Spread Mapper: A multi-resolution, unified framework and open-source tool
不想看英文題目： COVID-19 Spread Mapper：多分辨率、統(tǒng)一框架和開源工具
雜志和影響因子： Bioinformatics (IF: 5.61; Q1)
文章鏈接：
文獻題目： HAMdetector: A Bayesian regression model that integrates information to detect HLA-associated mutations
不想看英文題目： HAMdetector：檢測 HLA 相關(guān)突變的貝葉斯回歸模型
雜志和影響因子： Bioinformatics (IF: 5.61; Q1)
文章鏈接：
文獻題目： MultiBaC: An R package to remove batch effects in multi-omic experiments
不想看英文題目： MultiBaC：在多組學中消除批次效應的 R 包
雜志和影響因子： Brief Bioinform (IF: 11.62; Q1)
文章鏈接：
https://academic.oup.com/bioinformatics/advance-article/doi/10.1093/bioinformatics/btac132/6541627
致謝橙子牛奶糖（陳文燕）宝磨，請用參考模版：We thank the blogger (orange_milk_sugar, Wenyan Chen) for XXX
感謝小可愛們多年來的陪伴弧关， 我與你們一起成長~
