起因
前段時(shí)間自己參加完一個(gè)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組的培訓(xùn)后總覺得自己只學(xué)到了些皮毛赃份，于是最近又報(bào)了個(gè)空間轉(zhuǎn)錄組相關(guān)的班想進(jìn)階一下贮折。這個(gè)班在開課之前給了個(gè)ppt說是讓我們研究下配置服務(wù)器環(huán)境，于是乎我就在這上面坐了3天的天牢拳亿，然后就有了這么一篇總結(jié)（或者說是小白坐牢日記晴股？）
首先，要提的最重要的一點(diǎn)肺魁，安裝軟件不要安裝在base環(huán)境５缦妗！鹅经！特別是服務(wù)器配置不是很理想的那種寂呛，千萬不要這么做，不然你用久了就很想回到過去給自己一個(gè)大逼兜的瘾晃。建議在正式裝軟件之前先構(gòu)建一個(gè)新的虛擬環(huán)境（比方說這個(gè)項(xiàng)目是單細(xì)胞的贷痪，那就單獨(dú)創(chuàng)一個(gè)只用于這個(gè)項(xiàng)目的虛擬環(huán)境，等后面有新項(xiàng)目了蹦误，又開一個(gè)新的）劫拢。它的好處其實(shí)挺多的，其中最重要的就是可以減少R或python方面的沖突（比方說這次配置環(huán)境折磨了我很久都沒解決的CellphoneDB安裝問題）强胰。由于培訓(xùn)給了教程舱沧，所以這次我全程都是跟著教程走的。
軟件的安裝
本次需要安裝的清單如下：
- miniconda
- R 4.1.2（以及相關(guān)的包）
- python（miniconda自帶了）
- cellphonedb
- Cell Ranger
- Space Ranger
miniconda（如果服務(wù)器已經(jīng)有conda了偶洋，可以跳過）
下載地址：https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html
安裝手冊(cè)要求我這里選用的是3.8版本的python熟吏。這里以后自己配環(huán)境得先去查自己需要的python版本再進(jìn)行下載。
下載可以選用wget也可以先下載到電腦再借助FileZilla等軟件上傳至服務(wù)器。
wget命令（加上斷點(diǎn)續(xù)傳跟后臺(tái)下載）：
wget -cb https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-py37_4.12.0-Linux-x86_64.sh
之后運(yùn)行命令安裝即可
sh Miniconda3-py37_4.12.0-Linux-x86_64.sh
按照提示按回車跟q牵寺、yes進(jìn)入安裝即可悍引。之后會(huì)有提示跟你說安裝到哪里，它有默認(rèn)路徑跟選擇路徑帽氓，按需選擇即可（如果換路徑記得選已有目錄吗铐，必要時(shí)候得先新建目錄哈）。
然后進(jìn)行配置杏节，這里可以參考這篇文章的流程唬渗，這里不多贅述了https://blog.csdn.net/weixin_38705903/article/details/86533863
至此，conda的安裝到此結(jié)束奋渔，后面可以創(chuàng)建環(huán)境了镊逝。
創(chuàng)建環(huán)境
運(yùn)行命令：
conda create --n 環(huán)境名稱 python==3.8
之后按照提示輸入y等待片刻即可，之后就可以進(jìn)入環(huán)境操作了嫉鲸。
常用的環(huán)境相關(guān)命令
#創(chuàng)建環(huán)境
conda create --n 環(huán)境名稱 python==需要的版本號(hào)
#進(jìn)入環(huán)境
conda activate 環(huán)境名稱
#退出環(huán)境
conda deactivate
#刪除環(huán)境
conda remove -n 環(huán)境名稱 --all
R的安裝
conda install -c conda-forge cmake #升級(jí)編輯軟件的版本
conda install -c conda-forge r-base=4.1.2 -y #R的安裝
之后在這個(gè)網(wǎng)站搜索對(duì)應(yīng)的包復(fù)制他們提供的命令下載R包即可（不僅省心還很方便）:https://anaconda.org/search?q=Seurat
R包列表
- Seurat
- r-xml
- r-devtools
- bioconductor
- r-ggrastr
- r-spdep
- r-terra
- r-radal
- monocle3
- harmony
- scRepertoire
- SingleR
- SPOTlight
monocle V2這個(gè)包比較麻煩撑蒜，需要BioManager來安裝
BiocManager::install("monocle")
CellphoneDB的安裝
# 這兩個(gè)我都試過了，反正都有報(bào)錯(cuò)玄渗，不是命令的問題是我環(huán)境的問題
pip install cellphonedb -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple
pip install cellphonedb
這玩意就比較折磨人了座菠，各種意外頻頻發(fā)生直接把我氣到崩潰。最開始的報(bào)錯(cuò)是：Failed to build scikit-learn h5py numpy 根據(jù)報(bào)錯(cuò)提示我重新conda了這3個(gè)包藤树，問題只解決了第一個(gè)包谷醉，剩下兩個(gè)還是沒解決嚷闭。
直接放棄做后面的。后來整個(gè)流程就剩下這一步?jīng)]解決，一開始他們說是版本問題货矮，于是根據(jù)指引重裝了個(gè)舊版顽馋，但是問題沒有解決尘喝。又查閱更多的資料后發(fā)現(xiàn)解決方法也很簡(jiǎn)單压昼，就是因?yàn)闆]裝Cython，裝上了就沒事了钧大。然后問題就剩下numpy了翰撑。這玩意不同的命令還有不同的報(bào)錯(cuò)，絕了……
最初的帖子說是因?yàn)閜ython跟包的版本沖突啊央，于是我又換了對(duì)應(yīng)的版本號(hào)眶诈，依舊無果。最后在師兄的幫助下破案了劣挫，那個(gè)服務(wù)器的gcc是4.8.5册养，蛋疼的是沒權(quán)限用conda也升級(jí)不了，只能不了了之压固，后面只能用他們提供的路徑運(yùn)行了。如果是自己服務(wù)器建議查一下gcc靠闭。
Cell Ranger和Space Ranger的安裝
官網(wǎng)：
Cell Ranger https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/software/downloads/latest
Space Ranger https://support.10xgenomics.com/spatial-gene-expression/software/downloads/latest
其中帐我，Cell Ranger支持單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組和單細(xì)胞免疫組庫的分析坎炼；Space Ranger支持空間轉(zhuǎn)錄組的分析。
PC上的軟件：Loupe Browser和Loupe VDJ Browser的下載
官網(wǎng)：
Loupe Browser https://support.10xgenomics.com/spatial-gene-expression/software/downloads/latest#loupe
Loupe VDJ Browser https://support.10xgenomics.com/single-cell-vdj/software/downloads/latest#loupe
總結(jié)
不得不說拦键，這次服務(wù)器環(huán)境配置的體驗(yàn)谣光，我是足足受了3天的折磨，確實(shí)學(xué)到了很多東西芬为，不僅僅是服務(wù)器配置的一些知識(shí)萄金，更重要的是對(duì)報(bào)錯(cuò)日志的分析，以往自己分析報(bào)錯(cuò)基本上就看紅字部分媚朦，現(xiàn)在明白了白字也可能有報(bào)錯(cuò)的重要信息氧敢，有的東西偷懶是不可能成功的，沒那種捷徑询张。其次孙乖，安裝軟件要記得創(chuàng)建環(huán)境，不同的項(xiàng)目要分不同的環(huán)境來進(jìn)行工作份氧，這樣不會(huì)出現(xiàn)一些軟件版本上的沖突問題唯袄。而且最重要的是，在環(huán)境里面搗鼓不會(huì)對(duì)其他環(huán)境有影響蜗帜，犯錯(cuò)的成本會(huì)低很多恋拷，可以放心去摸索解決方案。
