>>準備工作
安裝
下載mixcr
命令行輸入：java -jar D:\mixcr-3.0.13\mixcr.jar align input.fastq.gz output.vdjca
切換工作路勁：cd C:\mixcr-3.0.13
輸入：java -jar mixcr.jar
>>背景知識
典型的MiXCR工作流程主要由三個部分構成：
- align：將測序結果比對到T細胞或B細胞受體的V北滥、D馒铃、J纬朝、C基因參考序列上
- assemble：利用前一步驟獲得的比對結果拼接clonotypes（為了提取特定的基因區(qū)域信息洪灯，比如CDR3）
- export：輸出比對結果（exportAlignments模塊）或者clones信息（exportClones模塊）辜羊，生成可讀文件
MiXCR的assemble模塊有幾種不同的拼接方法可以選擇：
- assembleContigs：拼接完整的TCR或者IG受體clonotype序列
- 對于RNA-Seq or non-targeted DNA data, 工作流程可能包括以下兩部分：
- assemblePartial：將有重疊區(qū)域的序列片段拼接成相對較長的包含CDR3區(qū)域的contigs
- extend: 估算測序和比對質(zhì)量較好但長度較短的TCR比對序列的germline序列
為了簡化輸入命令刽射，MiXCR提供了analyze命令模塊轻掩，打包了整個分析流程
MiXCR支持一下若干種數(shù)據(jù)類型：fasta，fastq胀葱，fastq.gz漠秋，paired-end fastq和fastq.gz。作為每一步驟的輸出結果抵屿，MiXCR生成包含各種信息的二進制壓縮文件（比對生成alignments庆锦，拼接生成clones）。利用exportAlignments和exportClones命令模塊晌该，每一個二進制文件都可以轉(zhuǎn)化成tab分割的可讀文本文件肥荔。
analyze模式，可以一站式完成(align朝群、assemblePartial燕耿、extend、assemble姜胖、assembleContigs誉帅、export) 這些分析
使用的數(shù)據(jù)來源：
第一次輸入：有錯誤
java -jar ./mixcr.jar analyze amplicon --species hs --starting-material dna --5-end v-primers --3-end j-primers --adapters adapters-present --receptor-type IGH A1_1.clean.fq A1_2.clean.fq analysis
- 不關命令行，ctrl+c即可停止正在進行的命令
hs改為mmu右莱，是小鼠的數(shù)據(jù)蚜锨，IGH改成TCR，老師沒有做過BCR的數(shù)據(jù)
改成輸入：
java -jar ./mixcr.jar analyze amplicon --species mmu --starting-material dna --5-end v-primers --3-end j-primers --adapters adapters-present --receptor-type TCR A1_1.clean.fq A1_2.clean.fq analysis
得到文件如下：
其中TRA如下：
analysis.clonotypes.TRA
用了老師給的十幾個數(shù)據(jù)的前兩個樣品慢蜓，這個文件將V亚再、D、J基因數(shù)據(jù)都囊括晨抡。
目標是得到老師要求的table氛悬，模板之一如下：
TRA.V
是將所有樣品中TRA.V的基因都整合。
老師說進一步用vdjtools的Convert過濾數(shù)據(jù)
由幫助信息可知耘柱，convert在util里面如捅，在官網(wǎng)上找到命令行
用法、幫助信息
option為加-S MiXcr调煎，表示輸入數(shù)據(jù)為mixcr結果
命令：java -jar ./vdjtools-1.2.1.jar Convert -S MiXcr analysis.clonotypes.TRA.txt output_prefix
得到結果如下：
output_prefix.analysis.clonotypes.TRA
對table的一些解讀：
這部分镜遣，標記的應該是CDR3片段上面，VDJ基因的分界點
freq就是頻數(shù)士袄。畢竟T細胞需要大量克隆悲关，才能應對特定的病變細胞。count就是TCR重復的數(shù)目娄柳。這個數(shù)目以核酸序列為準來計算的坚洽。
若最后4列是-1，則它們就不必考慮西土，這里的-1讶舰，表示沒有有效數(shù)據(jù)，當作NA處理
還是V需了、D跳昼、J基因數(shù)據(jù)都整合的內(nèi)容，老師認為改用immunarch里的geneusage：
于是用immunarch里的geneusage肋乍，滑鐵盧了鹅颊，出現(xiàn)情況如下：
老師分析認為，immunarch安裝不成功是R版本太高（4.1.1）墓造，建議用3.6.3的版本堪伍。
接下來考慮R多版本共存能不能行锚烦。
安裝3.6.3后綁定rstudio，仍不能用：
選擇一下CRAN鏡像試試帝雇，找個中國區(qū)的：
chooseCRANmirror()
再次install.packages("immunarch")
下載包及其依賴的包安裝：shiny涮俄、bslib
安裝不了bslib：
要升級htmltools包，Rstudio右下方有packages框尸闸，在那邊能找到升級按鈕
更換了綁定的r版本就解決了彻亲。
