?????? 目前乘陪,主流的RNA提取方法有Trizol法、離心柱法和磁珠法雕擂。其中啡邑,Trizol法與離心柱法相比,提取效果相當(dāng)井赌,但因其對(duì)操作者帶來(lái)的毒性谤逼,現(xiàn)在越來(lái)越被棄用。磁珠法可以針對(duì)大批量樣本處理仇穗,適合機(jī)器自動(dòng)化提取流部,但是提取核酸純度低,提取得率低纹坐,且使用成本較高枝冀。對(duì)于拭子RNA含量較低的樣本或比較珍貴的樣本或樣本總數(shù)不是很多的實(shí)驗(yàn)室,首選的拭子RNA提取方法應(yīng)是離心柱法耘子。
?????? 近來(lái)果漾,隨著基因診斷技術(shù)的發(fā)展,從口腔拭子谷誓、泌尿生殖道拭子绒障、痰液等樣本中進(jìn)行RNA提取的試劑盒的應(yīng)用價(jià)值越來(lái)越大,如腫瘤早期診斷捍歪、遺傳病檢測(cè)和病原體感染核酸檢測(cè)等户辱。拭子RNA提取效果在很大程度上取決于采樣質(zhì)量、試劑盒性能等糙臼,特別是試劑盒的性能大大影響了拭子核酸的基因檢測(cè)和各種研究的開(kāi)展庐镐。
?????? 一般來(lái)說(shuō),科研用戶(hù)的樣本量不太多弓摘,首要的還是提高核酸純度和提取效率焚鹊,因而科研用戶(hù)主要選擇離心柱法痕届。大型醫(yī)療機(jī)構(gòu)樣本量較多韧献,會(huì)傾向于選擇自動(dòng)化的磁珠法。但一些樣本量不太多的臨床醫(yī)院或檢測(cè)機(jī)構(gòu)研叫,出于方便和準(zhǔn)確診斷的要求锤窑,還是會(huì)選擇離心柱法。出于使用成本的考慮(自動(dòng)化磁珠配套試劑盒的價(jià)格一般是離心柱法的1.5-2.5倍)嚷炉,有些規(guī)模較大的醫(yī)院渊啰,也更愿意選擇離心柱法。特別地,對(duì)一些低豐度樣本的檢測(cè)绘证,最好不要用磁珠法隧膏,而是選擇離心柱法,否則可能會(huì)導(dǎo)致假陰性結(jié)果嚷那。
?????? 目前國(guó)內(nèi)常用的離心柱法拭子RNA提取試劑盒有國(guó)際品牌Q胞枕、國(guó)內(nèi)品牌Biog、國(guó)內(nèi)品牌T等魏宽。面對(duì)各種品牌的離心柱法提取試劑盒腐泻,如何選擇適合自己實(shí)驗(yàn)的提取試劑呢?我們就這些拭子RNA提取試劑盒進(jìn)行比較队询。
一派桩、應(yīng)有較高的提取得率。對(duì)離心柱法而言蚌斩,拭子核酸得率的高低铆惑,主要取決于離心柱對(duì)核酸的吸附能力、洗脫能力以及裂解液的裂解消化能力送膳。離心柱的硅膠膜RNA吸附性能好鸭津、裂解液細(xì)胞裂解能力強(qiáng)、洗脫液洗脫能力好肠缨,核酸的提取得率就高逆趋。反之,如果離心柱硅膠膜吸附能力不好晒奕,裂解液和洗脫液沒(méi)有經(jīng)過(guò)很好的優(yōu)化闻书,RNA的提取得率就不高。至于RNA提取得率的確定脑慧,我們可以使用紫外分光光度法魄眉,但是不能作為判斷得率的唯一標(biāo)準(zhǔn),最好還是要做個(gè)PCR或熒光定量闷袒。拭子樣本的量與提取的核酸量成正比坑律,如果要提高核酸得率,也可通過(guò)增加樣本量來(lái)實(shí)現(xiàn)囊骤。一般先取一根拭子的涮洗液樣本晃择,然后進(jìn)行提取,如結(jié)果不理想可考慮增加樣本量或重新采樣也物。但如果增加樣本量或重新采樣還不能得到滿(mǎn)意結(jié)果宫屠,應(yīng)及時(shí)考慮更換試劑盒。目前國(guó)內(nèi)常用的拭子核酸提取試劑有Q滑蚯、Biog等浪蹂。根據(jù)我們的經(jīng)驗(yàn)抵栈,Q和T品牌試劑盒的拭子RNA提取得率(一根口腔拭子在口咽部來(lái)回刮擦10次)在0.5-3.5ug。同樣處理的口咽拭子坤次,Biog試劑盒的提取得率在1-4ug古劲,基本上都能滿(mǎn)足下游PCR相關(guān)實(shí)驗(yàn)的要求。
?二缰猴、提取的核酸純度要高绢慢。一般通過(guò)測(cè)定OD260/OD280比值來(lái)估計(jì)核酸純度。一般RNA 溶液OD260/OD280比值應(yīng)在1.8--2.0之間洛波,如果提取的RNA溶液OD260/OD280比值小于1.8胰舆,通常說(shuō)明有蛋白質(zhì)或酚、多糖等的污染蹬挤。如果提取的RNA溶液OD260/OD280>2.0缚窿,則表明RNA有降解。不同品牌的試劑盒提取的RNA純度略有差別焰扳,Biog的核酸提取純度比Q略低倦零,可以直接應(yīng)用于核酸檢測(cè)以及分子雜交等各種常規(guī)分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)。Q的純度略高吨悍,除了以上應(yīng)用扫茅,還可用于對(duì)純度要求略高的實(shí)驗(yàn)。但是一般來(lái)講育瓜,目前的拭子RNA提取主要應(yīng)用于基因與核酸檢測(cè)等葫隙,國(guó)產(chǎn)試劑盒Biog都能滿(mǎn)足要求。
?三躏仇、操作簡(jiǎn)便性恋脚。操作簡(jiǎn)便性也是拭子RNA提取試劑選擇的一個(gè)重要因素。操作過(guò)于復(fù)雜焰手,不僅費(fèi)時(shí)費(fèi)力糟描,還容易導(dǎo)致樣本間的交叉污染,也容易損失樣本书妻。特別是用于臨床檢測(cè)或樣本量較多情況下的檢測(cè)船响,操作復(fù)雜如果導(dǎo)致交叉污染會(huì)引起誤診,還會(huì)影響出檢測(cè)報(bào)告的時(shí)間躲履。因而见间,選用操作簡(jiǎn)便、流暢的提取試劑盒非常重要崇呵。就我們?cè)?jīng)用過(guò)的以上三種提取試劑盒來(lái)說(shuō)缤剧,Q公司的拭子RNA提取試劑盒提取過(guò)程大約25min馅袁,從樣本處理開(kāi)始需要10個(gè)步驟域慷;T公司拭子RNA提取試劑盒整個(gè)提取過(guò)程需要1個(gè)多小時(shí),從樣本開(kāi)始處理10個(gè)步驟;B公司的Biog拭子RNA提取試劑盒提取過(guò)程大約20min犹褒,從樣本開(kāi)始處理7個(gè)步驟抵窒,B公司的拭子RNA提取試劑盒在操作簡(jiǎn)便性上具有一定優(yōu)勢(shì),更適合于較多樣本的檢測(cè)叠骑。據(jù)了解李皇,該產(chǎn)品已通過(guò)藥監(jiān)局備案,也更適合臨床樣本的檢測(cè)宙枷。
?四掉房、產(chǎn)品價(jià)格。價(jià)格也是選購(gòu)產(chǎn)品的重要考量因素慰丛。對(duì)于絕大多數(shù)實(shí)驗(yàn)如Northern雜交卓囚、RT-PCR、Real Time RT-PCR诅病、cDNA文庫(kù)構(gòu)建等哪亿,國(guó)產(chǎn)試劑盒都能滿(mǎn)足質(zhì)量要求。與國(guó)外知名品牌相比贤笆,國(guó)產(chǎn)試劑盒的價(jià)格較為便宜蝇棉,如Biog,價(jià)格還不到國(guó)外品牌價(jià)格的30%芥永,性?xún)r(jià)比較高篡殷。因而,對(duì)于以上實(shí)驗(yàn)建議選用Biog等國(guó)產(chǎn)試劑盒埋涧。一些經(jīng)費(fèi)不是很多的課題研究或樣本量較大的臨床檢測(cè)項(xiàng)目贴唇,特別適合選用國(guó)產(chǎn)試劑盒。
五飞袋、綜合以上戳气,與國(guó)外知名品牌相比,國(guó)產(chǎn)試劑盒在拭子RNA提取純度上略有不足巧鸭,但不影響大多數(shù)實(shí)驗(yàn)瓶您,特別是下游需要PCR擴(kuò)增的實(shí)驗(yàn)和分子雜交類(lèi)實(shí)驗(yàn)。在提取得率上纲仍,國(guó)內(nèi)試劑盒與國(guó)外品牌差別不大呀袱,而在價(jià)格方面,國(guó)產(chǎn)試劑盒具有比較明顯的優(yōu)勢(shì)郑叠。如果經(jīng)費(fèi)充足夜赵,RNA純度要求特別高,可考慮選擇Q等國(guó)外知名品牌乡革。如果經(jīng)費(fèi)不多或下游主要做PCR或分子雜交等實(shí)驗(yàn)寇僧,可考慮選擇性?xún)r(jià)比較高的Biog等國(guó)產(chǎn)品牌摊腋。