拭子RNA提取試劑的選擇

?????? 目前乘陪,主流的RNA提取方法有Trizol法、離心柱法和磁珠法雕擂。其中啡邑,Trizol法與離心柱法相比,提取效果相當(dāng)井赌,但因其對(duì)操作者帶來(lái)的毒性谤逼,現(xiàn)在越來(lái)越被棄用。磁珠法可以針對(duì)大批量樣本處理仇穗,適合機(jī)器自動(dòng)化提取流部,但是提取核酸純度低,提取得率低纹坐,且使用成本較高枝冀。對(duì)于拭子RNA含量較低的樣本或比較珍貴的樣本或樣本總數(shù)不是很多的實(shí)驗(yàn)室,首選的拭子RNA提取方法應(yīng)是離心柱法耘子。

?????? 近來(lái)果漾,隨著基因診斷技術(shù)的發(fā)展,從口腔拭子谷誓、泌尿生殖道拭子绒障、痰液等樣本中進(jìn)行RNA提取的試劑盒的應(yīng)用價(jià)值越來(lái)越大,如腫瘤早期診斷捍歪、遺傳病檢測(cè)和病原體感染核酸檢測(cè)等户辱。拭子RNA提取效果在很大程度上取決于采樣質(zhì)量、試劑盒性能等糙臼,特別是試劑盒的性能大大影響了拭子核酸的基因檢測(cè)和各種研究的開(kāi)展庐镐。

?????? 一般來(lái)說(shuō),科研用戶(hù)的樣本量不太多弓摘,首要的還是提高核酸純度和提取效率焚鹊,因而科研用戶(hù)主要選擇離心柱法痕届。大型醫(yī)療機(jī)構(gòu)樣本量較多韧献,會(huì)傾向于選擇自動(dòng)化的磁珠法。但一些樣本量不太多的臨床醫(yī)院或檢測(cè)機(jī)構(gòu)研叫,出于方便和準(zhǔn)確診斷的要求锤窑,還是會(huì)選擇離心柱法。出于使用成本的考慮(自動(dòng)化磁珠配套試劑盒的價(jià)格一般是離心柱法的1.5-2.5倍)嚷炉,有些規(guī)模較大的醫(yī)院渊啰,也更愿意選擇離心柱法。特別地,對(duì)一些低豐度樣本的檢測(cè)绘证,最好不要用磁珠法隧膏,而是選擇離心柱法,否則可能會(huì)導(dǎo)致假陰性結(jié)果嚷那。

?????? 目前國(guó)內(nèi)常用的離心柱法拭子RNA提取試劑盒有國(guó)際品牌Q胞枕、國(guó)內(nèi)品牌Biog、國(guó)內(nèi)品牌T等魏宽。面對(duì)各種品牌的離心柱法提取試劑盒腐泻,如何選擇適合自己實(shí)驗(yàn)的提取試劑呢?我們就這些拭子RNA提取試劑盒進(jìn)行比較队询。

一派桩、應(yīng)有較高的提取得率。對(duì)離心柱法而言蚌斩,拭子核酸得率的高低铆惑,主要取決于離心柱對(duì)核酸的吸附能力、洗脫能力以及裂解液的裂解消化能力送膳。離心柱的硅膠膜RNA吸附性能好鸭津、裂解液細(xì)胞裂解能力強(qiáng)、洗脫液洗脫能力好肠缨,核酸的提取得率就高逆趋。反之,如果離心柱硅膠膜吸附能力不好晒奕,裂解液和洗脫液沒(méi)有經(jīng)過(guò)很好的優(yōu)化闻书,RNA的提取得率就不高。至于RNA提取得率的確定脑慧,我們可以使用紫外分光光度法魄眉,但是不能作為判斷得率的唯一標(biāo)準(zhǔn),最好還是要做個(gè)PCR或熒光定量闷袒。拭子樣本的量與提取的核酸量成正比坑律,如果要提高核酸得率,也可通過(guò)增加樣本量來(lái)實(shí)現(xiàn)囊骤。一般先取一根拭子的涮洗液樣本晃择,然后進(jìn)行提取,如結(jié)果不理想可考慮增加樣本量或重新采樣也物。但如果增加樣本量或重新采樣還不能得到滿(mǎn)意結(jié)果宫屠,應(yīng)及時(shí)考慮更換試劑盒。目前國(guó)內(nèi)常用的拭子核酸提取試劑有Q滑蚯、Biog等浪蹂。根據(jù)我們的經(jīng)驗(yàn)抵栈,Q和T品牌試劑盒的拭子RNA提取得率(一根口腔拭子在口咽部來(lái)回刮擦10次)在0.5-3.5ug。同樣處理的口咽拭子坤次,Biog試劑盒的提取得率在1-4ug古劲,基本上都能滿(mǎn)足下游PCR相關(guān)實(shí)驗(yàn)的要求。

?二缰猴、提取的核酸純度要高绢慢。一般通過(guò)測(cè)定OD260/OD280比值來(lái)估計(jì)核酸純度。一般RNA 溶液OD260/OD280比值應(yīng)在1.8--2.0之間洛波,如果提取的RNA溶液OD260/OD280比值小于1.8胰舆,通常說(shuō)明有蛋白質(zhì)或酚、多糖等的污染蹬挤。如果提取的RNA溶液OD260/OD280>2.0缚窿,則表明RNA有降解。不同品牌的試劑盒提取的RNA純度略有差別焰扳,Biog的核酸提取純度比Q略低倦零,可以直接應(yīng)用于核酸檢測(cè)以及分子雜交等各種常規(guī)分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)。Q的純度略高吨悍,除了以上應(yīng)用扫茅,還可用于對(duì)純度要求略高的實(shí)驗(yàn)。但是一般來(lái)講育瓜,目前的拭子RNA提取主要應(yīng)用于基因與核酸檢測(cè)等葫隙,國(guó)產(chǎn)試劑盒Biog都能滿(mǎn)足要求。

?三躏仇、操作簡(jiǎn)便性恋脚。操作簡(jiǎn)便性也是拭子RNA提取試劑選擇的一個(gè)重要因素。操作過(guò)于復(fù)雜焰手,不僅費(fèi)時(shí)費(fèi)力糟描,還容易導(dǎo)致樣本間的交叉污染,也容易損失樣本书妻。特別是用于臨床檢測(cè)或樣本量較多情況下的檢測(cè)船响,操作復(fù)雜如果導(dǎo)致交叉污染會(huì)引起誤診,還會(huì)影響出檢測(cè)報(bào)告的時(shí)間躲履。因而见间,選用操作簡(jiǎn)便、流暢的提取試劑盒非常重要崇呵。就我們?cè)?jīng)用過(guò)的以上三種提取試劑盒來(lái)說(shuō)缤剧,Q公司的拭子RNA提取試劑盒提取過(guò)程大約25min馅袁,從樣本處理開(kāi)始需要10個(gè)步驟域慷;T公司拭子RNA提取試劑盒整個(gè)提取過(guò)程需要1個(gè)多小時(shí),從樣本開(kāi)始處理10個(gè)步驟;B公司的Biog拭子RNA提取試劑盒提取過(guò)程大約20min犹褒,從樣本開(kāi)始處理7個(gè)步驟抵窒,B公司的拭子RNA提取試劑盒在操作簡(jiǎn)便性上具有一定優(yōu)勢(shì),更適合于較多樣本的檢測(cè)叠骑。據(jù)了解李皇,該產(chǎn)品已通過(guò)藥監(jiān)局備案,也更適合臨床樣本的檢測(cè)宙枷。

?四掉房、產(chǎn)品價(jià)格。價(jià)格也是選購(gòu)產(chǎn)品的重要考量因素慰丛。對(duì)于絕大多數(shù)實(shí)驗(yàn)如Northern雜交卓囚、RT-PCR、Real Time RT-PCR诅病、cDNA文庫(kù)構(gòu)建等哪亿,國(guó)產(chǎn)試劑盒都能滿(mǎn)足質(zhì)量要求。與國(guó)外知名品牌相比贤笆,國(guó)產(chǎn)試劑盒的價(jià)格較為便宜蝇棉,如Biog,價(jià)格還不到國(guó)外品牌價(jià)格的30%芥永,性?xún)r(jià)比較高篡殷。因而,對(duì)于以上實(shí)驗(yàn)建議選用Biog等國(guó)產(chǎn)試劑盒埋涧。一些經(jīng)費(fèi)不是很多的課題研究或樣本量較大的臨床檢測(cè)項(xiàng)目贴唇,特別適合選用國(guó)產(chǎn)試劑盒。

五飞袋、綜合以上戳气,與國(guó)外知名品牌相比,國(guó)產(chǎn)試劑盒在拭子RNA提取純度上略有不足巧鸭,但不影響大多數(shù)實(shí)驗(yàn)瓶您,特別是下游需要PCR擴(kuò)增的實(shí)驗(yàn)和分子雜交類(lèi)實(shí)驗(yàn)。在提取得率上纲仍,國(guó)內(nèi)試劑盒與國(guó)外品牌差別不大呀袱,而在價(jià)格方面,國(guó)產(chǎn)試劑盒具有比較明顯的優(yōu)勢(shì)郑叠。如果經(jīng)費(fèi)充足夜赵,RNA純度要求特別高,可考慮選擇Q等國(guó)外知名品牌乡革。如果經(jīng)費(fèi)不多或下游主要做PCR或分子雜交等實(shí)驗(yàn)寇僧,可考慮選擇性?xún)r(jià)比較高的Biog等國(guó)產(chǎn)品牌摊腋。

?著作權(quán)歸作者所有,轉(zhuǎn)載或內(nèi)容合作請(qǐng)聯(lián)系作者
  • 序言:七十年代末,一起剝皮案震驚了整個(gè)濱河市嘁傀,隨后出現(xiàn)的幾起案子兴蒸,更是在濱河造成了極大的恐慌,老刑警劉巖细办,帶你破解...
    沈念sama閱讀 218,122評(píng)論 6 505
  • 序言:濱河連續(xù)發(fā)生了三起死亡事件橙凳,死亡現(xiàn)場(chǎng)離奇詭異,居然都是意外死亡笑撞,警方通過(guò)查閱死者的電腦和手機(jī)岛啸,發(fā)現(xiàn)死者居然都...
    沈念sama閱讀 93,070評(píng)論 3 395
  • 文/潘曉璐 我一進(jìn)店門(mén),熙熙樓的掌柜王于貴愁眉苦臉地迎上來(lái)茴肥,“玉大人值戳,你說(shuō)我怎么就攤上這事÷” “怎么了堕虹?”我有些...
    開(kāi)封第一講書(shū)人閱讀 164,491評(píng)論 0 354
  • 文/不壞的土叔 我叫張陵,是天一觀(guān)的道長(zhǎng)芬首。 經(jīng)常有香客問(wèn)我赴捞,道長(zhǎng),這世上最難降的妖魔是什么郁稍? 我笑而不...
    開(kāi)封第一講書(shū)人閱讀 58,636評(píng)論 1 293
  • 正文 為了忘掉前任赦政,我火速辦了婚禮,結(jié)果婚禮上耀怜,老公的妹妹穿的比我還像新娘恢着。我一直安慰自己,他們只是感情好财破,可當(dāng)我...
    茶點(diǎn)故事閱讀 67,676評(píng)論 6 392
  • 文/花漫 我一把揭開(kāi)白布掰派。 她就那樣靜靜地躺著,像睡著了一般左痢。 火紅的嫁衣襯著肌膚如雪靡羡。 梳的紋絲不亂的頭發(fā)上,一...
    開(kāi)封第一講書(shū)人閱讀 51,541評(píng)論 1 305
  • 那天俊性,我揣著相機(jī)與錄音略步,去河邊找鬼。 笑死定页,一個(gè)胖子當(dāng)著我的面吹牛趟薄,可吹牛的內(nèi)容都是我干的。 我是一名探鬼主播典徊,決...
    沈念sama閱讀 40,292評(píng)論 3 418
  • 文/蒼蘭香墨 我猛地睜開(kāi)眼杭煎,長(zhǎng)吁一口氣:“原來(lái)是場(chǎng)噩夢(mèng)啊……” “哼恩够!你這毒婦竟也來(lái)了?” 一聲冷哼從身側(cè)響起岔帽,我...
    開(kāi)封第一講書(shū)人閱讀 39,211評(píng)論 0 276
  • 序言:老撾萬(wàn)榮一對(duì)情侶失蹤玫鸟,失蹤者是張志新(化名)和其女友劉穎导绷,沒(méi)想到半個(gè)月后犀勒,有當(dāng)?shù)厝嗽跇?shù)林里發(fā)現(xiàn)了一具尸體,經(jīng)...
    沈念sama閱讀 45,655評(píng)論 1 314
  • 正文 獨(dú)居荒郊野嶺守林人離奇死亡妥曲,尸身上長(zhǎng)有42處帶血的膿包…… 初始之章·張勛 以下內(nèi)容為張勛視角 年9月15日...
    茶點(diǎn)故事閱讀 37,846評(píng)論 3 336
  • 正文 我和宋清朗相戀三年贾费,在試婚紗的時(shí)候發(fā)現(xiàn)自己被綠了。 大學(xué)時(shí)的朋友給我發(fā)了我未婚夫和他白月光在一起吃飯的照片檐盟。...
    茶點(diǎn)故事閱讀 39,965評(píng)論 1 348
  • 序言:一個(gè)原本活蹦亂跳的男人離奇死亡褂萧,死狀恐怖,靈堂內(nèi)的尸體忽然破棺而出葵萎,到底是詐尸還是另有隱情导犹,我是刑警寧澤,帶...
    沈念sama閱讀 35,684評(píng)論 5 347
  • 正文 年R本政府宣布羡忘,位于F島的核電站谎痢,受9級(jí)特大地震影響,放射性物質(zhì)發(fā)生泄漏卷雕。R本人自食惡果不足惜节猿,卻給世界環(huán)境...
    茶點(diǎn)故事閱讀 41,295評(píng)論 3 329
  • 文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一處隱蔽的房頂上張望漫雕。 院中可真熱鬧滨嘱,春花似錦、人聲如沸浸间。這莊子的主人今日做“春日...
    開(kāi)封第一講書(shū)人閱讀 31,894評(píng)論 0 22
  • 文/蒼蘭香墨 我抬頭看了看天上的太陽(yáng)魁蒜。三九已至躺彬,卻和暖如春,著一層夾襖步出監(jiān)牢的瞬間梅惯,已是汗流浹背宪拥。 一陣腳步聲響...
    開(kāi)封第一講書(shū)人閱讀 33,012評(píng)論 1 269
  • 我被黑心中介騙來(lái)泰國(guó)打工, 沒(méi)想到剛下飛機(jī)就差點(diǎn)兒被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留铣减,地道東北人她君。 一個(gè)月前我還...
    沈念sama閱讀 48,126評(píng)論 3 370
  • 正文 我出身青樓,卻偏偏與公主長(zhǎng)得像葫哗,于是被迫代替她去往敵國(guó)和親缔刹。 傳聞我的和親對(duì)象是個(gè)殘疾皇子球涛,可洞房花燭夜當(dāng)晚...
    茶點(diǎn)故事閱讀 44,914評(píng)論 2 355

推薦閱讀更多精彩內(nèi)容

  • 一、核酸提取與純化介紹 核酸提取是分子生物學(xué)的基本組成部分校镐,因高質(zhì)量的核酸是分子生物學(xué)上的應(yīng)用至關(guān)重要亿扁。 我們將會(huì)...
    JarySun閱讀 4,176評(píng)論 0 8
  • 血液游離DNA(又稱(chēng)血液循環(huán)DNA)是指血液中游離于細(xì)胞外的DNA,其來(lái)源主要有三:白細(xì)胞崩解釋放的DNA鸟廓、壞死組...
    硯無(wú)聲88閱讀 1,882評(píng)論 0 1
  • 目前从祝,主流的血液DNA提取方法有磁珠法和硅膠膜離心柱法,這兩種方法各有利弊引谜。磁珠法可以針對(duì)大批量樣本的處理牍陌,滿(mǎn)足自...
    呆萌的大臉貓閱讀 862評(píng)論 0 1
  • 目前,主流的血液DNA提取方法有磁珠法和硅膠膜離心柱法员咽,這兩種方法各有利弊毒涧。磁珠法可以針對(duì)大批量樣本的處理,滿(mǎn)足自...
    硯無(wú)聲88閱讀 1,759評(píng)論 1 1
  • 突然收到一個(gè)簡(jiǎn)書(shū)通知贝室,有人點(diǎn)贊了我的文章契讲。 像是一個(gè)提醒:嘿!你已經(jīng)很久沒(méi)有更新了滑频。都說(shuō)可以隨意的開(kāi)始捡偏,但是不能隨...
    流鼻涕的小女孩閱讀 452評(píng)論 3 9