基因解讀網(wǎng)站推薦


? ? ? ? 通過日益完善的基因檢測技術(shù)我們發(fā)現(xiàn)了腫瘤中各種基因變異鹏秋,包括點突變尊蚁、小片段插入、缺失侣夷,基因拷貝數(shù)變異横朋,基因融合等等。而如何揭曉這些基因變異對于我們臨床治療的意義百拓,從哪些方面去分析患者的檢測結(jié)果琴锭,今天向大家推薦一個德克薩斯大學(xué)安德森癌癥中心(University of Texas MD Anderson Cancer Center)專業(yè)網(wǎng)站https://pct.mdanderson.org,讓我們跟隨美國癌癥專家開始尋寶之旅衙传,看看這個網(wǎng)站幫我們帶來哪些精彩內(nèi)容决帖。

網(wǎng)站簡介

? ? ? ?首先了解一下該網(wǎng)站的整體構(gòu)架,這個網(wǎng)站提供了目前比較熱門的十幾個靶向藥物的腫瘤基因相關(guān)信息的全面展示蓖捶,每個基因從基因概況、基因變異的主要形式俊鱼、基因變異在不同癌種的分布頻率和功能、相關(guān)臨床用藥指導(dǎo)绎速、靶向藥物列表、相關(guān)臨床試驗6方面進行解析焙蚓。

基因概況:簡單介紹該基因編碼的蛋白以及其所在信號通路纹冤,該基因的生物學(xué)意義和與癌癥發(fā)生發(fā)展之間的關(guān)系。

基因變異的主要形式:會介紹該基因體細胞突變的不同形式(點突變萌京、拷貝數(shù)變異和基因融合)的生物學(xué)意義以及和靶向藥物敏感性和耐藥性之間的關(guān)系宏浩,可以搜素到常見的熱點突變哦知残。同時還有胚系突變的相關(guān)信息。

基因變異在不同癌種的分布頻率和功能:會介紹該基因突變常見于哪些癌種比庄,常見的熱點突變的形式求妹,同一個突變在不同癌種中有時是不能一概而論的乏盐,腫瘤就是那么復(fù)雜制恍。

相關(guān)臨床用藥指導(dǎo):會根據(jù)不同的證據(jù)等級推薦相關(guān)靶向藥物。證據(jù)等級由高到低分為3級净神。

1級(高級證據(jù)):1A指FDA批準該藥物用于攜帶該基因變異的適應(yīng)癥;? 1B指一項基于基因篩選入組的爱榕、具有顯著性差異坡慌、前瞻性的臨床研究或者meta分析的支持證據(jù)黔酥。

2級(中級證據(jù)):2A指在本癌種中進行的具有顯著性差異八匠、前瞻性的臨床研究的支持證據(jù)±媸鳎或 者是相關(guān)的回顧性研究或者病例對照研究;?2B指在非本癌種中研究得出的相關(guān)支持證據(jù)柜蜈。

3級(低級證據(jù)):3A指來自于個案報道的證據(jù)指巡;?3B指來自于臨床前期證據(jù),來自腫瘤細胞系或腫瘤動物模型的證據(jù)藻雪。

靶向藥物列表:提供相關(guān)上市和臨床試驗階段的靶向藥物

臨床試驗列表:提供基因變異篩選入組和基因變異相關(guān)的臨床試驗,臨床試驗信息來自MDAnderson中心的臨床試驗數(shù)據(jù)庫或美國臨床試驗數(shù)據(jù)庫ClinicalTrials.gov中檢索指煎。


這個網(wǎng)站不僅僅提供了很強大的知識信息庫便斥,同時還在如何解讀基因變異方面給我們展現(xiàn)了一個清晰地思路哦。

如何判斷基因變異和腫瘤發(fā)生和發(fā)展的關(guān)系

判斷一個點突變是否參與了腫瘤發(fā)生的過程枢纠,可以主要從以下兩方面入手:

(1)基因變異的頻率一般而言,在腫瘤細胞系、腫瘤動物模型或者腫瘤病人發(fā)生頻率較高的基因變異脓斩,很可能是促進腫瘤發(fā)生的基因組事件跟狱。 我們通過公共的癌癥體細胞突變數(shù)據(jù)庫比如COSMIC(http://cancer.sanger.ac.uk/cosmic)户魏、cBioPortal(http://www.cbioportal.org/public-portal/cgds_r.jsp)還有自己本地癌癥患者的基因變異的數(shù)據(jù)庫,去明確基因變異的發(fā)生頻率叼丑。

(2)基因變異的生物學(xué)意義 通過MEDLINE數(shù)據(jù)庫和自然語言處理(NLP)技術(shù)高通量和整理檢索文獻,手動審閱和記錄基因變異的臨床前實驗的結(jié)果鸠信,力求闡明是否有實驗證據(jù)表明某個基因突變是否參與了腫瘤發(fā)生的細胞過程。 將這些位點分為致病性(促進腫瘤發(fā)生)和良性(不促進腫瘤發(fā)生)爽茴。

基于以上兩點绰垂,在任何腫瘤樣本中有過記錄的位點或者有明確生物學(xué)意義的位點,我們都應(yīng)該指出劲装。

如何判斷基因變異和靶向藥物的敏感性和耐藥性的關(guān)系

(1) 收集適用的藥物列表 FDA批準的靶向藥物的說明書和伴隨診斷是我們獲得已經(jīng)上市藥物信息的不二來源,而相關(guān)臨床試驗藥物列表如何獲得呢绒怨?以下的這些網(wǎng)站可以幫助我們收集相關(guān)的靶向藥物信息,如一些公共的數(shù)據(jù)庫美國國家癌癥研究院的藥物詞典NCI Drug Dictionary (www.cancer.gov/drugdictionary)南蹂,DGIdb-Mining the Druggable Genome(dgidb.genome.wustl.edu)念恍,或者一些信號通路抑制劑的供應(yīng)商網(wǎng)站如selleck公司網(wǎng)站( http://www.selleck.cn/),此外還有就是最新的一些相關(guān)信號通路抑制劑的文獻樊诺。我個人比較推薦NCI的藥物詞典,畢竟權(quán)威性比較高秃嗜,而且對藥物的介紹也比較詳細,還能鏈接相關(guān)的臨床試驗锅锨,是不是很強大。

(2) 如何判斷基因變異和靶向藥物敏感性和耐藥性之間的關(guān)系 通過MEDLINE數(shù)據(jù)庫和自然語言處理(NLP)技術(shù)高通量和整理檢索文獻必搞,我們整理出攜帶某些特定基因變異的腫瘤或腫瘤細胞系對藥物的敏感性或者耐藥性的影響。 然而目前關(guān)于特定基因變異與藥物敏感性或者耐藥性的針對性文獻是比較缺乏的塔橡,大部分研究更多集中在某基因多種突變與藥物反應(yīng)與之間的關(guān)系霜第,而不是與該特定基因變異之間的關(guān)系。

? ? ? 我個人是比較喜歡和推薦這個網(wǎng)站的泌类,該網(wǎng)站對基因變異的解讀是比較全面和有層次感,每次解讀病人的一些不是很明確的基因位點時弹砚,我也感到一種無力感枢希,畢竟現(xiàn)在基因變異和腫瘤臨床治療之間的轉(zhuǎn)化還處于初期階段,我們應(yīng)該給藥物分級晴玖,有些是推薦藥物(證據(jù)等級高),有些是參考藥物(證據(jù)等級偏低)呕屎,希望此文分享對大家能有幫助。

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