關(guān)鍵詞
miniconda安裝及使用，conda分身
今日筆記
1. 下載 miniconda
- 使用 ' wget ' 命令進(jìn)行：
wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
-
uname -a# 查看服務(wù)器是多少位（32/ 64 ...）
2. 安裝 miniconda
（1） 使用 ' bash ' 命令進(jìn)行：bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
（2） ！安裝后source ~/.bashrc激活環(huán)境變量后方可使用朦佩！
（3） 輸入conda硝全，有信息跳出說明安裝成功
3. 添加鏡像
- 使用清華鏡像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
add channels
4. 使用miniconda
（1）conda list # 查看當(dāng)前所有軟件列表
（2）conda search fastqc # （以數(shù)據(jù)質(zhì)控軟件 fastqc 為例）搜索 fastqc
（3）conda install fastqc # 安裝 fastqc
conda install fastqc -y# 自動安裝 fastqc
conda install fastqc=0.11.7# 安裝fastqc版本號為0.11.7
（4） conda remove fastqc -y # 卸載fastqc
5. conda 分身
（1）conda info --envs # 查看當(dāng)前conda環(huán)境
（2）conda create -n rna_seq python=3 fastqc trimmomatic -y # 建立一個名叫 rna_seq 的conda環(huán)境钥勋；python版本是3叶摄，安裝軟件fastqc拍摇、trimmomatic
- 安裝完成后可查看到 conda 環(huán)境新增了rna_seq：
（3）conda activate rna_seq # 激活新的 conda 環(huán)境
一個小結(jié)
命令大全深似海...我都快變成字符了煤裙，還不會調(diào)用工具 T^T
