生信學(xué)習(xí)小組-Day3 - 三三

關(guān)鍵詞

miniconda安裝及使用,conda分身

今日筆記

1. 下載 miniconda
  • 使用 ' wget ' 命令進(jìn)行:wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
  • uname -a # 查看服務(wù)器是多少位(32/ 64 ...)
2. 安裝 miniconda

(1) 使用 ' bash ' 命令進(jìn)行:bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
(2) !安裝后source ~/.bashrc激活環(huán)境變量后方可使用朦佩!
(3) 輸入conda硝全,有信息跳出說明安裝成功

3. 添加鏡像
add channels
4. 使用miniconda

(1)conda list # 查看當(dāng)前所有軟件列表
(2)conda search fastqc # (以數(shù)據(jù)質(zhì)控軟件 fastqc 為例)搜索 fastqc
(3)conda install fastqc # 安裝 fastqc

conda install fastqc -y # 自動安裝 fastqc
conda install fastqc=0.11.7 # 安裝fastqc版本號為0.11.7

(4) conda remove fastqc -y # 卸載fastqc

5. conda 分身

(1)conda info --envs # 查看當(dāng)前conda環(huán)境

(2)conda create -n rna_seq python=3 fastqc trimmomatic -y # 建立一個名叫 rna_seq 的conda環(huán)境钥勋;python版本是3叶摄,安裝軟件fastqc拍摇、trimmomatic

  • 安裝完成后可查看到 conda 環(huán)境新增了rna_seq:

(3)conda activate rna_seq # 激活新的 conda 環(huán)境

一個小結(jié)

命令大全深似海...我都快變成字符了煤裙,還不會調(diào)用工具 T^T

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