關(guān)鍵詞
miniconda安裝及使用,conda分身
今日筆記
1. 下載 miniconda
- 使用 ' wget ' 命令進(jìn)行:
wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
-
uname -a
# 查看服務(wù)器是多少位(32/ 64 ...)
2. 安裝 miniconda
(1) 使用 ' bash ' 命令進(jìn)行:bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
(2) !安裝后source ~/.bashrc
激活環(huán)境變量后方可使用朦佩!
(3) 輸入conda
硝全,有信息跳出說明安裝成功
3. 添加鏡像
- 使用清華鏡像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
add channels
4. 使用miniconda
(1)conda list
# 查看當(dāng)前所有軟件列表
(2)conda search fastqc
# (以數(shù)據(jù)質(zhì)控軟件 fastqc 為例)搜索 fastqc
(3)conda install fastqc
# 安裝 fastqc
conda install fastqc -y
# 自動安裝 fastqc
conda install fastqc=0.11.7
# 安裝fastqc版本號為0.11.7
(4) conda remove fastqc -y
# 卸載fastqc
5. conda 分身
(1)conda info --envs
# 查看當(dāng)前conda環(huán)境
(2)conda create -n rna_seq python=3 fastqc trimmomatic -y
# 建立一個名叫 rna_seq 的conda環(huán)境钥勋;python版本是3叶摄,安裝軟件fastqc拍摇、trimmomatic
- 安裝完成后可查看到 conda 環(huán)境新增了rna_seq:
(3)conda activate rna_seq
# 激活新的 conda 環(huán)境
一個小結(jié)
命令大全深似海...我都快變成字符了煤裙,還不會調(diào)用工具 T^T