1.文獻(xiàn)信息
標(biāo)題：Genetic drivers of m6A methylation in human brain, lung, heart and muscle
發(fā)表時(shí)間：2021年7月1日
雜志：Nature Genetics（2020IF=27.605）
作者：麻省理工學(xué)院計(jì)算機(jī)與人工智能實(shí)驗(yàn)室Manolis Kellis課題組
數(shù)據(jù)和方法
主要數(shù)據(jù)
m6A meRIP–seq across human tissues
文章主要使用的鏈特異性建庫(kù)和雙端45bp的測(cè)序策略，第一次遇到測(cè)這么短的啊：
We used the SMARTer Stranded RNA-Seq Kit from Clontech/Takada, which is optimized to work with 100pg of starting material. The libraries were sent for 2×45-base-pair paired-end sequencing.
甲基化數(shù)據(jù)提到的數(shù)據(jù)庫(kù)為eGTEx，可以參考：https://cloud.tencent.com/developer/news/397979 進(jìn)行此數(shù)據(jù)庫(kù)的了解。
分析流程：
- 1.去除tRNA和rNRA：使用bowtie2將read比對(duì)到tRNA和rRNA唉侄，保留 the unmapped reads
- tRNA：downloaded from the University of California, Santa Cruz Table Browser
- rRNA：downloaded from the National Center for Biotechnology Information Nucleotide database
- 2.比對(duì)到參考基因組：使用hisat2 比對(duì)到the hg38 human genome： GENCODE (v26; downloaded from https://gtexportal.org/home/datasets
- Peak calling：MACS2
主要結(jié)果
這是一篇研究quantitative trait loci（QTL）與m6A修飾關(guān)聯(lián)的文章，我主要關(guān)注m6A的地方，即結(jié)果1崭庸。
結(jié)果1：m6A variation across tissues and individuals
107個(gè)病人共176個(gè)樣本，在QC之后谊囚，剩余91個(gè)病人129個(gè)樣本做分析：53 brain, 12 heart, 32 muscle and 32 lung samples怕享，見(jiàn)下圖A。
Peak calling共得到>278,000個(gè)peak位點(diǎn)（每個(gè)位點(diǎn)至少在兩個(gè)病人中存在）镰踏，平均每個(gè)樣本約20,000個(gè)位點(diǎn)函筋。
這些Peaks中，與以前的結(jié)果相比奠伪，有很多都是以前未檢測(cè)到的peak跌帐。比較的對(duì)象是來(lái)自數(shù)據(jù)庫(kù)RMBase v2.0中發(fā)表的peaks首懈。
RMBase v2.0: deciphering the map of RNA modifcations from epitranscriptome sequencing data
并且，檢測(cè)到的Peaks位點(diǎn)的主要集中在終止密碼子附近谨敛。
作者還將以前沒(méi)有檢測(cè)到的m6A位點(diǎn)序列特征分布也繪制了一個(gè)圖究履，如下，這個(gè)圖5’UTR位置的信息要比終止密碼子的信號(hào)值高：
保守序列特征：GGACH
利用m6A譜對(duì)樣本進(jìn)行相似性分析佣盒，發(fā)現(xiàn)組織類(lèi)型是主要的差異來(lái)源挎袜，與基于RNA表達(dá)譜的樣本相似性分析結(jié)果類(lèi)似。
基于m6A譜的樣本相似性聚類(lèi)：
基于RNA表達(dá)譜的樣本相似性聚類(lèi)：
具有組織特異m6A修飾位點(diǎn)的基因的功能富集結(jié)果顯示肥惭，組織功能相關(guān)功能富集：
此外盯仪，作者還對(duì)具有組織特異性m6A修飾位點(diǎn)的基因進(jìn)行了展示：
這些具有m6A修飾位點(diǎn)信息的基因可以在數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行查詢(xún)展示：https://www.gtexportal.org/home/browseEqtls?location=chr1%3A750000-850,000
大腦特異m6A修飾的POU3F2基因：
肺特異的m6A修飾EGFR 基因
最后，不同組織總都有m6A修飾的基因在不同組織中的表達(dá)不差異蜜葱，具有m6A修飾組織特異的表達(dá) 也特異全景。這表明m6A可以導(dǎo)致其他廣泛表達(dá)的轉(zhuǎn)錄本的組織特異性功能。
其他內(nèi)容結(jié)果如下牵囤，詳細(xì)版本可以前往看文獻(xiàn)：
結(jié)果2：m6A genetic driver discovery and validation
結(jié)果3：Tissue specificity of m6A QTLs.
結(jié)果4：m6A QTLs and eQTLs sometimes overlap but are mostly independent
結(jié)果5：m6A QTLs help interpret GWAS loci
結(jié)果6：Tissue-specific m6A-QTL enrichments of GWAS variants
結(jié)果7：Novel m6A regulator prediction
非常好的資源：
此篇文章貢獻(xiàn)了作者全部的分析代碼盔憨，如下：
下載鏈接
可惜的是下載不到數(shù)據(jù)啊膀藐，即使是m6A的bed文件也沒(méi)有公開(kāi)腺阳，只能在GTEx中進(jìn)行相關(guān)位點(diǎn)信息查詢(xún)缘圈。
如有萬(wàn)能的網(wǎng)友能搞到數(shù)據(jù)，我就可以給你復(fù)現(xiàn)整個(gè)文章了野崇。
不過(guò)称开，我還有plan B：準(zhǔn)備找一套其他的數(shù)據(jù)，利用此篇文獻(xiàn)的所有代碼進(jìn)行數(shù)據(jù)分析乓梨。后續(xù)即將更新~
