細(xì)胞亞群相關(guān)性

cor_features <- unique(c(VariableFeatures(sce), VariableFeatures(Hep_scRNA), VariableFeatures(Hep_scATAC), VariableFeatures(CSC_hep)))
cor_features <- intersect(cor_features, rownames(Hep_scATAC))
cor_features <- intersect(cor_features, rownames(Hep_scRNA))
cor_features <- intersect(cor_features, rownames(sce))
cor_features <- intersect(cor_features, rownames(CSC_hep))

Idents(Hep_scATAC) <- Hep_scATAC$annotation3
atac_av.exp <- as.data.frame(AverageExpression(Hep_scATAC, features = cor_features, assays = "ACTIVITY")$ACTIVITY)
colnames(atac_av.exp) <- paste("ATAC", colnames(atac_av.exp), sep = "_")
Idents(Hep_scRNA)<- Hep_scRNA$Annotation
Hep_av.exp<- as.data.frame(AverageExpression(Hep_scRNA, features = rownames(atac_av.exp), assays = "SCT")$SCT)
Idents(sce)<- sce$Annotation3
Hep6_av.exp<- as.data.frame(AverageExpression(sce, features = rownames(atac_av.exp), assays = "SCT")$SCT)
colnames(Hep6_av.exp) <- paste("Sub", colnames(Hep6_av.exp), sep = "_")
Idents(CSC_hep)<- CSC_hep$Annotation
Hepcsc_av.exp<- as.data.frame(AverageExpression(CSC_hep, features = rownames(atac_av.exp), assays = "SCT")$SCT)
colnames(Hepcsc_av.exp) <- paste("CSC", colnames(Hepcsc_av.exp), sep = "_")

rna_atac_av.exp <- cbind(Hep_av.exp, Hep6_av.exp, Hepcsc_av.exp, atac_av.exp)
rna_atac_av.exp_cor <- cor(rna_atac_av.exp, method= "spearman")
pheatmap::pheatmap(rna_atac_av.exp_cor, filename = "Cell_correlation_spearman_pheatmap_variablegenes.pdf", width = 7, height = 7)
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