摘要
哺乳動物心臟中非心肌細(xì)胞（包括內(nèi)皮細(xì)胞踊谋、成纖維細(xì)胞悬而、周皮細(xì)胞和免疫細(xì)胞）在單細(xì)胞水平上的細(xì)胞特性和分子特征目前仍不明確。使用最新的單細(xì)胞多組學(xué)技術(shù)來描繪非心肌細(xì)胞轉(zhuǎn)錄特征的表觀圖譜有助于揭示細(xì)胞異質(zhì)性背后的分子機(jī)制青责。在這里捻撑，作者從單個細(xì)胞水平上描述了成年小鼠心臟中非心肌細(xì)胞群體的分子和細(xì)胞特征。
Introduction
該研究通過scRNAseq和scATACseq分析小鼠心臟中的非心肌細(xì)胞价认，從轉(zhuǎn)錄層面和表觀層面剖析了非心肌細(xì)胞的異質(zhì)性及功能嗅定。
1. 本文總結(jié)了主要非心肌細(xì)胞群的基因表達(dá)特征奥此，以及調(diào)控細(xì)胞特性的順式作用元件和反式作用因子的特殊作用吓蘑。
2. 使用再聚類和軌跡分析，該研究發(fā)現(xiàn)心臟成纖維細(xì)胞由3個不同的亞群組成白嘁，其功能分別與細(xì)胞反應(yīng)捶箱、細(xì)胞骨架形成和免疫反應(yīng)相關(guān)智什。
3. 基因富集分析鑒定出Hsd11b1和Gfpt2是與成纖維細(xì)胞狀態(tài)相關(guān)的標(biāo)志性marker基因，該結(jié)果被免疫組化結(jié)果進(jìn)一步證實(shí)丁屎。
4. 小鼠實(shí)驗(yàn)顯示敲除Gfpt2可以改變細(xì)胞緊密性荠锭，而敲除Hsd11b1可以降低成纖維細(xì)胞的遷移和細(xì)胞外基質(zhì)沉積。
結(jié)果
這篇文章的分析比較常規(guī)晨川，就是Fig1分別看了一下scRNAseq和scATACseq的主要分群和marker基因证九，兩種組學(xué)結(jié)果比較一致删豺。隨后Fig2-Fig5分別對內(nèi)皮細(xì)胞、巨噬細(xì)胞和成纖維細(xì)胞做了一下亞群細(xì)分愧怜，看了一下亞群的功能呀页。再從成纖維里篩出了兩個基因在體內(nèi)體外進(jìn)行了驗(yàn)證。
這篇文獻(xiàn)里比較有意思的是supplement fig1里的圖G拥坛，是用ImmGen對細(xì)胞注釋的結(jié)果進(jìn)行驗(yàn)證蓬蝶，并繪制了如下的W圖。
ImmGen全稱是Immunological Genome Project（免疫基因組計(jì)劃）猜惋，其目的是對小鼠免疫系統(tǒng)的基因表達(dá)及其調(diào)控進(jìn)行深入的剖析丸氛，包括細(xì)胞因子觸發(fā)的響應(yīng)的系統(tǒng)分析。
ImmGen提供的網(wǎng)頁工具可以查看輸入的基因列表（可以是某條通路相關(guān)的基因著摔、每個細(xì)胞群的marker基因等等）中的基因在不同的細(xì)胞群中的表達(dá)情況缓窜，并繪制W圖和熱圖
1. 打開https://www.immgen.org/Databrowser19/DatabrowserPage.html
2. 點(diǎn)擊MyGeneset
3. 在左側(cè)框中勾選細(xì)胞類型，右側(cè)框中輸入基因列表（分析自己數(shù)據(jù)的時(shí)候谍咆，輸入算出來的top差異基因即可）禾锤，點(diǎn)擊View W-Plot或View Heatmap就可以查看這些基因在勾選的細(xì)胞群中的表達(dá)。
4. 結(jié)果
