一個完整的RNA-seq(1)-conda的配置及搭建

1.conda的下載以及環(huán)境的搭建

(1)conda的下載

可以去官網(wǎng)下載適合自己的版本,miniconda官網(wǎng):https://conda.io/miniconda.html慨灭,也可以用下邊的命令岖免。

wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

這里選擇的是latest-Linux版本,所以下載的程序會隨著python的版本更新而更新(現(xiàn)在下載的版本默認的python版本已經(jīng)是3.8了)

(2)安裝

chomd 755 Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh  

為防止conda污染其他軟件的環(huán)境合愈,在詢問是否將conda加入環(huán)境變量時選擇no叮贩,其他選擇yes。

(3)啟用conda

 # 進入miniconda的bin目錄
chmod 755 activate #給權(quán)限
source ./activate  

這時候會出現(xiàn)base佛析,表明已經(jīng)處于conda環(huán)境中益老。


image.png

(4)為conda配置下載源

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

顯示安裝頻道

conda config --set show_channel_urls yes 
conda config --get channels #查看已安裝的內(nèi)容

(5)安裝軟件

conda install gatk  
conda install gatk=3.7#安裝特定版本
conda update gatk #更新軟件
conda remove gatk#卸載軟件

退出與激活環(huán)境

conda activate    #激活
conda deactivate #退出

如果退出環(huán)境,則之前用conda安裝的一系列軟件都會不可用寸莫,如果使用的話就必須激活conda環(huán)境捺萌,還有一種解決辦法是給處理的文件夾配置一個conda的軟鏈接。

mkdir /home/biosoft
export PATH="/home/biosoft:$PATH" #將這個文件夾加入到環(huán)境變量中
ln -s /root/miniconda3/bin/gatk /home/biosoft

每次啟動linux都要重新啟動一下conda環(huán)境膘茎,也可以用alisa免去環(huán)境啟動步驟桃纯。

alias condaup='source /root/miniconda3/bin/activate'  #保存并退出
source ~/.bashrc #重啟生效
#接下來可以驗證一下酷誓,首先退出conda環(huán)境
 conda deactivate  
#輸入命令
condaup
image.png

(6)自己搭建環(huán)境

conda create -n py27 python=2.7 #比如建立一個python2.7的環(huán)境,-n是name态坦,自己取的名字
conda remove -n py2 --all#刪除環(huán)境

參考及感謝

參考賣萌哥文章:http://www.reibang.com/p/edaa744ea47d

?著作權(quán)歸作者所有,轉(zhuǎn)載或內(nèi)容合作請聯(lián)系作者
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