作者俯抖，Evil Genius
今天已經(jīng)初五了，初八上班的話瓦胎，有的小伙伴已經(jīng)在離家的路上了芬萍，這一次返程的人有沒有你呢尤揣？準備出發(fā)去火車站的我等待同道中人。
今天我們分享多組學文獻柬祠，大家慢慢也都看到了北戏，單細胞、空間漫蛔、外顯子這種多組學聯(lián)合分析的文章越來越多了嗜愈，其中空間組學做ATAC、轉錄組 + 蛋白組的文章也有了莽龟，多組學是未來的趨勢蠕嫁，那么如何提前抓住趨勢，是擺在我們這些科研人員要面對的課題毯盈。
盡管最近單細胞技術在RNA+ATAC+蛋白質剃毒、H3K27me3+H3K27ac+蛋白質或ATAC+H3K27me3+H3K27ac的三模態(tài)測量方面取得了進展，但目前的空間方法僅限于一次繪制兩種模態(tài)（如ATAC+RNA搂赋、CUT&Tag+RNA或蛋白質+RNA）赘阀。
今天分享文章
知識積累
細胞的表型和功能狀態(tài)是由多個組學層復雜的相互作用的分子層次調節(jié)的，包括基因組厂镇、表觀基因組纤壁、轉錄組、蛋白質組和代謝組捺信。
在多細胞生物中酌媒，細胞區(qū)室的組織、結構和細胞間的相互作用對細胞的功能狀態(tài)至關重要迄靠。
細胞轉錄程序是通過多種表觀遺傳模式的作用決定的秒咨，包括轉錄因子（tf）和協(xié)同或拮抗組蛋白標記的共同出現(xiàn)。這些相互作用的染色質調控因子對下游基因或蛋白質表達的影響在目前的單細胞和空間方法中是缺失的掌挚。
The spatial-Mux-seq workflow
在冷凍切片上同時進行染色質可及性雨席、組蛋白修飾、基因表達和表面蛋白分析的spatial-Mux-seq技術吠式。
兩組蛋白修飾的空間共譜分析
兩個相互排斥的組蛋白修飾：H3K27me3陡厘，一個參與基因沉默和細胞身份維持的抑制標記，以及H3K27ac特占，一個發(fā)現(xiàn)于與基因表達相關的增強子和啟動子的活性標記糙置。這些標記代表相反的染色質狀態(tài)。
表觀基因組和轉錄組的四模態(tài)分析
在同一切片中以50-μm分辨率同時分析染色質可及性（轉座酶可及染色質（ATAC）測定）是目、兩種組蛋白修飾（H3K4me3和H3K27me3）和轉錄組的方法谤饭。
為了探索基因表達添坊、染色質可及性和組蛋白修飾之間的時空關系魄健，研究了從放射狀膠質細胞到分化神經(jīng)元的發(fā)育軌跡（生態(tài)位分析）
蛋白質、轉錄組和表觀基因組的共圖譜
H3K4me3和H3K27me3是組蛋白修飾殖演，在基因調控中起著相反的作用讼稚。H3K4me3通常與活性基因轉錄有關闯传，標記基因的啟動子经宏，而H3K27me3與基因抑制有關桥状，標記了基因表達沉默的區(qū)域。在發(fā)育過程中辟汰，這兩個標記在發(fā)育基因的啟動子上同時出現(xiàn)列敲，形成了一種“二價染色質”狀態(tài)，使基因處于快速激活或抑制的穩(wěn)定狀態(tài)帖汞。
spatial-Mux-seq能夠以近乎單細胞的分辨率同時測量來自同一組織切片的兩種組蛋白修飾、基因表達和蛋白質的模式凑术。
實際運用：小鼠大腦的多重空間映射
表觀基因組翩蘸、RNA和蛋白質的五模態(tài)分析
應用于在同一組織切片中共分五種模式——染色質可及性、兩種組蛋白修飾淮逊、轉錄組和大量細胞表面蛋白催首。
空間組學是一個快速發(fā)展的領域，其最新進展使人們能夠研究復雜的生物系統(tǒng)泄鹏，對組織環(huán)境中的基因表達和表觀遺傳調控進行高通量量化郎任。然而，基因和蛋白質的表達受到不同組學層的調控备籽，如DNA甲基化舶治、染色質重塑、組蛋白修飾和基因組結構车猬。
全面的五模態(tài)分析霉猛，其中同時測量了染色質可及性、兩種組蛋白修飾（H3K27me3珠闰、H3K27ac）惜浅、mRNA和122種表面蛋白，為細胞狀態(tài)和組織生物學提供了更深入的見解伏嗜。
