??前面我們介紹了CRISPR Screen和基于標(biāo)簽化sgRNA的iBAR。以往應(yīng)用與CRISPR Screen的系統(tǒng)主要包括knockout（KO）恬涧， CRISPRa 和CRISPRi个扰。對(duì)于KO系統(tǒng)，其一個(gè)顯著的弊端就是會(huì)引入雙鏈DNA斷裂充坑，這對(duì)于細(xì)胞本身是有“毒”的，因此基于KO系統(tǒng)的CRISPR Screen會(huì)導(dǎo)致偏高的假陽(yáng)性。CRISPRa和CRISPRi雖然不會(huì)引入雙鏈DNA斷裂经备，但其對(duì)基因的調(diào)控程度存在顯著的差異，一些基因可能能夠被顯著激活或抑制险耀，但也有很多基因的激活或抑制程度明顯不足弄喘，這也勢(shì)必造成偏高的假陰性。今天分享的BARBEKO則是基于Cytosine Base editor(CBE)甩牺，通過(guò)將基因表達(dá)關(guān)鍵位置的堿基（例如起始密碼子蘑志，剪接位點(diǎn)等）進(jìn)行突變，實(shí)現(xiàn)對(duì)基因的功能性缺失贬派。
圖1急但，BARBEKO
三言兩語(yǔ)
1.針對(duì)包含胞嘧啶（C）的關(guān)鍵位點(diǎn)進(jìn)行sgRNA設(shè)計(jì)：例如起始密碼子ATG經(jīng)過(guò)CEB轉(zhuǎn)變?yōu)锳TA（圖2），CCA等則可以變成終止密碼子TAA搞乏，造成翻譯提取終止波桩。
圖2，BARBEKO靶向策略
2.BARBEKO同時(shí)引入iBAR策略请敦，可以實(shí)現(xiàn)高M(jìn)OI條件下的感染镐躲。
Reference
- Chatterjee, P. BARBEKO'ing in the lab: Versatile CRISPR screens with barcoded base editors. Mol Cell 81, 3046-3047 (2021).
- Xu, P. et al. Genome-wide interrogation of gene functions through base editor screens empowered by barcoded sgRNAs. Nature Biotechnology (2021).
