上一篇文章介紹了關(guān)于MRD的基本概念帽氓、分析策略和檢測時間點，詳情見（MRD（分子殘留病灶）知多少？我們?yōu)槭裁葱枰P(guān)注它（上））
本文將繼續(xù)對MRD的臨床意義、檢測難點進行闡述。
一嗽交、臨床意義
目前，MRD在實體瘤當中應(yīng)用的臨床意義主要集中在：預(yù)后分層颂斜、復(fù)發(fā)監(jiān)測夫壁、療效評估、藥物假期等沃疮，其他應(yīng)用場景還包括臨床試驗替代終點盒让、基于新輔助治療反應(yīng)的手術(shù)決策以及臨床試驗受試者入組篩選。
01.預(yù)后分層
MRD在實體瘤當中預(yù)后價值研究的較為充分的包括肺癌司蔬、乳腺癌邑茄、結(jié)直腸癌、膀胱癌等俊啼。吳一龍教授“肺癌三部曲”中第一部的研究入組261名患者肺缕，中位隨訪時間19.7個月。當整合縱向時間點時NPV和PPV分別增加到96.8%和89.1%授帕。換句話說同木，在縱向檢測不到MRD的患者中，有96.8%的患者在最后一次隨訪時仍然處于無病狀態(tài)(其中70.1%處于I期豪墅，17.4%處于Ⅱ期泉手，12.5%處于III期)∨计鳎縱向時間點檢測不到MRD患者與治愈人群相對應(yīng)，并且不受臨床分期的影響[1]。提示在18個月內(nèi)縱向檢測不到MRD的患者可能是治愈人群屏轰。
在今年剛發(fā)布的一項針對156名原發(fā)性乳腺癌患者在手術(shù)和輔助化療后接受長達12年的臨床監(jiān)測颊郎。半年收集一次的血液樣本，在34名復(fù)發(fā)的患者中霎苗，有30人的ctDNA在臨床或放射學(xué)復(fù)發(fā)之前被檢測到姆吭。復(fù)發(fā)預(yù)測的時間間隔最長可達38個月(中位數(shù)為10.5個月)，ctDNA陽性與無復(fù)發(fā)生存期和總生存期較短有關(guān)唁盏。結(jié)果同樣提示術(shù)后連續(xù)ctDNA評估具有強大的預(yù)后價值内狸，為早期治療干預(yù)提供了一個潛在的窗口，并且可能比目前的臨床常用方法(如癌抗原)更有效[2]厘擂。
02.復(fù)發(fā)監(jiān)測
LUNGCA-1研究納入了330名I-III期NSCLC患者昆淡，分別于三個圍手術(shù)期時間點(術(shù)前、術(shù)后3天和1個月)檢測刽严。結(jié)果證實昂灵，MRD陽性(術(shù)后3天和/或1個月的ctDNA陽性)是疾病復(fù)發(fā)的強預(yù)測因子∥杼眩基于ctDNA的MRD對RFS預(yù)測的相對貢獻高于所有臨床病理變量眨补，例如TNM分期。此外倒脓，接受輔助治療的MRD陽性患者比未接受輔助治療的MRD陽性患者RFS有所改善撑螺，而接受輔助治療的MRD陰性患者的RFS反而低于未接受輔助治療的MRD陰性患者。研究提示圍手術(shù)期ctDNA分析可有效早期發(fā)現(xiàn)MRD和非小細胞肺癌復(fù)發(fā)風(fēng)險分層崎弃，有利于非小細胞癌患者的管理[3]实蓬。
在臨床決策中使用ctDNA的實用性建議指出，術(shù)后ctDNA-MRD檢測陽性的患者吊履，復(fù)發(fā)風(fēng)險近乎100%[4]安皱。
預(yù)后好的患者往往復(fù)發(fā)風(fēng)險低，預(yù)后不好的患者往往復(fù)發(fā)風(fēng)險高艇炎，這兩方面都是高度統(tǒng)一的酌伊。對于預(yù)后和復(fù)發(fā)的監(jiān)測單個時間點的MRD狀態(tài)預(yù)測價值有限，應(yīng)觀察長期結(jié)果缀踪。
03.療效監(jiān)測
MRD對治療效果的預(yù)測評估引出了另一個概念：適應(yīng)性治療居砖。其定義為“利用生物標志物精準選擇患者，在標準治療的基礎(chǔ)上實施降階或者升階治療驴娃，以期獲得更佳的療效奏候、更高的生活質(zhì)量和/或更好的成本效益”。ctDNA-MRD作為適應(yīng)性治療的標志物唇敞，目前證據(jù)支持陽性用于指導(dǎo)升階治療蔗草，陰性用于降階治療咒彤，但需要更多的臨床試驗確認[1]。一項研究顯示III期不可切除NSCLC患者接受放化療后咒精，MRD持續(xù)陰性者2年DFS可達88.4%镶柱，達到了潛在治愈。同時模叙，CRT早期達到MRD陰性患者預(yù)后較好歇拆，接受/不接受免疫鞏固治療預(yù)后相當，提示了MRD在局部晚期NSCLC治療中潛在減治療指導(dǎo)價值[5]范咨。
目前研究顯示故觅，在ctDNA-MRD足夠準確，陰性預(yù)測值超過90%的前提下渠啊，臨床和科研工作者可以依據(jù)ctDNA-MRD檢測結(jié)果將患者分為治愈人群（ctDNA-MRD陰性）和高危人群（ctDNA-MRD陽性）输吏。對于治愈人群，可以考慮停止治療昭抒，僅進行密切監(jiān)測评也；對于高危人群，則需要在標準治療的基礎(chǔ)上灭返，進行聯(lián)合治療或者強化治療盗迟。這一結(jié)論已在多個研究中被反復(fù)證實[6]。
04.藥物假期
上文提到的適應(yīng)性治療目前臨床可能更關(guān)注的是降階治療熙含。在今年發(fā)布的“肺癌三部曲”的第三部研究證明了藥物假期在肺癌領(lǐng)域應(yīng)用的可行性罚缕。研究入組60名經(jīng)TKI和LCT治療后未復(fù)發(fā)的晚期NSCLC患者，經(jīng)過前期治療（手術(shù)/放療）后怎静，經(jīng)PET確認達到影像學(xué)CR狀態(tài)邮弹，同時CEA（癌胚抗原）/血液ctDNA-MRD達到陰性并停止靶向藥物，進入“藥物假期”蚓聘，此階段開始需定期復(fù)查（影像學(xué)+CEA+ctDNA）腌乡，出現(xiàn)任一檢查的陽性結(jié)果，則重新用藥夜牡。結(jié)果顯示与纽，A組（持續(xù)監(jiān)測無異常，仍在停藥狀態(tài)）患者的PFS率高達100%塘装，這類患者約占13%急迂；B組（嚴密監(jiān)測下出現(xiàn)血液標志物CEA/ctDNA陽性而重新用藥）患者的中位PFS達到20.2個月，超越了第三代EGFR-TKI在一線治療時的中位PFS蹦肴，這類患者約占50%多僚碎；C組（患者停藥階段出現(xiàn)影像學(xué)的疾病進展，重新用藥）患者的中位PFS為5.5個月阴幌。結(jié)果表明勺阐，采用適應(yīng)性降階治療策略可以讓70%以上的患者獲益卷中，且推遲耐藥時間，延長靶向用藥的有效區(qū)間皆看，中位“藥物假期”的時長可達9.1個月仓坞，并且患者再次出現(xiàn)MRD陽性后背零，對于靶向藥物仍然敏感腰吟，總體患者的中位PFS為18.4個月[7]。
《非小細胞肺癌適應(yīng)性治療中國專家共識》提到：EGFR突變IV期非小細胞肺癌經(jīng)過系統(tǒng)和局部治療后徙瓶，影像學(xué)無可見或無代謝腫瘤病灶時毛雇，可考慮藥物假期，需在生物標志物指導(dǎo)下實行適應(yīng)性治療[8]侦镇。
隨著診療手段的發(fā)展灵疮，很多癌癥已成為慢性病，越來越多的患者處于“帶瘤生存”的狀態(tài)壳繁，在治病的同時也要保證生活質(zhì)量震捣。這就對患者的定時監(jiān)測、藥物使用和治療決策提出了更高的要求闹炉，正確理解和使用MRD可以為腫瘤患者帶來巨大收益蒿赢。
除上述意義外，MRD動態(tài)監(jiān)測還有望將臨床試驗終點提前渣触，縮短臨床試驗時間羡棵，降低藥物研發(fā)的成本，同時有助于腫瘤藥物快速上市或加速已上市藥物的適應(yīng)癥拓展嗅钻。檢測血液ctDNA水平是一種在抗癌治療期間監(jiān)測腫瘤反應(yīng)和基因變異變化的無創(chuàng)性方法皂冰，并且可以作為生物標志物來輔助實體瘤藥物開發(fā)。近年來养篓，F(xiàn)DA已經(jīng)批準了幾項基于ctDNA的輔助診斷試驗秃流，使安全有效的靶向治療成為可能[9]。制藥企業(yè)可利用所試藥物治療后MRD的轉(zhuǎn)陰作為依據(jù)為患者分層柳弄，從而有助于制藥企業(yè)更好地證明藥物療效舶胀，提高藥物上市成功率[10]。
二语御、檢測難點
正如上文所說峻贮，目前MRD檢測中最受關(guān)注的是其檢測敏感性問題，其陰性預(yù)測值能否達到90%以上应闯，此問題又可拆分為突變個性化保證纤控、測序深度高和有效深度的平衡及降噪算法。
01.突變個性化保證
腫瘤患者突變具有個性化特點碉纺，每個腫瘤患者的突變譜具有較高的分子異質(zhì)性船万，同時患者個體中僅攜帶非常少量相同的基因突變刻撒。
02.測序深度高和有效深度的平衡
早中期實體瘤患者釋放到外周血中的ctDNA含量一般較少，ctDNA含量一般低于1%耿导，需要較高的測序深度声怔，但也存在有效深度飽和的瓶頸。采用NGS檢測方法的基本技術(shù)標準是可穩(wěn)定檢出豐度≥0.02％的ctDNA舱呻。
03.降噪算法
降噪要求高醋火，單純地增加測序數(shù)據(jù)量和深度會帶來嚴重的背景噪音和克隆性造血突變檢出等問題，可能導(dǎo)致MRD結(jié)果的假陰性或假陽性箱吕，降噪算法是MRD檢測的關(guān)鍵技術(shù)芥驳。
從硬件設(shè)備方面，對測序儀通量要求高茬高，需要匹配中高通量的測序儀來進行測序兆旬；
從軟件生信方面，如何排除測序錯誤及背景信號的干擾怎栽，從“超高深度”的reads中識別出“個位數(shù)”的真實變異reads丽猬，這需要UMI分子標簽、高性能的生信算法流程等技術(shù)加持熏瞄，更需要生信專業(yè)人士對數(shù)據(jù)分析脚祟、報告結(jié)果進行嚴格的審核，才能真正地將技術(shù)轉(zhuǎn)化為檢測中的優(yōu)勢巴刻。
克隆造血(CHIP)或非腫瘤性造血干細胞的DNA片段可導(dǎo)致假陽性ctDNA結(jié)果愚铡。可以通過先進的生物信息學(xué)分析或ctDNA測序與白細胞和/或匹配腫瘤組織的比較來減少這些假陽性結(jié)果[11]胡陪。因此沥寥，建議對白細胞進行額外的NGS分析，以排除芯片相關(guān)的變異柠座，尤其是在MRD或早期癌癥檢測的情況下邑雅。落地MRD檢測后，個體化定制panel在生產(chǎn)和使用環(huán)節(jié)都應(yīng)有嚴格的質(zhì)量管理措施妈经，例如每條探針的質(zhì)控信息淮野，每個位點的覆蓋水平等等，嚴格的質(zhì)控也是為了得到更精準的檢測結(jié)果吹泡。Tumor-informed路線是基于原發(fā)腫瘤組織的變異信息骤星，形成每個患者個性化的變異圖譜并利用其進行MRD監(jiān)控。個性化panel策略選取每位患者腫瘤特異性的主克隆位點形成個性化基因變異圖譜爆哑，更加符合腫瘤異質(zhì)性特征洞难，提高MRD動態(tài)監(jiān)測的精確性，能最大化地體現(xiàn)MRD動態(tài)監(jiān)測能力揭朝。ctDNA檢測時通過配對的白細胞樣本队贱，或者匯集整合檢測到的克隆性造血突變色冀，構(gòu)建克隆性造血突變背景庫，可有效幫助去除克隆性造血造成的假陽性[12]柱嫌。
靈敏度锋恬、特異性、克隆異質(zhì)性编丘、生信分析与学、陽性判讀與報告解讀同樣是MRD的難點，均尚未有統(tǒng)一標準亦未達成共識瘪吏，仍處在探索階段癣防。當前之需是盡快建立對MRD檢測產(chǎn)品性能的評價標準;開展前瞻性臨床研究以幫助MRD檢測過渡到標準臨床實踐;繼續(xù)積累臨床試驗以及真實世界研究數(shù)據(jù)來優(yōu)化蜗巧、完善MRD檢測技術(shù)/產(chǎn)品掌眠。
三、飛朔生物檢測策略
飛朔生物自主研發(fā)的實體瘤分子殘留病灶(MRD)檢測產(chǎn)品分為定制化Panel檢測策略和固定化Panel檢測策略幕屹。定制化Panel先對原發(fā)腫瘤組織進行全面的全外顯子測序蓝丙，確定患者特異的基因突變結(jié)果，然后定制個性化Panel對組織中的一定數(shù)量的突變位點進行后續(xù)的ctDNA檢測望拖。
固定化Panel是基于血漿ctDNA的固定panel檢測渺尘。Panel更大，覆蓋位點多说敏，中高深度測序(5萬X)鸥跟，可對耐藥/獲得性耐藥監(jiān)測及療效評估，納入肺癌盔沫、結(jié)直腸癌医咨、胃癌和肝癌4個癌種194個基因CDS或者熱點區(qū)域，驅(qū)動基因架诞、靶向用藥拟淮、免疫相關(guān)基因，補充高頻突變的非驅(qū)動基因谴忧。檢測范圍更廣很泊，檢測更加靈敏。
參考文獻
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[11] Front Genet.?2023 Aug 10:14:1172108.
[12] ctDNA高通量測序臨床實踐專家共識（2022年版）
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