文獻解讀丨不做實驗致份,蛋白組純生信照樣發(fā)SCI

今天分享的一篇發(fā)表在《Andrology》的文章。文章作者是南方醫(yī)科大學附屬第三醫(yī)院的泌尿系醫(yī)生奔缠,他們主要通過蛋白質(zhì)組學分析方法從人精漿里發(fā)現(xiàn)了外泌體掠抬,有助于日后進一步篩選出治療雄性不育和前列腺癌的生物標志分子。

IF=2.86校哎,3區(qū)期刊

文章大致思路

簡單介紹一下文章的研究結(jié)果

為了鑒定外泌體的存在两波,作者首先用western blot鑒定了外泌體標記蛋白HSP70和CD81。TEM結(jié)果顯示贬蛙,精漿外泌體有一層脂質(zhì)雙層膜雨女。這些數(shù)據(jù)可證明外泌體成功地從精漿分離和純化出來。

隨后阳准,作者用LC-MS/MS蛋白質(zhì)組學分析了精漿外泌體蛋白成分氛堕。作者在兩組中鑒定出1474個蛋白。當中有24%是重疊蛋白野蝇,包括ALIX讼稚、HSP70括儒、ACTB、GAPDH锐想、PHGDH帮寻、LGALS3P、SEMG1赠摇。然后作者又通過生信方法對非重疊蛋白做富集分析固逗,分析其細胞成分。結(jié)果發(fā)現(xiàn)藕帜。大部分蛋白與外泌體烫罩、溶酶體和胞漿有關,表明這些非重疊蛋白很可能源自于精漿外泌體洽故。然后GO分析了這些外泌體的功能贝攒,都跟代謝、細胞生長與修復时甚、轉(zhuǎn)運有關隘弊。

看了一遍大致上流程是不是覺得自己可以做了呢。概括而言荒适,作者用了LC-MS/MS蛋白質(zhì)組學分析了精漿蛋白后也就只用了簡單的GO和KEGG方法做了富集分析梨熙。分析方法簡單,操作起來也簡單吻贿,所以就能輕松發(fā)表在2-3分期刊了串结。

如果有朋友還對生信工具不太熟悉,跟著我們一起學習吧~

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