QTL使用coloc計(jì)算共定位時(shí)的varbeta到底怎么計(jì)算

大家好键痛,生信學(xué)習(xí)的過(guò)程中一直在跟著簡(jiǎn)書學(xué)習(xí)炫彩,現(xiàn)在寫一些教程回饋!最近在學(xué)習(xí)使用coloc計(jì)算共定位絮短,eQTL就是把基因表達(dá)作為一種性狀,研究遺傳突變與基因表達(dá)的相關(guān)性:?就好像研究遺傳突變與身高的相關(guān)性一樣eQTL江兢、mQTL共定位分析屬于Post-GWAS的一項(xiàng)重要工作,旨在GWAS結(jié)果的基礎(chǔ)上鑒定與表型相關(guān)的eQTL和mQTL位點(diǎn)丁频。 ?傳統(tǒng)的GWAS是將全基因組范圍內(nèi)的常見變異進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析杉允,鑒定與表型相關(guān)的基因座,但鑒定出來(lái)的位點(diǎn)大多數(shù)位于基因間隔區(qū)席里,其如何通過(guò)基因或者通路影響表型很難被闡述叔磷。基于此奖磁,開發(fā)了eQTL改基、mQTL共定位分析方法。不過(guò)一直讓我很困惑的地方是咖为,coloc計(jì)算要求輸入varbeta秕狰,本人數(shù)學(xué)基礎(chǔ)薄弱稠腊,這個(gè)值一直讓我很困擾,很多地方的GWAS或者QTL數(shù)據(jù)是沒有這個(gè)值的鸣哀,查了很多地方架忌,全網(wǎng)都在告訴我這個(gè)值的計(jì)算公式是:

這就更讓人困惑了,因?yàn)閠stat根本沒有這個(gè)值拔页摹叹放!坑!真的就想放棄了挠羔,直到我參考IEU官方教程給到的計(jì)算方式许昨,才真的知道varbeta = se^2!varbeta =?se^2褥赊!varbeta =?se^2!這么簡(jiǎn)單的計(jì)算公式莉恼,全網(wǎng)都沒人教拌喉!看來(lái)生信學(xué)到最后真的是孤獨(dú)啊俐银!知道的大神都不說(shuō)話尿背,說(shuō)話的很多就是把官方教程簡(jiǎn)單翻譯過(guò)來(lái),水平一言難盡捶惜,唉田藐!以后要多去官方教程學(xué)習(xí),代碼寫的簡(jiǎn)潔優(yōu)雅吱七,完備汽久,考慮全面。

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