ALKBH5通過m6A-dependent表觀遺傳沉默pre-miR-181b-1/YAP信號軸抑制骨肉瘤的進展

前言

骨肉瘤是最常見的原發(fā)性骨實性惡性腫瘤之一环戈,好發(fā)于青少年和年輕人∨炀模患者的標(biāo)準(zhǔn)治療包括化療和手術(shù)院塞。隨著各種先進治療方法的發(fā)展,患者的存活率大大提高了性昭。然而拦止,目前還沒有已知的預(yù)防方法。因此糜颠,深入了解其發(fā)生機制创泄,開發(fā)新的骨肉瘤治療藥物迫在眉睫艺玲。

N6-methyladenosine (m6A) 是真核生物mRNA中最豐富的可逆甲基化修飾括蝠。近年來鞠抑,許多研究集中在m6a修飾的mRNA的生物學(xué)功能上。m6A修飾被發(fā)現(xiàn)參與多種生物學(xué)過程忌警,并在癌癥進展中發(fā)揮重要作用搁拙。如,F(xiàn)TO在急性髓系白血病(AML)中起著致癌因子的作用法绵。ALKBH5已被證明與胰腺癌箕速、膠質(zhì)母細胞瘤有關(guān),并影響雄性小鼠的生育能力朋譬。然而盐茎,對于m6A修飾在人骨肉瘤中的功能和潛在機制仍有很大程度的未知。

研究結(jié)果

1. m6A去甲基化酶ALKBH5在人骨肉瘤中下調(diào)

作者首先采用m6A ELISA和免疫熒光(IF)法定量人骨肉瘤細胞系U2OS徙赢、Saos2字柠、143B和人成骨細胞(hOB) hFOB1.19細胞系中m6A的含量。結(jié)果顯示狡赐,骨肉瘤細胞中m6A含量顯著升高窑业。此外,與hOB細胞相比枕屉,所有三種骨肉瘤細胞系中去甲基化酶ALKBH5 mRNA與m6A含量呈負相關(guān)顯著降低常柄,但在METTL3、METTL14搀擂、WTAP和FTO中無此現(xiàn)象西潘。同時,免疫染色證實哨颂,與hOB細胞相比喷市,U2OS、Saos2咆蒿、143B骨肉瘤細胞系中的ALKBH5顯著降低东抹。此外,在人骨肉瘤組織中檢測到ALKBH5的蛋白表達低于正常骨組織沃测。我們進一步應(yīng)用免疫組化(IHC)檢測含102個組織芯的骨肉瘤組織微陣列(TMAs)中ALKBH5蛋白的表達缭黔。與正常骨組織相比,在惡性骨肉瘤核心部位蒂破,特別是IVB期(最高程度的骨肉瘤)檢測到ALKBH5蛋白表達顯著降低馏谨。來自TCGA數(shù)據(jù)集的Kaplan-Meier生存分析顯示ALKBH5高表達的患者存活率較高,而低ALKBH5表達的患者存活率較低附迷。以上結(jié)果表明惧互,在人骨肉瘤中ALKBH5普遍下調(diào)哎媚,可能介導(dǎo)m6A修飾,在人骨肉瘤中發(fā)揮重要作用喊儡。

Fig.1在人骨肉瘤中m6A修飾水平上升伴隨著去甲基化酶ALKBH5表達的降低

2. ALKBH5-依賴的 m6A去甲基化嚴(yán)重影響骨肉瘤細胞的生長和運動

為了確定ALKBH5調(diào)控m6A修飾是否在骨肉瘤細胞中起作用拨与,作者分別過表達、敲降A(chǔ)LKBH5的表達來驗證其細胞功能艾猜。我們檢測了ALKBH5對細胞增殖买喧、遷移和侵襲的影響。與預(yù)期一致匆赃,過表達ALKBH5顯著抑制U2OS細胞的增殖淤毛、侵襲和遷移能力,而抑制ALKBH5的表達則誘導(dǎo)相反的作用算柳。此外低淡,當(dāng)ALKBH5過表達時,早期和晚期凋亡細胞百分比均顯著增加瞬项,而ALKBH5敲低對細胞的凋亡影響甚微蔗蹋。細胞克隆實驗也產(chǎn)生類似的結(jié)果。

Fig.2 ALKBH5對人骨肉瘤細胞的抑瘤作用

3. 鑒定ALKBH5 / m6a - pre - miR - 181 - b - 1 / miR -181b-5p-YAP軸作為一種新的通路抑制骨肉瘤腫瘤的進展

(1)ALKBH5通過調(diào)控pre-miR-181b-1的表達水平抑制骨肉瘤細胞增殖

如上所示滥壕,作者已經(jīng)證明了ALKBH5依賴的m6A rna去甲基化對骨肉瘤腫瘤抑制的重要性纸颜。接下來,進一步深入了解其具體的分子機制绎橘。MiRNA的加工過程也受到骨肉瘤的特異性調(diào)控胁孙。然而,尚無報道顯示m6A修飾在骨肉瘤miRNA加工過程中的生物學(xué)功能称鳞。因此涮较,作者使用m6A 芯片在對照和過表達ALKBH5的U2OS細胞中鑒定ALKBH5修飾的miRNAs前體。通過微陣列檢測到773個pre- miRNA冈止,鑒定出11個在ALKBH5過表達的細胞中狂票,比對照細胞減少20%(>減少1.2倍)的pre- miRNA。值得注意的是熙暴,在pre- mirna中闺属,pre-miR-181b-1再過表達ALKBH5后,甲基化顯著降低周霉。更重要的是掂器,pre-miR-181b-1序列在不同物種間廣泛保守。這些發(fā)現(xiàn)表明在骨肉瘤中pre-miR-181b-1是ALKBH5的一個潛在的作用靶點俱箱。進一步發(fā)現(xiàn)国瓮,premiR-181b-1在m6A-RIP中富集,而在IgG-IP中不富集。此外乃摹,pre-miR-181b-1和成熟miR-181b-5p在骨肉瘤細胞中明顯低于hOB細胞禁漓。過表達ALKBH5可顯著增加U2OS細胞中premiR-181b-1和miR-181b-5p的表達水平。相反孵睬,抑制ALKBH5產(chǎn)生相反的效果播歼。正如作者所猜想,miR-181b-5p導(dǎo)致細胞遷移和細胞增殖的減少肪康。miR-181b-5p下調(diào)(AMO-181b-5p)部分挽救了U2OS細胞中ALKBH5過表達導(dǎo)致的細胞遷移和增殖下降荚恶。

Fig.3 ALKBH5削弱pre-miR-181b-1的mA6甲基化修飾水平并提高pre-miR-181b-1和miR-181-5p的表達水平

(2)YAP是人骨肉瘤細胞中miR-181-5p的關(guān)鍵靶基因

然后通過計算預(yù)測尋找miR-181-5p候選靶基因。通過這種方式磷支,作者發(fā)現(xiàn)Yesassociated protein 1 (YAP)是miR-181-5p潛在的靶基因。有報道稱YAP是一種致癌基因食寡,在多種腫瘤發(fā)生發(fā)展中具有重要作用雾狈。接下來,作者證實了過表達的miR-181b-5p確實直接抑制了其靶基因YAP在骨肉瘤細胞中的表達抵皱,且發(fā)現(xiàn)過表達ALKBH5明顯抑制了U2OS細胞中YAP的mRNA和蛋白水平善榛,而抑制ALKBH5則使YAP的表達升高。同時呻畸,作者證實了YAP對骨肉瘤細胞生長的影響移盆。siRNA沉默YAP顯著抑制了U2OS細胞的增殖、侵襲伤为、遷移和集落形成能力咒循。

Fig. 4 YAP是人骨肉瘤細胞中miR-181-5p的關(guān)鍵靶基因

(3)YAP消除了ALKBH5對骨肉瘤細胞活力和小鼠異種腫瘤生長的抑制作用

為探究ALKBH5與YAP的相互關(guān)系,作者進一步分析了細胞生長的影響绞愚。與單獨過表達ALKBH5相比叙甸,ALKBH5與YAP共表達組的細胞增殖明顯增加。YAP還抵消了ALKBH5對U2OS細胞侵襲和遷移的抑制作用位衩,YAP顯著提高了活細胞百分率裆蒸,減少了凋亡細胞,恢復(fù)了集落形成能力糖驴。并且僚祷,作者利用異種骨肉瘤小鼠模型評估了ALKBH5介導(dǎo)的m6A去甲基化的體內(nèi)有效性。腫瘤體積和重量的降低贮缕,證明了ALKBH5過表達降低了骨肉瘤腫瘤的生長辙谜,而這一效果通過共轉(zhuǎn)染過表達的YAP而抵消。

4)m6A讀取蛋白YTHDF2正調(diào)節(jié)pre-miR-181b-1的穩(wěn)定

因為ALKBH5介導(dǎo)的m6A去甲基化似乎增加了pre-miR-181b-1的表達跷睦,猜想pre-miR-181b-1是YTHDF2(促進m6A甲基化RNA降解的m6A讀取蛋白)的一個靶點筷弦,與作者的猜想一致,再YTHDF2-IP組分中觀察到pre-miR-181b-1的強烈富集。進一步烂琴,在U2OS細胞使用siYTHDF2敲降其表達后爹殊,pre-miR-181b-1和miR-181b-5p的表達均增加。此外奸绷,siYTHDF2可進一步增強ALKBH5過表達的抑瘤作用梗夸。以上數(shù)據(jù)表明ALKBH5介導(dǎo)的pre-miR-181b-1 m6A去甲基化在骨肉瘤中起關(guān)鍵作用。

Fig. 6 m6A讀取蛋白YTHDF2正調(diào)節(jié)pre-miR-181b-1的穩(wěn)定

4. 鑒定YAP mRNA作為ALKBH5在骨肉瘤中的直接靶點

(1)ALKBH5直接調(diào)控YAP的mRNA和蛋白穩(wěn)定性

有趣的是号醉,根據(jù)基于序列的m6A修飾位點預(yù)測網(wǎng)站(http://www.cuilab.cn/ SRAMP)反症,作者觀察到Y(jié)AP基因的mRNA攜帶9個潛在的m6A修飾位點。接下來作者驗證了ALKBH5是否可以直接調(diào)控YAP的m6A甲基化和基因降解畔派。采用基因特異性m6A-qPCR檢測YAP的表達铅碍。過表達ALKBH5后,m6A- RIP組YAP mRNA中m6A豐度明顯降低线椰,IgG-RIP組未見明顯變化胞谈。此外,與siNC組相比憨愉,siALKBH5在轉(zhuǎn)錄抑制劑actinomycin D (ActD)存在的情況下增強了U2OS細胞中YAP mRNA的穩(wěn)定性烦绳。同時,siALKBH5在翻譯抑制劑環(huán)己酰亞胺(CHX)的作用下抑制了YAP的降解配紫。然而径密,過表達ALKBH5產(chǎn)生相反的作用,導(dǎo)致骨肉瘤細胞中YAP-mRNA穩(wěn)定性顯著下降躺孝,YAP蛋白降解增加享扔。

Fig. 7 ALKBH5直接調(diào)控YAP的mRNA和蛋白穩(wěn)定性

(2)m6A-依賴的YAP的翻譯增強與YTHDF1呈正相關(guān)

以上結(jié)果表明,ALKBH5介導(dǎo)的m6A去甲基化抑制了YAP的表達括细,我們推測甲基化的YAP轉(zhuǎn)錄本是YTHDF1(促進甲基化轉(zhuǎn)錄本翻譯的m6A讀取蛋白)的潛在靶點伪很。與IgG-RIP組相比,YTHDF1組YAP mRNA中的豐度明顯增加奋单,說明YTHDF1能夠識別YAP mRNA中的m6修飾位點砚作。接下來奔誓,作者發(fā)現(xiàn)YTHDF1 siRNA (siYTHDF1)降低了YAP蛋白水平只损。且在ALKBH5過表達的U2OS細胞中反肋,過表達YTHDF1導(dǎo)致YAP增加。此外贷笛,與預(yù)期一致应又,上調(diào)YTHDF1水平可部分恢復(fù)對U2OS細胞增殖、侵襲乏苦、遷移株扛、凋亡和集落形成能力的抑制作用尤筐。

Fig. 8 m6A-依賴的YAP的翻譯增強與YTHDF1呈正相關(guān)

總結(jié)

總的來說,作者的結(jié)果首次表明ALKBH5是一種抗腫瘤或促凋亡因子洞就,至少部分地通過直接m6A甲基化YAP及甲基化pre-miR-181b-1間接下調(diào)YAP水平的雙機制抑制YAP的表達來發(fā)揮作用盆繁。同時,作者也證明了pre-miRNAs可以被ALKBH5甲基化調(diào)控其成熟加工的過程旬蟋。

?著作權(quán)歸作者所有,轉(zhuǎn)載或內(nèi)容合作請聯(lián)系作者
  • 序言:七十年代末油昂,一起剝皮案震驚了整個濱河市,隨后出現(xiàn)的幾起案子倾贰,更是在濱河造成了極大的恐慌冕碟,老刑警劉巖,帶你破解...
    沈念sama閱讀 206,013評論 6 481
  • 序言:濱河連續(xù)發(fā)生了三起死亡事件匆浙,死亡現(xiàn)場離奇詭異安寺,居然都是意外死亡,警方通過查閱死者的電腦和手機吞彤,發(fā)現(xiàn)死者居然都...
    沈念sama閱讀 88,205評論 2 382
  • 文/潘曉璐 我一進店門我衬,熙熙樓的掌柜王于貴愁眉苦臉地迎上來,“玉大人饰恕,你說我怎么就攤上這事【觯” “怎么了埋嵌?”我有些...
    開封第一講書人閱讀 152,370評論 0 342
  • 文/不壞的土叔 我叫張陵,是天一觀的道長俱恶。 經(jīng)常有香客問我雹嗦,道長,這世上最難降的妖魔是什么合是? 我笑而不...
    開封第一講書人閱讀 55,168評論 1 278
  • 正文 為了忘掉前任了罪,我火速辦了婚禮,結(jié)果婚禮上聪全,老公的妹妹穿的比我還像新娘泊藕。我一直安慰自己,他們只是感情好难礼,可當(dāng)我...
    茶點故事閱讀 64,153評論 5 371
  • 文/花漫 我一把揭開白布娃圆。 她就那樣靜靜地躺著,像睡著了一般蛾茉。 火紅的嫁衣襯著肌膚如雪讼呢。 梳的紋絲不亂的頭發(fā)上,一...
    開封第一講書人閱讀 48,954評論 1 283
  • 那天谦炬,我揣著相機與錄音悦屏,去河邊找鬼。 笑死,一個胖子當(dāng)著我的面吹牛础爬,可吹牛的內(nèi)容都是我干的甫贯。 我是一名探鬼主播,決...
    沈念sama閱讀 38,271評論 3 399
  • 文/蒼蘭香墨 我猛地睜開眼幕帆,長吁一口氣:“原來是場噩夢啊……” “哼获搏!你這毒婦竟也來了?” 一聲冷哼從身側(cè)響起失乾,我...
    開封第一講書人閱讀 36,916評論 0 259
  • 序言:老撾萬榮一對情侶失蹤常熙,失蹤者是張志新(化名)和其女友劉穎,沒想到半個月后碱茁,有當(dāng)?shù)厝嗽跇淞掷锇l(fā)現(xiàn)了一具尸體裸卫,經(jīng)...
    沈念sama閱讀 43,382評論 1 300
  • 正文 獨居荒郊野嶺守林人離奇死亡,尸身上長有42處帶血的膿包…… 初始之章·張勛 以下內(nèi)容為張勛視角 年9月15日...
    茶點故事閱讀 35,877評論 2 323
  • 正文 我和宋清朗相戀三年纽竣,在試婚紗的時候發(fā)現(xiàn)自己被綠了墓贿。 大學(xué)時的朋友給我發(fā)了我未婚夫和他白月光在一起吃飯的照片。...
    茶點故事閱讀 37,989評論 1 333
  • 序言:一個原本活蹦亂跳的男人離奇死亡蜓氨,死狀恐怖聋袋,靈堂內(nèi)的尸體忽然破棺而出,到底是詐尸還是另有隱情穴吹,我是刑警寧澤幽勒,帶...
    沈念sama閱讀 33,624評論 4 322
  • 正文 年R本政府宣布,位于F島的核電站港令,受9級特大地震影響啥容,放射性物質(zhì)發(fā)生泄漏。R本人自食惡果不足惜顷霹,卻給世界環(huán)境...
    茶點故事閱讀 39,209評論 3 307
  • 文/蒙蒙 一咪惠、第九天 我趴在偏房一處隱蔽的房頂上張望。 院中可真熱鬧淋淀,春花似錦遥昧、人聲如沸。這莊子的主人今日做“春日...
    開封第一講書人閱讀 30,199評論 0 19
  • 文/蒼蘭香墨 我抬頭看了看天上的太陽。三九已至柴罐,卻和暖如春徽缚,著一層夾襖步出監(jiān)牢的瞬間,已是汗流浹背革屠。 一陣腳步聲響...
    開封第一講書人閱讀 31,418評論 1 260
  • 我被黑心中介騙來泰國打工凿试, 沒想到剛下飛機就差點兒被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留排宰,地道東北人。 一個月前我還...
    沈念sama閱讀 45,401評論 2 352
  • 正文 我出身青樓那婉,卻偏偏與公主長得像板甘,于是被迫代替她去往敵國和親。 傳聞我的和親對象是個殘疾皇子详炬,可洞房花燭夜當(dāng)晚...
    茶點故事閱讀 42,700評論 2 345

推薦閱讀更多精彩內(nèi)容