Linux環(huán)境下的軟件安裝
第一部分:下載安裝miniconda
cd ~/biosoft # 首先進(jìn)入昨天創(chuàng)建的biosoft目錄
wget 官網(wǎng)下載鏈接 # 下載miniconda
bash Miniconda3-Latest-Linux-x86_64.sh(下載的安裝包名) # 安裝軟件
source ~/.bashrc # 激活conda
# 刪除現(xiàn)有的鏡像
rm ~/.condarc
# 切換鏡像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
第二部分：使用conda
以fastqc軟件為例
## 01_查看服務(wù)器安裝的軟件
conda list
## 02_搜索conda軟件
conda search fastqc
## 03_安裝軟件
conda install fasted -y
##04_卸載軟件
conda remove fastqc -y
第三部分：conda環(huán)境
多重環(huán)境可以使用不同版本的軟件懂缕，類似于分身
## 01_查看當(dāng)前conda環(huán)境
conda info --envs # 前面帶*的是默認(rèn)環(huán)境
## 02_創(chuàng)建新環(huán)境
此時(shí)要進(jìn)行一個(gè)轉(zhuǎn)錄組
# 創(chuàng)建了一個(gè)rna-seq的環(huán)境并且安裝了fastqc trimmomatic
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
## 03_激活新的conda環(huán)境
conda activate rna-seq
# 此時(shí)已經(jīng)激活舌厨，可以輸入fastqc查看幫助文檔
## 04_退出當(dāng)前環(huán)境
conda deactivate
