LTRfinder是一個用于識別和分析基因組中長末端重復序列（Long Terminal Repeat, LTR）的工具。LTR是一種在許多真核生物的基因組中普遍存在的轉(zhuǎn)座子（轉(zhuǎn)移）元件倔矾，特別是在植物和真菌中妄均。LTRfinder主要用于識別和定位這些LTR序列，并對其進行進一步的分析和注釋。
該程序首先通過基于后綴數(shù)組的算法構(gòu)建所有的精確匹配對丛晦，并將它們擴展為長且高度相似的對奕纫。然后，使用Smith-Waterman算法來調(diào)整LTR對候選序列的末端烫沙，以獲取對齊邊界匹层。這些邊界會根據(jù) TG..CA 盒子和 TSRs 的支持信息進行重新調(diào)整，并選擇可靠的 LTR锌蓄。接下來升筏，LTR_FINDER 嘗試通過內(nèi)置的對齊和計數(shù)模塊識別 LTR 對內(nèi)的 PBS、PPT 和 RT瘸爽。
使用說明：
ltr_finder? -D 15000? -d 1000? -L 7000 -l 100 -p 20 -C -M 0.9? ?XX.fa? ?>? ?xx.scn
參數(shù)說明：
-D NUM：5'和3'LTR之間的最大距離您访，默認為20000
-d NUM：5'和3'LTR之間的最小距離，默認為1000
-L NUM：5'和3'LTR的最大長度剪决，默認為3500
-l NUM：5'和3'LTR的最小長度灵汪，默認為100
-p NUM：完全匹配對的最小長度，默認為20
-C：檢測中心體柑潦，刪除高度重復的區(qū)域
-M NUM：LTR相似性的最小閾值享言，默認為0.00，范圍為[0,1]
-o NUM：缺口開啟懲罰渗鬼，默認為3
-t NUM：缺口延伸懲罰览露，默認為1
-e NUM：缺口結(jié)束懲罰，默認為1
-m NUM：匹配得分譬胎，默認為2
-u NUM：不匹配得分差牛，默認為-2
-g NUM：加入對之間的最大間隙，默認為50
-G NUM：RT亞域之間的最大間隙堰乔，默認為2
-T NUM：在RT域中找到的最小亞域數(shù)偏化，默認為4
-j NUM：加入新序列到現(xiàn)有對中的閾值，默認為0.70
-J NUM：將現(xiàn)有對拆分為兩部分的閾值浩考，默認為0.90
-S NUM：輸出得分限制夹孔，默認為6.00被盈，范圍為[0,10]
-r NUM：PBS檢測閾值析孽，最小的tRNA匹配長度：14，范圍為[1,18]
-w NUM：輸出格式：[0]-完整只怎，1-摘要袜瞬，2-表格，默認為0
-O NUM：輸出對齊長度（僅影響 -w0）身堡，默認為40
-P STR：SeqIDs邓尤，僅計算匹配的SeqID，支持POSIX風格的正則表達式
-f filename：用于繪制圖形的數(shù)據(jù)文件
-a ps_scan_dir：使用ps_scan預測蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域
-E：LTR必須有邊緣信號（至少兩個PBS，PPT汞扎，TSR之一）
LTR_retriever 是一個用于從基因組中檢測和提取長末端重復序列（LTR）逆轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子的工具季稳。LTR 逆轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子是真核生物基因組中常見的一類轉(zhuǎn)座子，它們通過逆轉(zhuǎn)錄的方式在基因組中復制和插入澈魄，對基因組結(jié)構(gòu)和功能具有重要影響景鼠。
LTR_retriever的主要功能包括：
LTR檢測：通過對基因組序列進行分析，識別其中的長末端重復序列痹扇。這些重復序列往往是LTR逆轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子的標志铛漓。
LTR結(jié)構(gòu)和組織分析：對檢測到的LTR序列進行進一步分析，包括確定其起始和終止位置鲫构、長度浓恶、相對方向等。
LTR逆轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子注釋：對檢測到的LTR逆轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子進行注釋结笨，包括識別其中的重要特征和結(jié)構(gòu)域包晰，并提供相關信息。
LTR逆轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子家族分類：根據(jù)檢測到的LTR序列的相似性和結(jié)構(gòu)特征炕吸，將其歸類為不同的家族或亞家族杜窄。
LTR逆轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子的進化分析：通過比較不同LTR逆轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子家族之間的相似性和差異性，揭示它們的進化關系和演化歷史算途。
使用說明：
LTR_retriever? ?-genome? xx.fa? ?-infinder? ??xx.scn
