1.DNA甲基化概念
胞嘧啶cytosine，在SAM（腺苷甲硫氨酸）和DNMTs催化下望伦，變成5mc砰蠢；脫甲基化需要在TETs催化下變成5-羥甲基胞嘧啶(5hmC)，后可以被氧化成5-甲跆附兀基胞嘧啶(5fC)和5-羧基胞嘧啶(5caC)。
DNMT1維持甲基化涧偷，DNMT3A簸喂，DNMT3B在生長(zhǎng)發(fā)育，即最初修飾時(shí)發(fā)揮作用燎潮，DNMT3L喻鳄。
TET1,TET2,TET3去甲基化，在IDH1/2突變后确封，2HG增加而抑制其活性除呵。
Reader: 含有MBD,即甲基化結(jié)合結(jié)構(gòu)域的蛋白，一般會(huì)介導(dǎo)基因沉默爪喘。
可能一些代謝的相關(guān)基因亦會(huì)影響DNA甲基化颜曾。
2.DNA甲基化檢測(cè)的基本原理：
1）限制性?xún)?nèi)切酶：特異性識(shí)別甲基化堿基位點(diǎn)的酶，如MspI, HpaII, NotI, SmaI, and BstUI
2）親和沉淀：特異性抗體秉剑，如用特定的MBD蛋白或5hmC特異性抗體泛豪，類(lèi)似于CHIP-SEQ
3）重亞硫酸氫鹽反應(yīng)：C變U后變T，5mC仍為C侦鹏；
4）區(qū)分5hmC和5mC：先把5hmC氧化后诡曙，在進(jìn)行檢測(cè)；主要通過(guò)工具酶和化學(xué)修飾對(duì)5hmC保護(hù)或添加修飾略水，隨后Bisulfite轉(zhuǎn)化將帶修飾的5hmC與C价卤、mC區(qū)分，通過(guò)識(shí)別測(cè)序中的C和T達(dá)到5hmC檢測(cè)的目的渊涝。
5）質(zhì)譜：堿基作為一種化學(xué)分子慎璧，修飾不同，質(zhì)量不同驶赏；
3.DNA甲基化數(shù)據(jù)分析：不同實(shí)驗(yàn)方法形成的數(shù)據(jù)類(lèi)型不同炸卑，分析流程會(huì)有所不同
The three main steps of computational analysis of DNA methylation data are as follow: (1) data processing and quality control;(2) data visualization and statistical analysis; (3) validation and interpretation.
1）DNA甲基化芯片：Illumina 450K DNA甲基化芯片，850K芯片煤傍，Agilent 的甲基化芯片盖文，Roche-NimbleGen甲基化芯片等。最常用的前面兩種蚯姆，包含兩種類(lèi)型探針（I型探針和II型探針）五续。
2）DNA測(cè)序后的堿基序列數(shù)據(jù)洒敏，如WGBS全基因組重亞硫酸氫鹽甲基化測(cè)序，簡(jiǎn)化甲基化測(cè)序疙驾，單細(xì)胞WGBS等凶伙。拿到的數(shù)據(jù)是堿基序列，需要比對(duì)參考基因組進(jìn)而明確具體甲基化位置它碎，因此這里的參考基因組與比對(duì)方法是DNA甲基化特有的函荣。
TCGA里主要用的是DNA甲基化芯片測(cè)序，分析流程生信星球的文章扳肛，值得參考學(xué)習(xí)：
