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關(guān)于基因集泛癌分析的文章凳谦，我們最近也解讀過(guò)很多
目前我們有一些基因集/通路的預(yù)分析結(jié)果，可以進(jìn)行深入分析衡未，也可以提供你感興趣的基因集尸执，我們來(lái)做分析。
研究概述：
中性粒細(xì)胞胞外陷阱(NETs)最初被認(rèn)為是由中性粒細(xì)胞形成的缓醋，以捕獲入侵的微生物的一種防御機(jī)制如失。越來(lái)越多的研究表明，NETs在腫瘤的進(jìn)展和擴(kuò)散中起著關(guān)鍵作用送粱。
本研究利用癌癥的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)及多個(gè)數(shù)據(jù)集構(gòu)建并驗(yàn)證了該標(biāo)志的可靠性褪贵，并利用富集分析對(duì)NETs相關(guān)通路的功能進(jìn)行注釋。利用免疫組化技術(shù)評(píng)估該網(wǎng)絡(luò)相關(guān)基因在不同類(lèi)型腫瘤患者中的作用抗俄。本研究結(jié)果表明脆丁，NETs評(píng)分被認(rèn)為是大多數(shù)癌癥類(lèi)型的一個(gè)危險(xiǎn)因素，評(píng)分越高表明結(jié)果越不良橄镜，且與各種惡性生物學(xué)過(guò)程顯著相關(guān)偎快。
研究流程圖：
研究結(jié)果：
一冯乘、鑒定泛癌的19個(gè)NETs相關(guān)基因的特征
1洽胶、在TCGA泛癌數(shù)據(jù)中對(duì)69個(gè)NETs進(jìn)行LASSO回歸及兩兩相關(guān)分析，發(fā)現(xiàn)其中一些基因具有相似的表達(dá)模式裆馒。（圖1A-B）姊氓。
2、對(duì)19個(gè)NETs相關(guān)基因進(jìn)行Cox回歸分析喷好，得到基于其歸一化表達(dá)水平的評(píng)分(NETs評(píng)分)翔横，還觀察了每個(gè)單個(gè)基因?qū)︻A(yù)后的危險(xiǎn)比(HR)（圖1C）。
二梗搅、癌癥中NETs評(píng)分
1禾唁、NETs評(píng)分顯示出明顯的器官特異性效览，大腦和胃腸道腫瘤的NETs評(píng)分一般較高，而某些分泌腺體腫瘤通常較低(圖2A)荡短。
2丐枉、根據(jù)NETs評(píng)分將患者分為高、低風(fēng)險(xiǎn)兩組掘托。NETs評(píng)分較高的泛癌患者與各種不良生存指標(biāo)相關(guān)瘦锹，包括DSS、總生存期(OS)和無(wú)進(jìn)展間期(PFI)闪盔。Cox分析結(jié)果顯示弯院，在大多數(shù)類(lèi)型的癌癥中，NETs評(píng)分與不良預(yù)后相關(guān)泪掀。利用TCGA數(shù)據(jù)驗(yàn)證NETs評(píng)分的預(yù)后影響听绳，與上述結(jié)果一致(圖2B-D)。
3异赫、基于多變量Cox比例風(fēng)險(xiǎn)模型表明辫红，NETs評(píng)分是TCGA測(cè)試隊(duì)列中患者的OS的獨(dú)立預(yù)測(cè)因子。NETs評(píng)分對(duì)多種腫瘤的預(yù)后都有相當(dāng)強(qiáng)大的預(yù)測(cè)能力(圖2E)祝辣。
三贴妻、利用外部數(shù)據(jù)集驗(yàn)證NETs相關(guān)基因標(biāo)簽
1、利用CGGA數(shù)據(jù)庫(kù)證實(shí)蝙斜，NETs評(píng)分較高的膠質(zhì)瘤患者預(yù)后較差名惩，特別是高級(jí)別疾病患者(圖3A)。但對(duì)于乳腺癌來(lái)說(shuō)NETs評(píng)分并不是一個(gè)可靠的乳腺癌預(yù)后預(yù)測(cè)因子孕荠，這與TCGA隊(duì)列的驗(yàn)證結(jié)果一致娩鹉。(圖3B)
2、利用NSCLC數(shù)據(jù)集發(fā)現(xiàn)稚伍，NETs評(píng)分與LUAD患者的預(yù)后顯著相關(guān)弯予，與LUSC患者無(wú)關(guān)(圖3C-D)。
四个曙、建立基于NETs評(píng)分的臨床預(yù)測(cè)泛癌生存的列線圖
1锈嫩、結(jié)合NETs評(píng)分和患者的年齡和癌癥類(lèi)型等臨床病理特征構(gòu)建列線圖(圖4A)。
2垦搬、3年DSS的校準(zhǔn)曲線說(shuō)明列線圖特征非常接近實(shí)際生存概率（圖4B）呼寸。列線圖預(yù)測(cè)的AUC優(yōu)于單獨(dú)在隊(duì)列中的得分，表明列線圖簽名的預(yù)測(cè)效率考慮各種臨床因素后會(huì)更好（圖4C）猴贰。
3对雪、單獨(dú)的NETs評(píng)分和綜合列線圖的凈收益均高于0，在DCA臨床評(píng)估中最大NB大于15%米绕，表明NETs評(píng)分與其他臨床特征協(xié)調(diào)對(duì)預(yù)后預(yù)測(cè)的重要性(圖4D瑟捣，E)馋艺。
五、腫瘤的NETs及惡性特征
1迈套、NETs可以通過(guò)刺激血管生成和將腫瘤細(xì)胞從休眠期轉(zhuǎn)化到增殖期來(lái)促進(jìn)腫瘤的進(jìn)展丈钙。本研究利用z-score算法量化了腫瘤促進(jìn)網(wǎng)絡(luò)、血管生成交汤、EMT和細(xì)胞周期的能力雏赦。
2、在整個(gè)TCGA泛癌癥隊(duì)列及大多數(shù)腫瘤類(lèi)型中NETsz分?jǐn)?shù)與血管生成z分?jǐn)?shù)芙扎、細(xì)胞周期z分?jǐn)?shù)之間存在顯著的正相關(guān)(圖5A-E）星岗。表明，NETosis在腫瘤微環(huán)境中發(fā)生得越活躍戒洼，惡性細(xì)胞的作用就越積極俏橘。
六、高稳剑患者和低瘟绕患者的特征比較
從TCGA數(shù)據(jù)集中獲取高危組和低風(fēng)險(xiǎn)組之間的DEGs進(jìn)行GO分析，發(fā)現(xiàn)其顯著富集于腫瘤轉(zhuǎn)移相關(guān)的步驟中磷蜀。
七召耘、NETs相關(guān)基因在臨床隊(duì)列中的重現(xiàn)
1、MPO是NETosis形成的經(jīng)典標(biāo)志物褐隆。MPO的染色模式主要是在腫瘤浸潤(rùn)性間質(zhì)細(xì)胞的胞漿中強(qiáng)烈而清晰污它，而在鄰近的正常組織中明顯罕見(jiàn)(圖6A)。因此庶弃，我們?nèi)PO+細(xì)胞在基質(zhì)細(xì)胞中的比例評(píng)分(MPO評(píng)分)來(lái)測(cè)量腫瘤組織中NETosis的程度衫贬。
2、MPO評(píng)分可以對(duì)COAD歇攻、KIRC和LUAD患者的預(yù)后進(jìn)行分層(圖6B-D)固惯，但TNBC患者中不顯著(圖6E)。
3缴守、對(duì)可用的臨床指標(biāo)進(jìn)行單因素及多變量Cox分析發(fā)現(xiàn)葬毫，MPO評(píng)分是COAD和KIRC患者預(yù)后的獨(dú)立因素(圖6F-G)。但在LUAD IHC隊(duì)列中斧散，MPO評(píng)分與TNM分期呈顯著的正相關(guān)供常，所以認(rèn)為它不是一個(gè)獨(dú)立的預(yù)后因素(圖6H)摊聋。
研究總結(jié)：
越來(lái)越多的證據(jù)表明鸡捐，不同腫瘤類(lèi)型甚至同一組織中的腫瘤中存在異質(zhì)性。重要的是麻裁，不同類(lèi)型腫瘤的腫瘤免疫微環(huán)境有一些共同點(diǎn)箍镜。中性粒細(xì)胞可能是腫瘤實(shí)質(zhì)與免疫微環(huán)境之間的聯(lián)系源祈。NETs是嗜中性粒細(xì)胞的一種獨(dú)特衍生物，可以防止腫瘤細(xì)胞受到免疫系統(tǒng)的攻擊色迂，促進(jìn)其侵襲和轉(zhuǎn)移香缺。本文揭示了一個(gè)NETs相關(guān)的基因特征，大多數(shù)腫瘤進(jìn)展發(fā)生在NETs評(píng)分高涡患者图张，而NETs評(píng)分低危患者的生存期較長(zhǎng)诈悍。腫瘤組織的NETs形成潛力與許多惡性特征高度協(xié)調(diào)祸轮，并與泛癌患者的臨床結(jié)局相關(guān)。所以以腫瘤病變中NETs的形成為靶可能有助于癌癥的個(gè)性化治療侥钳。
