https://github.com/OpenGene/fastp
安裝
git clone https://github.com/OpenGene/fastp.git
cd fastp
make
sudo make install
使用
fastp -i SS_G1.fastp.1.fq.tar.gz -I SS_G1.fastp.2.fq.tar.gz -o 1.fq.gz -O 2.fq.gz -q 30 -u 5 -n 0 -l 150 -3 -M 30 -b 150 -B 150
-i SS_G1.fastp.1.fq.tar.gz -I SS_G1.fastp.2.fq.tar.gz #輸入的雙端序列
-o 1.fq.gz -O 2.fq.gz #輸出的雙端序列
-q 30 -u 5 #當一條序列有5%低于Q30則丟棄
-l 150 丟棄短于150bp的序列
-3 -M 30 -W 4 #從3端滑窗切去平均質(zhì)量值低于30的堿基
-b 150 -B 150 #從尾部將雙端序列切到150bp
fastp -i s11_5m_SSG1_1.fq -I s11_5m_SSG1_2.fq -o 124_s11_5m_SSG1_1.fq -O 124_s11_5m_SSG1_2.fq -f 25 -F 25 -t 1 -T 1 -l 124 -w 8
