本人既往研究的關鍵SNP位點信息：rs2243890 - SNP - NCBI (nih.gov)
Decreased activity of RCAN1.4 is a potential risk factor for congenital heart disease in a Han Chinese population (fudan.edu.cn)
前期完成該位點部分研究跳芳，實驗證實啟動子區(qū)的SNP位點影響轉錄因子結合，推測結合了轉錄抑制因子，因此需要進一步研究具體結合的轉錄因子杏头。
全基因組關聯(lián)分析（GWAS）發(fā)現(xiàn)的很多變異位點基本為非編碼拒秘，這些變異位點：
1）要么調控基因表達（eQTL）;
2）要么影響增強子活性;
3）要么影響轉錄因子（TF）結合特異性;
4）要么啥也不是暖璧。
針對以上四種情況：
1）是否調控基因表達（eQTL）可通過GTEx Portal查詢碱蒙。
2）是否影響增強子活性查找相關資料找到之前的推文：感興趣的SNP/區(qū)域上是否有增強子/轉錄因子琴儿？增強子/轉錄因子調控哪個靶基因役衡？（EnhancerDB） (qq.com)
3）是否影響轉錄因子（TF）結合特異性則可通過如下數(shù)據(jù)庫進行查詢：GVATdb (sdsc.edu)
Natures有一篇文獻Systematic analysis of binding of transcription factors to noncoding variants。
該文獻針對95,886個常見變異位點（SNPs,歐洲和亞洲人群的MAF> 1％）與270個轉錄因子的結合特異性進行了大量的SNP-SELEX實驗钉鸯，并以此構建了GVATdb數(shù)據(jù)庫吧史。
下圖是針對轉錄因子或者SNP位點進行檢索的實驗結果圖：
輸入目標SNP：rs2243890
還是學習一下吧贸营，每列的釋義如下：
- oligo_auc：轉錄因子與40bp DNA 序列的結合得分, 用AUC(Area under Curve)值表示；
- oligo_pval：對OBS進行25,000次蒙特卡洛隨機化后得到的p值岩睁。p<0.05表示TF與基因組片段的特異性“結合”钞脂；
- Alt：SNP（hg19）的替代等位基因；
- Ref：SNP（hg19）的參考等位基因捕儒；
- ref_auc：ref 與 TF 的結合得分冰啃；
- alt_auc：alt 與 TF 的結合得分；
- pbs：結合傾向性得分肋层，公式為：Ref 等位基因得分減去 Alt 等位基因得分亿笤，負值表示轉錄因子更傾向于結合 Alt 等位基因；
- p-value：對 PBS 進行25,000次蒙特卡洛隨機化后得到的 p 值栋猖。 p<0.01 表示 TF 與 Ref 等位基因和 Alt 等位基因結合“存在差異”净薛。
此外，對于沒有納入 SNP-SELEX 實驗的 SNP 位點蒲拉，作者還建立了 deltaSVM 模型肃拜，用于預測未納入的 SNP 位點與 TF 的結合特異性，如下圖所示：
又搜索了一下雌团，找到另一個網(wǎng)站進行預測：兩步預測SNP與轉錄因子結合的神器分享 (biodog.cn)
按照提示輸入目標SNP
先記錄到這里燃领，后面再繼續(xù)學習吧。
參考文獻：Yan J, Qiu Y, Dos Santos A M R, et al. Systematic analysis of binding of transcription factors to noncoding variants[J]. Nature, 2021: 1-5.
